CARLOS I que ha sido entregado a los parlamentarios ingleses consigue evadirse y desencadena una segunda Guerra civil (1646 – 1648). Es el episodio definitivo de este enfrentamiento que acabará llevando al propio rey a juicio.

Al capitular la ciudad de Oxford en junio de 1646, JACOBO -hijo de Carlos I- es hecho prisionero por las fuerzas del Parlamento y llevado bajo vigilancia al palacio de Saint james, en Londres, de donde disfrazado de ‘jovencita» -por entonces tenía 14 años- con la colaboración de algunos leales, puede escapar para refugiarse en Holanda, donde reside su hermana María, casada con Guillermo de Orange.

Oliver CROMWELL que dirige el ejército parlamentario, contra el realista de CARLOS I, consigue hacerse con el poder y trata infructuosamente de conseguir que CARLOS acepte las limitaciones constitucionales que le son presentadas. Interpretada la orgullosa y despectiva negativa del rey a admitir la legalidad del juicio como una confesión de culpabilidad, es condenado a muerte como reo de traición. CROMWELL es uno de los signatarios del documento que decide la pena capital.

CARLOS I logra escapar en abril de 1646. Entonces se entrega al ejército presbiteriano escocés en Newark, y es llevado al cercano poblado de Southwell, mientras que sus «anfitriones» deciden qué hacer con él. Los presbiterianos finalmente llegan a un acuerdo con el Parlamento y le entregan a CARLOS. Siguen una serie de traslados. CARLOS continúa intentando pactar con los diferentes partidos para evitar un fin trágico, y eventualmente entra en negociaciones con los presbiterianos escoceses, aceptando el establecimiento del presbiterianismo tanto en Inglaterra como en Escocia por un período de prueba. Los realistas se levantan en armas en julio de 1648, y los escoceses invaden el país, comenzando la llamada Segunda Guerra Civil (1648-1649).

Derrota de los ejércitos escoceses y derrota final para CARLOS I en la batalla de Preston (17-19 de agosto de 1648).

CARLOS I es trasladado al castillo de Hurst a finales de 1648, y después al castillo de Windsor. En enero de 1649, la Cámara de los Comunes -sin el asentimiento del soberano o de la Cámara de los Lores- convoca un acto parlamentario que crea una corte para el juicio de CARLOS. El juicio del rey (bajo los cargos de alta traición y de «otros altos crímenes») comienza el 2 de enero, pues CARLOS ha rechazado elevar una súplica, alegando que ninguna corte tiene jurisdicción sobre un monarca. Cree que su propia autoridad para gobernar le ha sido dada por Dios cuando lo coronaron y fue ungido. La corte se propone declarar que no hay hombre sobre la Ley. Durante una semana, pedirán tres veces a CARLOS que solicite la súplica, pero él lo rechazará en todas las ocasiones.

En la plaza de Whitehall (Londres), delante de su palacio, es decapitado -en la fecha- el rey CARLOS I Estuardo, pese a los esfuerzos de los representantes diplomáticos de varios Estados europeos para lograr que CROMWELL le respete la vida. El que ha sido rey de Inglaterra, sube al cadalso con gran dignidad. Por primera vez en la historia del mundo, una rebelión de sus súbditos había costado la cabeza a un rey. CROMWELL se revelará como político y gran estadista. El gobierno de CROMWELL en Inglaterra es una tiranía, pero sus grandes cualidades militares y políticas dan a Inglaterra un altísimo prestigio. (De hecho en Inglaterra el pueblo se enorgullece de haber domeñado la cerviz del absolutismo regio. Pero en las escuelas, cuando se pone un ejercicio de redacción sobre la guerra civil, CARLOS I nunca pierde la cabeza). La ejecución pública de CARLOS I Estuardo, a la que se quiere dar una significado de ejemplaridad, apenas despierta sentimientos destacables entre la población. Europa quedó horrorizada. CARLOS será enterrado en privado la noche del 7 de febrero de 1649, en la cámara acorazada de Enrique VIII en la capilla de St. George en el castillo de Windsor. Poco días después se declarará la República.

Gran parte de Escocia permanece fiel a la causa realista. El 5 de febrero de 1649, CARLOS II es proclamado Rey de los Escoceses en Edimburgo, bajo la promesa de que convalidará la Solemne Liga y Pacto. Es éste un acuerdo entre Inglaterra y Escocia que impedirá remodelar la Iglesia de Escocia a imagen de la Anglicana, debiendo mantenerse en el Presbiterianismo —forma de gobierno eclesiástico preferida por la mayoría de los escoceses— a diferencia de la Iglesia de Inglaterra que mantendrá su jerarquía episcopal.

CROMWELL abandona Irlanda en mayo de 1650, y al cabo de varios meses invade Escocia después de que sus habitantes hayan proclamado a CARLOS II legítimo rey de Inglaterra. Su visión de los presbiterianos escoceses es mucho menos hostil que la que tiene de los católicos irlandeses, por ello, hace una famosa apelación a la Asamblea General de la Iglesia de Escocia, urgiéndole a ver el error de su alianza con el rey, «Os imploro, por las tripas de Cristo, pensad que es posible que estéis equivocados». Tras ser rechazado su alegato, las tropas veteranas de CROMWELL se disponen a invadir Escocia. Al principio, la campaña les va muy mal. El ejército parlamentario se encuentra al borde de la evacuación por mar desde Dunbar. Sin embargo, el 3 de septiembre de 1650, CROMWELL aplasta inesperadamente al grueso del ejército Convenanter en la Batalla de Dunbar, en la que mueren 4.000 soldados escoceses, 10.000 más cayeron prisioneros, y es capturada la capital, Edimburgo. La victoria es de tal magnitud que el propio CROMWELL considera que ha sido «uno de más señalados regalos que Dios ha hecho a Inglaterra y su gente».

A su llegada a Escocia, el 23 de junio de 1650, CARLOS II suscribe formalmente el pacto. Su abandono del Anglicanismo, aunque le reporta apoyos en Escocia, le hace impopular en Inglaterra. Es coronado como Rey de los Escoceses en Scone (Perthshire), el 1 de enero de 1651, tras lo cual organiza una ofensiva contra Inglaterra, entonces bajo el gobierno del “Lord Protector», Oliver CROMWELL.