A finales de 1847, el general Pavía anuncia la pacificación de Catalunya tras el fusilamiendel sacerdote y guerrillero español Benito Tristany. También otro cabecilla, Bartomeu Porredon es asesinado a golpes de bayoneta en su propio lecho. Muertos los cabecillas parece que el alzamiento está acabado pero proseguirá todavía hasta el año siguiente. En 1822 Tristany dirigió una partida absolutista que ocupó Solsona. Destacado por su fanatismo y crueldad, combatió en la primera guerra carlista, siendo nombrado por el pretendiente Carlos V mariscal de campo. En 1846 inició el levantamiento que condujo a la segunda guerra carlista.

La capacidad de movimiento de las tropas carlistas y el soporte que reciben de las poblaciones contrastan con la represión de un ejército impotente, a pesar de las diversas políticas de los capitanes generales Bretón, Manuel Pavía, Fernando Fernández de Córdoba y Manuel Gutiérrez de la Concha. En efecto, en la zona donde se está desarrollando la Segunda Guerra Carlista o “Guerra de los Matiners”, se establece una dura represión oficial ordenando, incluso, la ejecución de todo aquel que porte armas o ayude a un rebelde.

Presentada una cuestión de confianza contra PI i MARGALL, éste es derrotado por la mayoría de las Cortes que, el 18 de julio, elige a Nicolás SALMERÓN como tercer presidente de la República Española. Su mandato durará hasta el 6 de septiembre. La caída de PI es el detonante para la generalización de la sublevación cantonalista. En su primer discurso como presidente, SALMERÓN justifica en cierta medida a los sublevados, echando la culpa de su comportamiento a los gobiernos de la monarquía “que habían legado una profunda y general perversion del sentido moral en las costumbres y en las condiciones políticas de nuestro pueblo”, pero no duda en recurrir al uso de la fuerza para restablecer la soberanía de la nación en todo el territorio. Nombró a jefes militares competentes -sea cual sea su adscripción política- que estén dispuestos a enfrentarse a los rebeldes. Así, encarga a los generales Pavía -un republicano de orden- y Martínez Campos -monárquico, partidario del príncipe Alfonso de Borbón- de las capitanías generales de Andalucía y Valencia, respectivamente.

NICOLÁS SALMERÓN, decidido a acabar con la sublevación de Cartagena, produce su famoso decreto del 20 de julio, por el cual declara pirata a la escuadra sublevada y autoriza a los barcos de las potencias amigas de España a incautarse de ella. Pero la insurrección se mantiene viva en Cartagena, llegando barcos de la escuadra a bombardear Almería (29 de julio) y Alicante (27 de agosto).

Pavía, al frente de unos pocos pero disciplinados batallones, sale inmediatamente por ferrocarril para Córdoba, donde impide la proclamación del cantón. A continuación marcha sobre Sevilla, ciudad que ocupa después de un violento combate con los cantonales. En los siguientes días, impone su autoridad en Jerez,? La Carraca, San Fernando y Algeciras y volviendo sobre sus pasos, toma Loja y Granada. En general, las fuerzas cantonales compuestas por voluntarios mal preparados rehuyen el choque con las tropas regulares y, cuando no pueden evitarlo, deponen las armas. La última plaza andaluza en ser ocupada, el 18 de septiembre, es Málaga, que cuenta con una especial protección del Gobierno.

Nicolás SALMERÓN, reanuda la sesión de las Cortes a las siete menos cuarto de la mañana. Comunica a los presentes que ha recibido un recado u orden del capitán general PAVÍA, por medio de dos ayudantes, para anunciar que se desaloje el local en un término perentorio. Los diputados se resisten. Se inicia un nuevo escrutinio. Poco después un batallón, dirigido por el coronel José de la Iglesia y Tompes, invade la sala y al grito de “Fuera, esto se ha acabado” disuelve la Asamblea. La resistencia al golpe prácticamente no existe. La República se ha alejado de sus bases sociales. PAVÍA, que, contra lo que querrá la frase popular, no entra a caballo en el Congreso y ni siquiera está allí presente, no quiere liquidar la República -de hecho, al día siguiente, se opondrá a los planes de CÁNOVAS en favor de la Restauración- pero con su intervención dará carpetazo al proyecto federal. CASTELAR se exilía. Los sectores monárquicos preparan la restauración borbónica y Antonio CÁNOVAS del Castillo será el artífice de todo aquel proyecto político.