Consecuencia de la situación del rey PEDRO III ante la nobleza de Aragón son los embates del rey. Causa importante de disensión fue la enemistad personal del rey con el justicia Pedro Martínez de Artasona, principal alma de la resistencia. El rey lo destituye y nombra en su lugar a Juan Gil Tarín. Los partidarios de Artasona lo defendieron en las Cortes de 1285, negando al rey autoridad para separar al Justicia. Pero el asunto queda indeciso por la invasión francesa de Catalunya, acordando todos los ricos hombres, mesnaderos e infanzones acompañar al rey para rechazar la invasión, dejando aparcado el asunto del Justicia.

JAIME II de Mallorca, molesto por la sumisión que PEDRO el Grande, su hermano, le exige, no quiere ayudarle de ninguna manera a luchar contra los cruzados que el Papa está reclutando contra él por haberse hecho con el reino de Sicilia perjudicando a los Anjou, segundones de la Casa Real francesa pero de la que el Papa es fiel aliado. JAIME II hasta firma un pacto secreto de alianza con FELIPE III el Atrevido, rey de Francia, casado con Isabel de Aragón, hermana de PEDRO y de JAIME II. Así, JAIME, el Rey Bueno, se convierte de repente en el Rey Traidor, pues en esta crisis opta por apoyar a su cuñado antes que a su hermano y, entre la inquietante alianza con uno de sus poderosos vecinos, prefiere a los franceses antes que a los aragoneses y catalanes y les facilita el paso de los Pirineos por el Rosellón.

A pesar de su convocatoria contra los franceses, PEDRO III no consigue reunir las tropas que precisa. Las condiciones, tanto en Catalunya como en Aragón, no son las mejores para afrontar una guerra tan decisiva: malas cosechas durante varios años, empleo de muchos recursos en las campañas sicilianas, problemas por resolver con la nobleza aragonesa… Cuando ya hace dos días que el rey de Francia ha salido de Perpinyà en dirección sur. PEDRO el Grande ordena a los catalanes que se concentren en Figueres y con un pequeño número de caballeros sube al coll de Panissars y ordena hacer hogueras para simular que le acompaña un gran ejército. Consigue parar momentáneamente a las tropas enemigas. El rey ha cursado una gran convocatoria de sus tropas: 100 nobles catalanes y 60 aragoneses junto a las milicias de 140 municipios con vituallas para cuatro meses. Los magnates aragoneses se muestran reacios, pero cuando la invasión por Perpinyà amenaza la situación de las tropas catalanas, se produce una progresiva incorporación de los contingentes aragoneses, incumpliendo lo ordenado por los jefes de la Unión.

Los franceses finalmente entran en Catalunya. En esta hora suprema, PEDRO el Grande sólo puede contar con los súbditos catalanes. Los aliados lo han abandonado y los vasallos aragoneses se niegan a ayudarlo. El Papa ha excomulgado a PEDRO el Grande, y, por tanto, sus vasallos quedan liberados de cumplir el juramento de fidelidad que le han hecho. Además los aragoneses tienen la excusa de los conflictos vividos en las cortes de Tarazona y Zaragoza. Los nobles aragoneses se quedan en sus tierras y no acuden a la lucha, a pesar de las órdenes de su soberano. Según la Santa Sede, PEDRO pierde la soberanía sobre todos sus estados, que pasarán a formar parte de las posesiones de los caudillos cruzados… cuando los conquisten.

Los unionistas -o sea, los nobles aragoneses agrupados en la Unión y deseosos de confirmar y aumentar sus privilegios y asentar su autoridad y poder a costa de los del rey- quieren imponer al monarca sus candidatos para los cargos de la Casa del rey y del Consejo real, pero estas pretensiones, consideradas abusivas por un sector de la propia nobleza de Aragón, encabezada por los LUNA, son rechazadas por ALFONSO el Liberal, que decide por su cuenta sobre la composición y funciones del Consejo real y de la Casa del rey (Ordenanza de Huesca, 1286). La actuación del monarca encrespa los ánimos de los unionistas que, aprovechando las amenazas exteriores sobre la frontera catalana y la necesidad de ayudas para la expedición contra Menorca que ALFONSO proyecta, le obligan nuevamente a convocar Cortes en Huesca.

