Para presentar batalla a los portugueses se traen restos de tercios españoles del extranjero, pero son derrotados, en la fecha, en la localidad de Villaviciosa, cercana a Evora.Portugal alcanza su soberanía.

ALFONSO VI, rey de Portugal, es depuesto por su hermano PEDRO y enviado a la isla Terceira. PEDRO es regente del reino hasta la muerte de Alfonso en 1683. Portugal mantendrá su estrecha alianza con Inglaterra.

España necesita finalizar su conflicto con Portugal para tener las manos libres en su enfrentamiento con LUIS XIV de Francia. Así, el 13 de febrero de 1668 se firma un tratado de paz hispano-portugués en la capital portuguesa, acordando restituir todas las plazas ocupadas durante la guerra, salvo Ceuta, que permanece en manos de la Corona española, en virtud del referéndum de 1640. Es este tratado de paz el único texto donde aparece expresamente la isla de Perejil como suelo español unido a Ceuta.

Gracias a la alianza con Inglaterra y Francia, a la debilidad española y a la unidad del país, Portugal consigue mantener su independencia reconocida por España en el Tratado de Lisboa. En efecto, en la fecha, España entabla con Portugal negociaciones de paz a través del marqués de Heliche y del Carpio, que está prisionero en Lisboa desde la batalla de Villaviciosa.

La derrota española tiene como consecuencia la sustitución de la influencia castellana por la inglesa, en cuya órbita política y económica penetra Portugal. En efecto, después de un intento de industrialización (1670-1690) según los principios mercantilistas, Portugal se convierte en cliente de la industria textil inglesa, pagando sus importaciones con vinos (oporto, madera)