ENRIQUE IV, ante la exigencia de GREGORIO VII,  reúne un concilio en Worms, declara depuesto a GREGORIO VII y le comunica la decisión en una histórica carta. ENRIQUE IV tropieza con la oposición de unos Papas desacostumbradamente enérgicos, que hacen la controversia aún más enconada. ENRIQUE IV sabe que los emperadores que le han precedido no han tenido escrúpulo alguno en destronar Papas ni en interferir las elecciones para hacer de los pontífices marionetas del Imperio. ENRIQUE IV trata de imitar en esto último a sus antecesores. Pero el Papa también sabe que puede excomulgar al emperador y relevar a la nobleza de su obediencia hacia él. Y esto es lo que procurará hacer.

Cuando GREGORIO VII -en la fecha- recibe la misiva que le da a conocer la decisión del rey de deponerle de su cargo, dicta la inmediata excomunión de ENRIQUE IV, lo declara privado de la autoridad real y desliga a sus súbditos del juramento de fidelidad. Por primera vez en la historia, un papa, en acto de legítima defensa, ejerce el poder de suspender a una suprema autoridad imperial, que abusa de la fuerza que posee para atacar a la Iglesia. Al cabo de poco tiempo, la excomunión comienza a mostrar sus efectos. Muchos príncipes se ponen del lado del Papa, pues de lo contrario se verán también amenazados de excomunión. Además esperan reforzar su poder a costa del rey.

Asegurada la situación política de su reino por su victoria sobre los sajones, y ayudado por eclesiásticos complacientes, ENRIQUE IV -que es un joven de 25 años que pasa de momentos de eufórica energía a otros de depresión en los que se culpa de errores reales o imaginarios, conformando, en suma, una personalidad neurótica e inmadura-, rechaza la carta del pontífice suscitándose una vivísima controversia, sobre todo en Alemania, porque mina desde su base un equilibrio político uníversalmente aceptado. Se inicia la “Querella de las investiduras” que no acabará hasta 1122. ENRIQUE IV tiene en su contra la nobleza que está deseosa de alzarse contra él.

ENRIQUE IV no ha previsto la fuerte resistencia papal en el tema de las investiduras, y de ahí se origina la catástrofe. Reúne a sus fieles en Maguncia y fracasa en su intento de que los congregados elijan nuevo papa. Mientras tanto, los príncipes alemanes, capitaneados por RODOLFO duque de Suabia, se reúnen en Tribur y exigen a ENRIQUE IV que abdique si, en el plazo de un año, no le es levantada la excomunión; en notable gesto, invitan a GREGORIO VII a hacerse presente en Alemania. Hombre tan político como religioso -más de lo primero que de los segundo según sus detractores- el papa se pondrá de inmediato en camino, aceptando una invitación un tanto sorprendente pero que él debe juzgar beneficiosa para la Iglesia en su ya tan larga lucha contra los poderes temporales.

GREGORIO VII se dirige a Alemania aceptando la invitación de los príncipes alemanes. Muy cerca de los Alpes, GREGORIO VII es informado de que ENRIQUE IV, al frente de hombres armados, ha penetrado en Italia. Convencido de que quiere promover un violento enfrentamiento con él, el papa decide retirarse al castillo parmesano de Canossa (en los Apeninos) perteneciente a la duquesa Matilde, tía de ENRIQUE IV y de acendrada fidelidad a la Iglesia.

Cuando el emperador se presenta ante el papa en el castillo de Canossa, en la fecha, no le cubre armadura alguna sino el sayal de penitente. Permanecerá durante tres días implorando perdón descalzo sobre la nieve, hasta que GREGORIO VII accedá a permitirle la entrada y concederle su perdón.

GREGORIO VII perdona a ENRIQUE IV. Sabe que el perdón le va a costar muy caro, pero como representante de Cristo en la tierra no puede obrar de otra manera. El sometimiento de ENRIQUE IV al Papa, significará para el imperio una pérdida de jerarquía que no logrará recuperar jamás. Desde entonces, el Emperador y el Papa se enfrentarán como dos poderes en pie de igualdad.Sin embargo, la humillación imperial es una clara afirmación de la autoridad papal, de la que GREGORIO es uno de sus más valiosos sostenedores. Él afirma la suprema potestad de la Iglesia aun sobre la autoridad civil, potestad justificada por la misión confiada a la misma Iglesia, que procura, por encima de cualquier otro valor, y cualquier otro bien, el bien espiritual de los pueblos. Los papas llegarán a alcanzar una autoridad (el papa nombra los obispos a partir del siglo XIII) que ya no perderán desde entonces. Así, en los siglos XII y XIII, los papas considerarán que, a causa de su autoridad espiritual, tienen el derecho y el deber de intervenir en los asuntos temporales, y, por tanto, les corresponde corregir la conducta de los reyes, puesto que éstos son pecadores como todos los demás hombres. Por consiguiente, habrá dos representantes de Dios en la tierra, el papa y el emperador. Obviamente, uno de los dos sobrará.

De regreso a Alemania, ENRIQUE IV se encuentra con la oposición de los príncipes, que han visto
con malos ojos su humillación. Éstos, reunidos en Forschheim, eligen rey de Alemania a RODOLFO, duque de Suabia, quien inmediatamente promete al papa plena sumisión en lo referente a la cuestión de las investiduras. Esta elección provoca la guerra civil, que hace sentir sus efectos en toda Alemania, principalmente en Suabia.

El papa GREGORIO VII quiere poner paz, pero ENRIQUE IV pretende que el Papa excomulgue a su rival RODOLFO amenazándole si no lo hace en nombrar un antipapa. GREGORIO VII, ante la amenaza, vuelve a excomulgar a ENRIQUE IV declarándolo destituido de toda autoridad y reconoce, contra los intereses de ENRIQUE IV, a RODOLFO de Suabia.

Ante la excomunión recibida del papa GREGORIO VII, ENRIQUE IV reacciona violentamente y en junio del mismo año, en Brixen hace nombrar por sus obispos antipapa a GUIBERTO, obispo de Rávena que toma el nombre de CLEMENTE III (25.6.1080-8.9.1110).