En 1973, la división en el seno de la UP es una evidencia y reduce la capacidad de maniobra del presidente. Parece ser que el propio presidente ha confesado que «yo no soy presidente ni soy nada. Si ordeno algo, no se hace, y si prohibo algo, se hace». Estos meses son de un gran descontrol social paulatinamente dominado por el ultraizquierdismo y tiempos de una gran paradoja: en esta situación el Partido Comunista chileno acaba siendo un partido de centro que trata de frenar una espiral enloquecida que en su fase actual lleva a tomar fábricas de veinte obreros. Las gentes de la UP que desconfian del MIR y tratan desesperadamente de frenar el deterioro de la situación, son las principales víctimas. La inflación ha llegado al 370%.

El general Carlos PRATS, comandante en jefe del Ejército de Chile y ministro varias veces de ALLENDE, uno de los soportes más firmes del gobierno, es obligado a dimitir por la mayoría de generales. Su sucesor, Augusto PIONOCHET, es nombrado, en la fecha, jefe supremo de las fuerzas armadas chilenas. PINOCHET pasa por ser un militar discreto y leal.

Salvador ALLENDE, presidente de Chile, debe gobernar hasta 1976, pero su mandato es truncado a sangre y fuego el 11/9/1973. Así, -en la fecha- se produce un Golpe de Estado que pone fin a la democracia en Chile finalizando una de las experiencias políticas más interesantes de este siglo: la «vía chilena al socialismo». A las siete de la mañana, el presidente es despertado para ser informado de la rebelión de la Armada en Valparaiso. Salvador ALLENDE, con extrema buena fe, todavía preguntaba dónde estaba el general PINOCHET. Un gran número de unidades se van sumando a los golpistas, ALLENDE anuncia que no tiene intención de dimitir, al tiempo que lleva a cabo un llamamiento a la resistencia. Los errores del allendismo que propician el golpe han procedido de sectores de una ultraizquierda provocadora que crea inseguridad entre amplias capas de la clase media. A pesar de que esta ultraizquierda no actúa de acuerdo con el programa de la Unidad Popular, que es el programa político del gobierno de Salvador ALLENDE.

Cumplidos cinco años de su llegada a Chile, en 1973, su contrato de misionero debe renovarse o caducar, situación que el vicario Vío se encarga de comunicar al Arzobispado. El 11 de septiembre de 1973 lo sorprende sin que tenga regulada su situación. (Esto motivará que se diga de él más tarde que «ya no era cura», o que había entrado al MIR, y apoyara la versión oficial de que «murió en un enfrentamiento».)

Muere en La Moneda, el palacio de Gobierno de Chile, el presidente de la República, Salvador ALLENDE. Acaba de nacer un mito, complejo y épico como pocos, en un Chile que tardará más de quince años en recuperar la libertad. A ALLENDE se le entiende más desde el nacionalismo antiimperialista y desde su condición masónica de constructor de una nueva sociedad, que desde la visión insurreccional. ¿Asesinato o suicidido? Se ha discutido mucho sobre esto. ¿Qué más da? Su muerte tuvo mucho de suicidio. Al negarse a la rendición y la huida, porque «el presidente de Chile no sale en un avión», escogió la inmolación.

Salvador ALLENDE decide afrontar el golpe desde el palacio presidencial de La Moneda, sede del poder legal, en lugar de buscar apoyos insurreccionales en los cordones industriales de Santiago. Hay mucha dignidad y mucho símbolo en ese último viaje, esa comitiva de coches que cruza Santiago desde su residencia de la calle Tomás Moro llevando al presidente hacia palacio, como el cortejo fúnebre de la democracia chilena. ALLENDE podría haber renunciado, y acabar el drama de una manera igual de digna sólo que menos dramática.

PINOCHET ha sido uno de los últimos en embarcarse en el golpe de Estado de 11/9/73 en Chile. Los primeros habían sido los marinos, más conservadores. Luego se sumaron los aviadores, que se consideraban la élite. Los últimos, los del Ejército de Tierra, que tradicionalmente siempre han tenido más poder. De los tres jefes golpistas, MERINO, LEIGH y PINOCHET, es PINOCHET el que demuestra enseguida mayor astucia política y ambición. La Junta Militar que dirige Chile es presidida por Augusto PINOCHET Ugarte, de cincuenta y siete años, consolidando su poder con rapidez e instaurando un sistema dictatorial. Así, pues, PINOCHET sólo mantiene su juramento de lealtad al presidente ALLENDE durante 18 días. El golpe del general Augusto PiINOCHET en Chile, en el que está constatada la participación directa de la CIA y de la compañía IBM, es el primer y más dramático ejemplo de la presión ideológica sobre los países iberoamericanos que está ejerciendo EEUU..

El 11 de septiembre de 1973, tras el golpe de PINOCHET, Orlando Letelier, ministro de Relaciones Exteriores y de Defensa del Gobierno del Presidente Allende es detenido este mismo día en sus propias oficinas del Ministerio de Defensa. Letelier ha sido también embajador del Gobierno del Presidente Allende ante los EEUU. de Norteamérica. Pasará un largo período privado de libertad, primero en el Regimiento Tacna, luego en la Escuela Militar. De ahí será llevado por 8 meses al campo de detenidos de Isla Dawson con otros dirigentes del Gobierno Allende. Habla perfectamente inglés y conoce a muchos ministros y presidentes. La presión sobre PINOCHET es muy grande. A continuación estará un tiempo en el subterráneo de la Academia de Guerra de la Fuerza Aérea, de donde será trasladado finalmente al campamento de Ritoque, lugar desde el que recuperará su libertad, partiendo al exilio.

Según testimonios, Allende ha aparecido inerte y con el cráneo reventado sobre un sillón del salón Independencia, en el Palacio de la Moneda. El informe policial y la autopsia que durante seis horas le han practicado los médicos militares apuntan la tesis del suicidio, pero esas pruebas permaneceran ocultas durante la dictadura militar. Ningún familiar, ni siquiera su viuda Hortensia Bussi, ni ningún amigo ha podido identificar el cadáver ni confirmar que dentro del ataúd que se les ha mostrado y que ha sido enterrado en Viña del Mar estaban los restos del ex presidente. A partir de ahí surgirán dudas sobre el destino real de su cadáver. Durante años no se sabrá a ciencia cierta si Allende se ha quitado la vida o si ha muerto combatiendo.

Duros combates estallan por todo el país entre unidades del ejército y trabajadores armados, que se cobran, sólo en la capital, más de 1.500 vidas. Al cabo de tres días de iniciarse los combates, los militares tienen el país bajo su control. Políticos de izquierdas, sindicalistas y opositores al golpe son detenidos, torturados o asesinados. El estadio de fútbol de Santiago se convierte durante las primeras semanas después del golpe militar en una especie de prisión donde se mantienen retenidos a todos lo contrarios al régimen que han sido capturados, ya que las cárceles se hallan sobresaturadas. Muchos chilenos buscan refugio en el extranjero.