En la última etapa de la Guerra de Sucesión, la Generalitat ocupa un lugar secundario ya que es la Junta de los Brazos Generales (miembros de los tres estamentos, sin el rey) la que tiene el mando supremo de Catalunya. En la fecha, es convocada, pues, la Junta de los Brazos Generales de Catalunya, la Generalitat y el Consejo de Ciento. Aunque los Brazos Militar y Eclesiástico y los diputados de la Generalitat, ante la desproporción existente entre las fuerzas catalanas (ya sin el apoyo de las tropas de la Gran Alianza) y las de FELIPE V, se inclinan por la aceptación del rey Borbón y de rendirse incondicionalmente, el Brazo Real o Popular decide votar a favor de la resistencia. Al fin se impondrán las tesis del Brazo Popular. Rafael CASANOVA, como ciutadà honrat participa en la votación: es partidario de la claudicación.

Ante la decisión del brazo popular de ir a la resistencia, la Generalitat, cuando en la fecha termina la reunión de la Junta de Brazos, una vez más hace una llamada a la defensa de la ciudad de Barcelona, para reclutar soldados y tropas. Se confia el mando de las mismas, que se compondrán de unos 12.000 hombres, al teniente general ANTONIO de Villarroel. Por su parte, CASANOVA dirigirá los aspectos políticos de la resistencia. Paralelamente, se pone en marcha una intensa actividad diplomática, enviándose embajadores a las cortes de Viena, Londres y La Haya en busca de apoyos a la “causa catalana”.

Desde 1713 la guerrilla austracista juega un papel clave en la organización y la coordinación de la resistencia. Destacan personajes como BAC de Roda y Josep MORAGUES.

La Junta de Brazos (Junta de Braços), inaugurada en Barcelona el 30 de junio de 1713 toma, en la fecha, la medida de crear una Junta Secreta, compuesta por cinco personas destinada a estudiar las propuestas emitidas por el teniente mariscal Antonio de VILLARROEL, cabeza de las fuerzas austracistas en Catalunya. Uno de estos cinco miembros es el propio Rafael CASANOVA.

En la fecha, la Generalitat se dirige a todo el pueblo catalán y le pide que quiera defender la “nació catalana” y “nostra amada pàtria”, lo cual quedará “en eterna memòria de nostres advenidors”.

Si en el siglo XVII Catalunya había sufrido las consecuencias de la Guerra de los Treinta Años con la pérdida de su territorio más septentrional, en el siglo XVIII pierde sus instituciones políticas debido a un conflicto de sucesión dinástica al trono de España que acabará convirtiéndose en una guerra de carácter internacional. Para algunos países europeos la sucesión al trono de España podía modificar el equilibrio de poderes en Europa. Para Catalunya la sucesión era decisiva para la conservación de sus derechos y libertades. FELIPE IV y su sucesor CARLOS II (1665-1700) habían sido los últimos monarcas de la dinastía austríaca de los Habsburgo. Y si bien el reinado de CARLOS II señala el punto de máxima decadencia de la monarquía hispánica, había suavizado las tensiones con Catalunya, de modo que no resulta extraño que al plantearse la cuestión sucesoria los catalanes desconfiasen del absolutismo de la dinastía francesa y se inclinasen por la austríaca.

Durante el asedio de Barcelona, han caído sobre la ciudad unas 30.000 bombas y las bajas sufridas han sido alrededor de 7.000. En la fecha, el duque de Berwick invita a los barceloneses a que se rindan.

La situación de Barcelona es insostenible, el bloqueo por mar ha ocasionado una crítica falta de víveres; las bajas en la lucha son importantes, pero a pesar de ello, el 6 de septiembre, los barceloneses rechazan la propuesta de rendición hecha por los sitiadores. Tal actitud de los órganos de gobierno catalanes motivan la dimisión de VILLARROEL, pues opina, al igual que el conseller en cap Rafael CASANOVA, que ante la difícil situación de Barcelona en conveniente intentar ganar unas semanas en una tregua que puede significar recuperar fuerzas y, quizá, forzar una nueva intervención aliada. Pero estos criterios deberán doblegarse ante el de la mayoría de los consellers, partidarios de “no admitir ninguna propuesta del enemigo” y de continuar la resistencia hasta el límite de las fuerzas (4 votos contra 26). A pesar de esta diversidad de opiniones VILLARROEL -sin embargo- se batirá hasta el último momento, asumiendo el criterio de la mayoría y también Rafael CASANOVA desempeñará su responsabilidad política hasta el fin.

Rafael CASANOVA, conseller en cap, en el ataque final de las tropas borbónicas, y desde el baluarte de Sant Pere y del Portal Nou y llevando la Bandera de Santa Eulalia, patrona de la ciudad, inicia un corto pero dramático contraataque con diversas compañías de la coronela. Antoni de VILLARROEL, consciente de la inutilidad de todos los esfuerzos, toma como jefe militar de la plaza, la decisión unilateral de rendirse. A las dos de la tarde da la orden de capitulación, y parece que es el mismo VILLARROEL quien firma la capitulación. Durante la lucha, Rafael CASANOVA es herido por una bala en un muslo y para evitarle una represión de consecuencias fatales es inscrito como fallecido en el hospital, se hacen desaparecer de los archivos los papeles que lo involucran, delega en otro consejero la capitulación y sale de Barcelona disfrazado de fraile. Ello facilita su cura y su huida a Sant Boi de Llobregat VILLARROEL es encarcelado en el castillo de Alicante y más tarde (1715) en el de La Coruña, desde donde pasará al Alcázar de Segovia. Allí será liberado a raíz de la paz de Viena.

Después de 13 meses, unos 20.000 soldados borbónicos entran en la ciudad de Barcelona alrededor de las 5 de la madrugada, aprovechando siete brechas de la muralla abiertas por la artillería. A lo largo del día, el duque de Berwick hace entrar en combate las tropas de reserva. La defensa de la ciudad corre a cargo de 6.000 hombres, la mayoría -unos 4.500- miembros de la Coronela bajo las órdenes de Rafael CASANOVA y Antoni de VILLARROEL. La resistencia continúa calle por calle cobrándose más de 4.000 víctimas. Se dan páginas tan heroicas como la que protagoniza la Compañía de Notarios Públicos que contraataca en el sector del baluarte de Santa Clara y resiste hasta su total exterminio. Parece ser que se producen más víctimas entre los sitiadores que entre los sitiados, que el duque de Berwick pidió en más de una ocasión la rendición para evitar derramamiento de sangre, y que ordenó que no se saquease la ciudad ni se tocase las propiedades de sus habitantes.