Libia entrega a dos sospechosos del atentado de Lockerbie. Después de largas negociaciones multilaterales, el Reino Unido y EEUU. proponen que los dos acusados del atentado de Lockerbie sean juzgados en La Haya por jueces escoceses y bajo la ley escocesa. La propuesta es finalmente aceptada en marzo de 1999 y, en abril, el consejo de seguridad de la ONU levantará las sanciones vigentes desde 1992, excepto el embargo de armas.

Portugal e Indonesia alcanzan un acuerdo, mediado por la ONU, para celebrar una consulta que permita a los timoreses decidir su futuro.

La ONU nunca ha reconocido la anexión de Timor Oriental por parte de Indonesia, un hecho que preocupó muy poco a la dictadura dadas sus buenas relaciones con la mayoría de los países occidentales. En el referéndum convocado por las Naciones Unidas el 30 de agosto, los timoreses optan por la independencia al decir no a la autonomía ofrecida por Yakarta. Las consecuencias son conocidas: los paramilitares indonesios guiados por su Ejército respondieron matando y deportando a timoreses. El conflicto tiene sus raíces en intereses occidentales y en factores internos de la propia Indonesia.

En el texto del acuerdo ambas partes -Israel y Autoridad Nacional Palestina-  afirman entender que la negociación ha de llevar a la implementación de las resoluciones 242 (1967) y 338 del Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas. La delegación palestina, pero, reconoce que también será necesario cumplir las resoluciones 194 (1948) de la Asamblea General de las Naciones Unidas (retorno de los refugiados) y 465 (1980) del Consejo de Seguridad (desmantelamiento de los asentamientos judíos de los territorios ocupados) para llegar a una solución satisfactoria. El Acuerdo para el estatus permanente habría de llegar, según lo establecido al documento y los acontecimientos (1a y 2a de las nuevas fases del despliegue finalizadas en marzo de 2000), durante el mes de septiembre del año 2000. Que se llegue a un acuerdo dependerá de las mismas negociaciones y de la estabilidad del Gobierno israelí de Ehud Barak.

La ONU, que todavía reconoce al gobierno de Rabbani, aplica en Afganistán, sanciones contra el régimen talibán por primera vez

Por escaso margen, el Consejo de Seguridad aprueba en diciembre de 1999 reanudar las inspecciones en Irak y la suspensión de las sanciones económicas en caso de que Bagdad coopere. Rusia, Francia, China y Malasia se abstienen de votar, lo cual significa un duro golpe para los intereses de EEUU. Y Gran Bretaña, que intentan enviar una señal inequívoca a HUSSEIN -incluso la resolución es minoritaria entre los miembros permanentes del Consejo de Seguridad-. Irak, que ya ha indicado que rechazará la resolución, aduciendo que se trata de un intento de EEUU. De imponer su «malvada» voluntad en el Consejo de Seguridad, se niega y exige el levantamiento de las sanciones. La negativa Irakí presagia un retorno a los conflictos.

Hans von Sponeck, sucesor de Halliday en el cargo de coordinador general de ayuda de la ONU a Irak, desde 1998 a 2000, señala: «Estamos en el proceso de destruir un país entero. Es tan simple y tan aterrador como eso».

A lo largo de los años 90 se han sucedido una serie de reuniones y de entrevistas a fin de intentar conseguir un acuerdo entre Marruecos y el Frente Polisario en el tema del censo a utilizar para llevar a cabo el Referéndum de autodeterminación que en ningún caso a dado frutos positivos ya que habiéndose anunciado la celebración del referéndum en varias ocasiones nunca ha sido posible llevarlo a cabo. Se han producido al respecto diversas dimisiones de los delegados de la ONU y diversos relevos en la presidencia de la RASD. A principios del año 2000, el secretario general de la ONU anuncia que las dificultades sobre el terreno obligan a posponer el referéndum de autodeterminación hasta el año 2002. Nace, propuesta por James BAKER, enviado especial de KOFI ANNAN, la «tercera vía» que consiste en que el Sahara Occidental pase a soberanía marroquí y los saharauis tengan un determinado nivel de autonomía durante cinco años. Pasado este periodo se celebraría un referéndum para que los habitantes decidieran qué relación quieren tener con Marruecos.

En el marco de la ONU, se reanudan en febrero de 2000 las negociaciones entre Klerides y Denktash (Presidente de la República turca del Norte). Las conversaciones se desarrollan según el método de «discusiones en proximidad» que evitan todo contacto directo entre las partes. La tercera ronda de negociaciones finalizará en agosto sin progreso alguno.

En el seno de la ONU se alzan voces disidentes en el caso de Irak. El representante malayo en el Comité de Seguridad ha advertido en marzo de 2000: «Claramente las sanciones estaban haciendo algo más que daño. Las sanciones mataron especialmente a los más vulnerables. Qué irónico es que la misma política que se suponía iba a desarmar a Irak de sus armas de destrucción masiva, en sí misma, se convirtiera en un arma de destrucción masiva, con las muertes de niños inocentes».