En octubre de 1936 se crea un Comisariado que controlará todas las tropas republicanas, incluidas las milicias, estableciendo un mando único bajo las directrices del ministro de la Guerra, en este momento el también jefe del Gobierno, Francisco LARGO CABALLERO. Asimismo se crea un Estado Mayor Central, y se termina por someter a las milicias a la jurisdicción del Código de Justicia Militar. A partir de aquí, queda establecido el proceso de militarización, constituyéndose la brigada mixta (cuatro batallones de Infantería, cada uno con cinco Compañías) como la unidad básica del Ejército republicano.
