En 1655 el cantón de Schwyz, que había optado por permanecer católicos en 1531, comenzó a perseguir a las familias protestantes que habían permanecido en Schwyz. Algunos fueron entregados a la Inquisición en Milán, otros fueron decapitados, y la propiedad de los que huyeron a Zurich protestante fue confiscado. Zurich exigió una indemnización para esta propiedad. Schwyz exigió el regreso de los refugiados. Zurich instó Berna para declarar la guerra a los cantones católicos. En la fecha tiene lugar la primera batalla de Villmergen en la que los berneses sufren más de 500 muertos. Los católicos salen victoriosos. Durante los siglos XVII y XVIII el anquilosamiento de las antiguas instituciones y la influencia del absolutismo convertirán los antiguos cuerpos municipales en clases cerradas de marcado signo oligárquico.

Durante los conflictos europeos de los siglos XVII y XVIII, la división confesional y el mercenariado desempeñarán un papel decisivo para preservar la neutralidad de Suiza, que se convertirá cada vez más en condición de existencia de la Confederación. La política de neutralidad armada vigente hasta la actualidad es formulada por primera vez por la Dieta en 1674.

En 1697 un ciudadano suizo degusta el chocolate en Bélgica y lo lleva a su país.

El auge de la industria relojera en Suiza no obedece a ninguna causa natural. Es más bien una circunstancia histórica -la extraordinaria habilidad del joven artesano Daniel Jean Richard, residente en Locle a comienzos del siglo XVIII- lo que inicia la aventura, aunque contribuirá también el talante pacífico y cuidadoso de los habitantes del Jura y la llegada, ya en pleno siglo XIX, de muchos extranjeros sin trabajo, con ideas anarquistas y dispuestos a ganarse la vida con una tarea manual paciente y delicada, útil a la sociedad.

A raíz del levantamiento de los protestantes de Toggenburg contra el príncipe abad de Saint Gall, las tropas de Berna y Zurich atacan y derrotan a los católicos. Es la segunda batalla de Willmergen, que tiene lugar en la fecha. Acaba con al predominio católico al firmarse la cuarta paz nacional -la paz de Aarau- que establece la libertad de creencias en terreno común, creándose una comisión paritaria para regular los conflictos interconfesionales. Esta victoria consagra la hegemonía de las ciudades, que están en pleno crecimiento industrial. Suiza es el país más industrializado del continente, una industria basada en el trabajo a domicilio, que transforma totalmente la vida en el campo. Pero la agitación de las capas inferiores contra el patriciado que detenta los privilegios será constante a lo largo del siglo XVIII.

Establecimiento de la República Helvética, una e indivisible. Lucerna será la capital de la Confederación durante el dominio napoleónico.

Al retirarse de Suiza la fuerza de ocupación francesa estalla la guerra civil. El ejército de NAPOLEÓN debe regresar precipitadamente.

En la fecha, se proclama en Suiza la Constitución o «Acta de mediación», promulgada por NAPOLEÓN, que dispone que la República sea federativa incorporándose seis nuevos cantones: Argovía, Turgovia, Tesino, Vaud, Grisones y San Gall, todos ellos puestos bajo el patronazgo de NAPOLEÓN, nombrado Mediador de la Confederación Helvética.

Se inicia una reunión en Zurich llamada Dieta Larga, tras la caída napoleónica en Leipzig, que pretende ajustar la Confederación Helvética a las circunstancias del Congreso de Viena.

A la caída de NAPOLEÓN, las fuerzas reaccionarias suizas intentan restablecer la anterior situación política, pero los nuevos cantones se aprestan a defender con las armas su independencia; la intervención del zar ALEJANDRO salva la situación. El Congreso de Viena, hace de Suiza un confederación de estados. En efecto, se restaura el antiguo régimen en la forma de gobierno de los cantones, pero el número de éstos se establece en 22 tras la aceptación de los 6 nuevos cantones formados por el Acta de Mediación. Estos 22 cantones se convertirán en 25 al producirse la escisión de Basilea, Unterwalden y Appenzell. La derrota del Imperio napoleónico impone el reconocimiento de la Neutralidad perpetua de Suiza.