Los triunfos republicanos en Europa obligan a España a firmar, en la fecha, la Paz de Basilea con Francia. Por ella, se pone fin a la Guerra del Rosellón y Francia devuelve a España todos los territorios ocupados en España (el valle de Arán y parte del Ampurdán y de Vacongadas) tras haber obtenido de CARLOS IV la promesa firme de que los guipuzcoanos simpatizantes con la Revolución no serán castigados. A cambio España concede a Francia grandes derechos sobre importación de ganado español y le entrega la parte española de la isla de Santo Domingo (los franceses ya controlan la parte occidental de la isla, Haití, desde la firma del Tratado de Rijswijk en 1697). De esta forma, por no haber escuchado a tiempo a ARANDA, España no sólo no recobra la parte francesa de la isla de Sto. Domingo, sino que pierde incluso la parte española. El precio que tiene que pagar GODOY para superar el fracaso, cuesta muy caro a España. Las cláusulas secretas del tratado disponen que España no perseguirá a los afrancesados. Se posterga para más tarde un nuevo tratado en el que se formalizará una alianza contra Inglaterra. Por topo ello, GODOY se adjudica él mismo el más alto título: el de Príncipe de la Paz.

La situación en España es delicada, especialmente en el plano económico con una debilitada Hacienda que no se recupera con las diferentes recetas planteadas. La ruina del Banco de San Carlos supone un grave varapalo para la situación financiera del Estado y GODOY reacciona acaparando cada vez mayor poder tanto para sí como para sus colaboradores establecidos en las instituciones provinciales y locales. Para afianzar aún más ese poder se casa con María Teresa de Borbón, condesa de Chinchón y prima de CARLOS IV, por lo que emparenta con la familia real. Sin duda, es un matrimonio de conveniencia ya que el valido mantiene una estrecha relación con Pepita Tudó, su amante oficial con la que más tarde convivirá durante una larga temporada.

En España, Manuel GODOY aprueba el primer decreto de tolerancia que permite a cualquier fabricante extranjero establecerse en España con la condición de que respete la religión católica.

Los ingleses consiguen cortar el tráfico entre España y sus Indias, y el gobierno español, agobiado por los gastos de guerra, se ve forzado a negociar con Inglaterra la paz por separado (de Francia). GODOY pierde el apoyo y la confianza de Francia y cae momentáneamente en desgracia de la Corte de Madrid, cuando el rey acepta su dimisión el 28/3/1798, si bien le mantiene todos los honores, sueldos y emolumentos. De todas maneras, su separación del poder -además de breve (de 1798 a 1800)- sólo será aparente, pues continúa viviendo en la corte y actuando en política. Francisco de Saavedra substituye a Manuel GODOY como primer ministro-secretario del Estado español. Pero poco mejorará la nación con la caída de GODOY ya que Saavedra es un humilde servidor del Directorio francés. Lo mismo ocurrirá con el sucesor de éste, Urquijo.

La falta de acierto de los nuevos ministros permite subir de nuevo la popularidad de GODOY, que emplea a Pedro Cevallos -nombrado secretario de Estado en 1800- como hombre de paja y él lleva los asuntos en la sombra sin tener un cargo político específico, pero asegurándose que todos los despachos deban contar con su refrendo.

En España, la política llevada a cabo por el valido Manuel GODOY depende cada vez más de los dictados franceses. GODOY es nombrado “generalísimo de mar y tierra” del ejército formado por 60.000 españoles y unos 20.000 franceses. NAPOLEÓN promete a GODOY un reino en el Algarve portugués a cambio del permiso necesario para atravesar la península e invadir el país vecino. Las ansias de poder del valido no le permiten contemplar la realidad y ese permiso se concede. El ejército hispano-francés invade Portugal por el Miño, por el Algarve y por Extremadura, donde se concentra el grueso del ejército, al frente del cual está el mismísimo Godoy. A los franceses se les ha reservado la margen derecha del Tajo. La resistencia portuguesa es mínima. Por otra parte, a la débil organización militar (no más de 20.000 hombres), Portugal ha de añadir la indolencia de los ingleses, que se niegan a ayudarle a pesar de las peticiones de socorro hechas desde Lisboa.

En su enfrentamiento armado con los portugueses, los españoles penetran el 20 de mayo por los territorios de Olivenza y Juromenha, que capitulan. Por el contrario, la guarnición de Yelves mantiene la resistencia gracias a su artillería, lo que no impide que las avanzadillas españolas penetren en los jardines de sus fosos, donde cortan un ramo de naranjas, que ofrecen a Godoy y que éste se apresura a remitir a la reina, por lo que esta guerra será conocida con el nombre de “Guerra de las Naranjas”

La campaña es fácil en Portugal para los españoles. Un postrero ataque de GODOY el día 29/5 produce la desbandada portuguesa.

Por el Tratado de Badajoz, firmado bajo la amenaza de invasión de las tropas francesas acuarteladas en Ciudad Rodrigo, Portugal, cierra sus puertos a los navíos británicos; paga a Francia una fuerte indemnización; y acepta las fronteras de la Guayana Francesa con Brasil hasta la desembocadura del Río Arawani. El Tratado de Badajoz estipula que la violación de cualquier de sus artículos producirá su anulación.

NAPOLEÓN, que quiere la ocupación total de Portugal, al enterarse del acuerdo monta en cólera. Manda un correo con instrucciones para evitarlo, pero éste tiene un accidente por el camino, llegando a Badajoz el día 7 de junio. Aunque el tratado hispano-portugués se firmará el día 8, GODOY hace poner en él la fecha del día 6, para que parezca que las órdenes del emperador han llegado tarde.