El fortalecimiento de la autoridad regia en Castilla aprovecha todas las ocasiones que se presentan. Una de ellas está relacionada con las órdenes militares. El intervencionismo regio en las citadas instituciones busca evitar su dominio por las grandes casas nobiliarias, Santiago, primero, Calatrava, después y, finalmente, Alcántara, ven como su administración recae, sucesivamente, en FERNANDO el Católico. La Santa Sede, de cuya autoridad dependen teóricamente las órdenes militares, da luz verde al proceso. De esta forma se ponen las bases para la incorporación definitiva de las órdenes a la corona, lo que sucederá en 1523, siendo rey Carlos I.

Pero sus estancias en las distintas ciudades contribuirán en gran medida a la segregación de los judíos y provocarán el establecimiento de otras muchas medidas discriminatorias. Pronto las órdenes religiosas, los cabildos de las catedrales, los grandes cuerpos del Estado rechazan acoger en su seno a los conversos. Se empieza por exigir a los postulantes la prueba de que nunca han sido perseguidos por el Santo Oficio, depués tendrán que proporcionar esta misma prueba para sus padres y sus abuelos, para mayor seguridad se desconfia sitemáticamente de todos aquellos que tienen un antepasado judío; con la Inquisición nace un prejuicio insidioso, la pureza de sangre, la limpieza de sangre que acabará por envenenar el espíritu público en España.

Se celebran Cortes en Toledo que realizan, principalmente, una labor a fondo para poner orden en los reinos especialmente en el campo de la Hacienda regia. Los REYES CATÓLICOS quieren que esta reorganización la aprueben y ratifiquen las Cortes. ¿Quiere esto decir que esta institución está llamada a desempeñar un papel político importante en el nuevo Estado?. Asamblea destinada a asegurar la representación del reino ante el soberano en determinadas circunstancias y, en particular, a concederle los subsidios necesarios, las Cortes constan en principio, de miembros de las tres categorías de la sociedad: nobleza, clero y delegados de las ciudades. Como su función esencial es votar el impuesto directo (servicio), las categorías privilegiadas se reúnen con menos regularidad que los plebeyos, de tal forma que las Cortes terminan por manifestarse como la representación de las ciudades, de ciertas ciudades para ser más exactos.

A pesar de tener en sus manos un arma tan poderosa como la Inquisición aceptada por el Papa, los Reyes Católicos tardaron dos años en su aplicación ya que el Cardenal Mendoza consiguió hacerles ver que si muchos no seguían la doctrina de la Iglesia era porque no se les había enseñado debidamente. Para llevar a cabo esta labor, el cardenal escribió un compendio de la Religión que comprendía las principales verdades de la fe católica.

La comunidad judía de la Corona de Castilla se halla en la segunda mitad del siglo XV notablemente debilitada. Sus efectivos demográficos menguan de día en día. Por otra parte, en las Cortes de Toledo de 1480 se insiste en la necesidad de apartar a los judíos trasladando las aljamas a otros lugares, rodeados de una cerca para asegurar la separación entre fieles e infieles. Las autoridades locales castellanas no defienden a sus judíos, sino que al contrario, aprovechan cualquier ocasión para perjudicarlos y segregarlos. Pero ello no impide la presencia continuada de hebreos destacados en puestos clave de la administración regia, ante todo en el ámbito de la Hacienda. Asimismo las juderías aportan una ayuda económica nada despreciable para sufragar los gastos de la guerra de Granada.

También en las Cortes de Toledo de este año, se procede a una revisión de las mercedes de los poderosos. Pero esas medidas concretas no contradicen la tendencia general de los REYES CATÓLICOS de apoyo a la alta nobleza, sostén social y político de su monarquía. De ahí que en su época progresen los estados señoriales al tiempo que se incrementa el trasvase de rentas propias del fisco regio a la aristocracia, como ocurre con las alcabalas. Los REYES CATÓLICOS crean títulos nuevos con los que engalonan a los ricos hombres (marquesado de Moya, ducado del Infantado, Nájera, Gandía, etc) y fundan nuevos señoríos (de los Vélez en Granada, el de Maqueda en tierras toledanas, etc).

Sin embargo, las Cortes quedan reducidas a un papel secundario y voluntariamente ignoradas. Nada más lógico, además, en la perspectiva de unos soberanos que apuntan, en todos los ámbitos, a restablecer su autoridad y a crear un Estado fuerte: si quitan toda influencia política en los grandes señores no es para repartir el poder con las ciudades. Entre los REYES CATÓLICOS y las ciudades la colaboración es tan sólo episódica; duró el tiempo necesario para apartar los obstáculos y establecer un poder fuerte. Más tarde, se toman todas las precauciones posibles para impedir que las Cortes se transformen en una institución verdaderamente representativa con la que habría que contar.

El Tribunal de la nueva Inquisición ataca sólo a los conversos, a esos judíos que han pedido el bautismo y de quienes hay motivos para sospechar que no son sinceros. Los demás quedan libres para practicar su religión; se intenta, no obstante, aislarlos de la masa de los católicos. Está claro que muchos de los conversos han adoptado el cristianismo sin segunda intención y sin idea de volverse atrás; sólo algunos individuos dan pie a las críticas pero todos los conversos son víctimas de la misma hostilidad, víctimas de los mismos prejuicios; todos son indistintamente sospechosos de judaizar más o menos; todos son confundidos bajo la apelación injuriosa de \»marranos\» por corrupción de la palabra hebrea \»marandtha\», que significa \»anatema sobre ti\».

Aunque durante el siglo XV las Cortes piden varias veces que se recopilen las leyes y ordenanzas, esto no se lleva a cabo hasta que habiéndose acordado en las de Toledo de 1480, los Reyes Católicos encargan de ello a Alonso Díaz de Montalvo. La recopilación formada por éste con el título de Ordenanzas reales de Castilla –vulgarmente conocida como Ordenamiento de Montalvo- se imprime en 1484, reproduciendo por orden de materias las leyes de Cortes a partir de 1348, Pragmáticas y Ordenanzas reales y algunos capítulos del Fuero real. Aunque no recibe sanción oficial, su utilidad es sin embargo tan grande que los Reyes Católicos mandan a los pueblos tengan un ejemplar de ellas y los juristas las citan, alegan y comentan como si fuesen obra legislativa. Hasta 1567 se hacen veintiocho ediciones de ellas. Dados los defectos del Ordenamiento de Montalvo, Isabel la Católica ordena en su codicilo se forme una nueva recopilación. Galíndez de Carvajal prepara una, que no llega a publicarse. Más tarde se inicia otra bajo Carlos V, que tras larga preparación se acaba bajo Felipe II, quien la promulga, en la fecha, como Recopilación de las leyes de estos reinos, aunque se conoce vulgarmente como Nueva Recopilación. En ella se reúnen, refundidas a veces en un texto varias leyes, las disposiciones de Cortes y de los reyes y las Leyes de Toro, conforme a un orden sistemático.

Por este motivo, se evita convocarlas, salvo en caso de absoluta necesidad, cuando la situación exige impuestos nuevos o cuando hay que preparar la sucesión al trono. Como las contribuciones indirectas (alcabalas, bulas de la Cruzada) aseguran beneficios regulares y sustanciosos a la corona, el recurso al impuesto directo, para el que las Cortes tienen que dar obligatoriamente su consentimiento, se vuelve menos necesario, fuera de períodos de crisis. En total, los REYES CATÓLICOS se limitaron a reunir las Cortes cinco veces únicamente en el transcurso de su reinado: en 1476, en 1479-1480, en 1489, en 1499 y en 1502.