El ejército sueco derrota a Dinamarca, que apoya a los imperiales y que tras la Paz de Brömsebro (1645) es eliminada definitivamente del conflicto por la hegemonía en el Báltico.

Segunda batalla de Nördlingen. Las fuerzas francesas derrotan a la imperiales y bávaras.

En 1648, FERNANDO III se casa con su segunda esposa María Leopoldina de Habsburgo-Médicis, Archiduquesa de Austria. Ella es una hija de Leopoldo V, Archiduque de Austria y Claudia de Médicis. Ellos son primos segundos como los nietos por la línea masculina de Carlos II de Estiria, Archiduque de Austria y María Ana de Baviera. Tendrá un solo hijo:

Derrota de Baviera en Züsmarshausen (1648) que debilitará decididamente a los aliados de FERNANDO III, por lo que las conversaciones de paz se precipitarán.

La Paz de Westfalia implica cesiones territoriales a Francia (Metz, Toul, Verdún, Breisach y Alsacia) y a Suecia (Pomerania, Verden y Bremen). La situación interna de Alemania se resuelve devolviéndola a como se hallaba el 1 de enero de 1624 (¡toda aquella lucha y aquel horror para nada!), con la salvedad de que Baviera conserva la dignidad electoral, mientras que el Palatinado se convierte en el octavo electorado. Al elector de Brandeburgo, Federico Guillermo I, los obispados secularizados de Magdeburgo, Halberstadt, Minden y Cammin y la Pomerania Oriental.

En esta fecha, se firma en Münster, el segundo de los dos tratados que constituyen el Tratado de Westfalia -o la Paz de Westfalia- que rubrica el final de la “Guerra de los Treinta Años” (El primero es firmado el 15/5/1648 en Osnabruck). Las negociaciones correspondientes han tenido lugar, a lo largo de los pasados cinco años, en las localidades de Münster y Osnabruck, en la provincia alemana de Westfalia, al noroeste de Alemania. La “Guerra de los Treinta Años” ha sido el último conflicto significativo por causas religiosas. Unos ciento treinta años después de que Martín Lutero iniciara la Reforma, Europa se rendía por fin a lo inevitable: que el continente iba a quedar permanentemente dividido entre católicos y protestantes. El poder imperial es de hecho eliminado.

Tras la Guerra de los Treinta Años el poder político del título imperial queda mermado, al obtener los estados alemanes la plena soberanía para administrar sus asuntos. Desde entonces se obliga al emperador a tener que contar con el visto bueno de estos estados a través de la Dieta para poder llevar a cabo las escasas atribuciones que ha retenido como cabeza del imperio. En efecto, según los términos del tratado, la soberanía y la independencia de cada estado del Sacro Imperio Romano Germánico se reconoce completamente, al quedar el emperador prácticamente sin poderes; además, la religión de cada Estado alemán será determinada por su príncipe; se acepta la situación existente en 1 de enero de 1624 en el aspecto religioso, al establecer que las propiedades de los Habsburgo, el sur y el oeste de Alemania sean católicos, se reconoce la fe reformada y los protestantes pueden mantener las propiedades adquiridas. Políticamente, el Sacro Imperio Romano Germánico (ó I Reich), continúa con tal denominación, pero ha perdido todas las pretensiones a la universalidad o efectividad del gobierno centralizado.

Al final de la Guerra Turco-austriaca (1593-1648), el emperador FERNANDO III se ve forzado a conceder a los magiares de Transilvania la autonomía política y religiosa y varias concesiones territoriales.

Tras la paz de Westfalia, FEDERICO GUILLERMO I, el Gran Elector de Brandeburgo, consigue ventajas territoriales, convirtiéndose en uno de los principales soberanos de Alemania.

En la Paz de Westfalia el principio mantenido en la Dieta de Augsburgo (1555) -cuius regio, eius religio- se aplica a la letra, y como en el Sacro Imperio (o I Reich) hay por lo menos trescientos cuarenta y tres príncipes soberanos, el país se convierte en un rompecabezas de principados, ducados, etc., cuyos? gobernantes son a la vez dueños y señores tanto en lo político como en lo religioso. El Sacro Imperio se convierte en una república de monarquías. Se olvidan de los derechos de la Iglesia y los príncipes le arrebatan sus propiedades. En el tratado ni se menciona al Papa; sus protestas caen en el vacío. La voz de la Iglesia, tan respetada en otros tiempos, no halla ningún eco. Se inicia la época de los exacerbados nacionalismos que debilita la autoridad imperial. El Papa se niega a ratificar los tratados e incluso los declara “perpetuamente nulos”. La Paz de Westfalia, por otra parte, concede la mayoría de Alsacia al reino de Francia, y asegura la división de los territorios alemanes.