El nuevo Papa -GREGORIO IX- se parece más a su antepredecesor, Inocencio III, que a su predecesor, Honorio III, y el emperador FEDERICO II se da cuenta enseguida de que no podrá engañarle ni burlarse de él, por lo que decide iniciar la prometida Cruzada. Sin embargo, pocos días después de haber zarpado de Brindisi, regresa, con todas su naves, al puerto de Otranto, en el sur de Italia, alegando que ha enfermado de fiebres. ¿Es otro truco? ¿Es verdad?. En cualquier caso, GREGORIO IX, harto ya de dilaciones, en la fecha, le excomulga.

GREGORIO IX excomulga por segunda vez a FEDERICO II.

FEDERICO II para mostrar al mundo entero que el Papa GREGORIO IX se ha equivocado con él, emprende, en la fecha, la sexta Cruzada, excomulgado y todo… y aunque la cruzada ha de favorecer los intereses del papado, su encarnizado rival, pero en modo alguno los suyos. Pero la excomunión es un arma terrible en manos de los papas. GREGORIO IX no responde con la absolución de FEDERICO, sino que declara que las acciones del emperador en Tierra Santa no pueden calificarse como guerra santa al continuar excomulgado, y procede a liberar a los cruzados del voto de obediencia al emperador, quien se ve obligado a regresar al conocer que el Papa, junto a la Liga Lombarda, está invadiendo su reino de Sicilia.

Pero la sexta Cruzada (1228-1229) no fue tal. FEDERICO II como no experimentaba el sacrosanto impulso de aniquilar al infiel, no sabe como entrar en combate, así que prefiere negociar con el enemigo. Así lo hace y el simple despliegue de su ejército atemoriza al sultán Al Kamil de El Cairo, que cede los principales santuarios y ciudades de Tierra Santa -Jerusalén, Belén y Nazaret y las ciudades sirias de Tiro y Sidón- a la cristiandad, así como un corredor hasta la costa. FEDERICO II le persuade asimismo de que formule una promesa de paz lo que consigue mediante una tregua de diez años. Este extraño pacto suscita grave indignación entre los pueblos cristianos. Por otro lado este acuerdo no prevalecerá y continuarán las luchas entre los cristianos y el islam turco.

FEDERICO II, aprovecha la ocasión y se casa en segundas nupcias con Violante (Yolanda), la joven hija del rey titular de Jerusalén, Juan de Brienne, lo que, al producirse el fallecimiento de éste, en la fecha, le permite ser coronado -sin ningún tipo de ceremonia religiosa- rey de Jerusalén, en la basílica del Santo Sepulcro. (Desde entonces, uno de los títulos del emperador alemán y del emperador de Austria hasta 1918).

El éxito de FEDERICO II en Tierra Santa no apacigua al Papa GREGORIO IX que, en su ausencia, invade Dos Sicilias. Pero Rainaldo de Espoleto, vicario imperial, invade el Patrimonio de San Pedro. FEDERICO II, confiando la regencia de Jerusalén a Balian d’Ibelin, Señor de Sidón, regresa a Europa y expulsa a las tropas papales de la Italia inferior derrotando completamente entre uno y otro a las tropas pontificias. Para fortalecer su poder en el Este envía a san Juan de Acre a Ricardo Filagieri, mariscal del Imperio, a quien nombra baile (guardián) del reino. El nuevo regente combatirá la influencia de los ibelinos y tratará de asegurar la posesión de la isla de Chipre, pero el reino será conquistado y tendrá que contentarse con colocar una guarnición imperial en Tiro (1232).

La apertura de un paso por el Gotardo, hacia 1230, aumenta el interés de la familia imperial por los lejanos valles, como lugar de paso hacia Italia, donde mantienen una interminable querella con el Papado.

Tras desembarcar en Brindisi, FEDERICO II logra derrotar a las fuerzas pontificias y lombardas en Cortenuova expulsándolas de los territorios imperiales y firmando, en la fecha, la Paz de San Germán por la que a cambio de que el Papa revoque su excomunión -cosa que hizo en el mes de agosto- , el emperador asegura a la Iglesia sus posesiones territoriales. FEDERICO no cumplirá las cláusulas del tratado de paz y la guerra se reanudará.

En 1231 el cantón montañés de Uri queda bajo la autoridad del Sacro Imperio Romano Germánico.

El emperador alemán, FEDERICO II, ordena que a cualquiera que sea condenado por herejía en Lombardía y Sicilia se le queme vivo, la antigua pena por alta traición. En realídad, los herejes destruyen el orden público, y donde ellos gobiernan, no permiten ninguna libertad a la Iglesia ni a quienes piensan diversamente de ellos. Esto explica por qué emperadores como Federico I Barbarroja o su nieto FEDERICO II, encarnizados enemigos del Papa, llegan a establecer penas severísimas contra los herejes. Es importante, por otra parte, destacar que el procedimiento establecido por la Inquisición pontificia o medieval, está perfectamente de acuerdo con la mentalidad de los tiempos, y se basa en dos convicciones universalmente aceptadas; una: la fe católica es considerada como el bien supremo, que a toda costa debe defenderse y salvarse; y dos: los herejes son considerados enemigos del Estado.