El rey ALFONSO el Liberal vuelve a ser coronado en Zaragoza, en la fecha, (lo ha sido en Valencia el pasado 2 de febrero) ya que los nobles aragoneses le obligan prácticamente a que la ceremonia se celebre en dicha capital. En efecto, la Unión Aragonesa se muestra disconforme con que su joven sucesor, ALFONSO el Liberal, tome el título real y haga actos de gobierno en Catalunya y Valencia sin haber sido previamente coronado en Aragón y haber jurado los fueros y privilegios del reino. ALFONSO es, en consecuencia, coronado en Zaragoza en 1286, donde tiene unas Cortes muy agitadas, y puede comprobar que el movimiento unionista, sin dejar de ser aristocrático tiene el respaldo de las ciudades porque defiende el régimen jurídico consuetudinario, expresa el malestar general por un cierto retroceso de la presencia aragonesa en las decisiones políticas de la monarquía y formula reivindicaciones aragonesistas sobre Valencia y las tierras de frontera con Catalunya.

ALFONSO el Liberal decide actuar por la fuerza contra la Unión Aragonesa. Toma castillos, confisca propiedades y ejecuta a algunos unionistas. Tal energía asusta al sector de sus fieles en Aragón, que temen las consecuencias de una guerra civil, y muchos le abandonan, mientras se recrudece el peligro de una nueva invasión francesa por el Pirineo y por Navarra, se entra en guerra con Castilla, aliada ahora de Francia, se deja sentir la presión diplomática y espiritual de Roma, etc…. ALFONSO el Liberal tiene entonces que claudicar por segunda vez y conceder a ciertos nobles de la aristocracia aragonesa, en la fecha, el «Privilegio de la Unión», por el que no puede proceder contra ellos sin sentencia anterior del Justicia de Aragón, lo que representa una merma del poder real en beneficio de los nobles. Tiene que entregar rehenes en garantía del cumplimiento de sus compromisos.

La réplica aragonesa no se hace esperar. ALFONSO III el Liberal no acepta el tratado firmado entre FELIPE IV de Francia y SANCHO IV de Castilla y, como reacción al mismo, libera a ALFONSO de la Cerda y lo hace proclamar rey de Castilla y León en Jaca. ALFONSO el Liberal, que no parece conforme con el tratado de Almizra, pretende que ALFONSO de la Cerda consiga, a cambio de sus reclamaciones al trono de Castilla, un reino en Murcia. Esto representaría apartar a los castellanos del Mediterráneo y crear un reino que ALFONSO el Liberal podría controlar casando al infante de la Cerda con su hija Violante. Su coronación tiene lugar en Jaca el mes de setiembre de 1288 y, tras ella, el pretendiente reúne en torno a él a DIEGO LÓPEZ de Haro y a algunos castellanos desterrados disponiéndose a derribar a SANCHO IV.

Los condados de Urgell, ganados por Jaime I, Pallars y Lleida se irán incorporando paulatinamente a Catalunya, en tanto Ribagorza y Fraga lo harán a Aragón; es JAIME II quien, en la fecha, dibuja los límites de Aragón por este lado justo donde hoy están.

Las hazañas de Roger de Lauria en el mar Mediterráneo fueron notables. Interpelado por el Conde de Foix, emisario del Rey de Francia, el cronista Bernat Desclot pone en boca Roger de Lauria (1285): «Señor, no sólo no pienso que galera u otro bajel intente navegar por el mar sin salvoconducto del rey de Aragón, ni tampoco galera o leño, sino que no creo que pez alguno intente alzarse sobre el mar si no lleva un escudo con la enseña del rey de Aragón en la cola para mostrar el salvoconducto del rey aragonés». Al acceder JAIME II al trono de Aragón, tendría que haber cedido el trono siciliano a los angevinos con los que había firmado la paz. Sin embargo, su hermano menor FEDERICO aceptó la corona que le habían ofrecido los sicilianos y luchó por la corona contra los angevinos y su hermano. Aunque al principio Roger  de Lauria apoyó a FEDERICO, poco después se puso al servicio de JAIME. Confiscados sus territorios sicilianos y tildado de traidor, venció al infante FEDERICO en cabo Orlando y Ponza. Firmada la Paz de Caltabellota (1302) entre ambos hermanos, Roger se retiró a su condado en Cocentaina, donde muere en la fecha.