Como resultado del estímulo dado por las reformas al comercio, la población de la colonia española de Santo Domingo aumenta de más o menos 6.000 en 1737 a aproximadamente 125.000 en 1790. De este número, aproximadamente 40.000 son terratenientes blancos, más o menos 25.000 son negros o mulatos libres, y unos 60.000 esclavos. Para el colono español, la situación social de Saint-Domingue representa un barril de pólvora, cuya eventual explosión tendrá repercusiones en toda la isla.

Santo Domingo es bombardeado con la propaganda metropolitana y los colonos blancos sueñan con una autonomía insular; los mulatos con igualarse a los colonos y los esclavos, con lograr la libertad. Pero como no se hace nada al respecto, los esclavos deciden liberarse por su cuenta, emprendiendo el camino del cimarronaje, refugiándose en los montes en busca de libertad. El fenómeno llega a ser tan considerable que los artículos coloniales se encarecen por falta de mano de obra y la inseguridad en los campos alcanza extremos insospechados.

Santo Domingo, aunque se trata de un territorio de relieve accidentado con grandes posibilidades para esconderse, tiene unas dimensiones muy reducidas que dificultan el aislamiento. Este es un factor decisivo para el esclavo huido (cimarrón) que pretende alejarse por completo de todo aquel que pueda denunciarle. Las montañas del sur de la isla y la frontera serán durante mucho tiempo su refugio. Existe entre los cimarrones un gran celo por la propia seguridad que los impulsa a apartarse de los demás, incluso de otros cimarrones. Así, la huida es frecuentemente individual y sólo más adelante van a unirse formando pequeños grupos. Los esclavos empiezan a formar sociedades cerradas con su religión, el voodoo -vudú- y su lengua, el creóle.

En la noche del 15 de agosto de 1791, se celebra una ceremonia vudú en Bois Caiman, al norte, dirigida por Boukman, jefe de cimarrones y sacerdote de dicha religión. Los esclavos -dirigidos por Toussaint Louverture- se alzan en todas las plantaciones del norte y se dirigen hacia Cabo Francés, quemando los campos y las viviendas de los blancos. Los colonos blancos intentarán defenderse por todos los medios posibles: utilizar a los mulatos contra los negros, pedir ayuda a la metrópoli y solicitar la presencia inglesa. Todo les sale mal y al cabo no tendrán otro remedio que abandonar la isla y marchar a las Antillas españolas o inglesas o a Luisiana.

Francia ha emprendido ya su gran lucha contra el Antiguo Régimen (anulación de la Monarquía y proclamación de la República) y no puede preocuparse por el problema colonial. Envía, por ello, a tres comisarios que llegan a Santo Domigo a fines de 1791 y se limitan a publicar la nueva Constitución y pedir a los rebeldes que entreguen las armas, cosa que naturalmente no hacen.

Francia vuelve a confirmar la igualdad entre todos los hombres libres y la desigualdad de los esclavos, que seguirán siéndolo. Envía a Saint Domingue a otros tres comisionados jacobinos. Les acompañan 4.000 guardias y 2.000 soldados y llegan, en la fecha, a la isla, pero se encuentran con la hostilidad de los plantadores, que se identifican con la causa realista en vez de con la republicana. En cambio les respaldan los mulatos, a los que se reconoce los mismos derechos que a los ciudadanos franceses. Inglaterra que ha decidido acudir en ayuda de los colonos, bloquea las Antillas francesas. En cuanto a España, ayuda a los esclavos rebeldes desde su zona de Santo Domingo. El gobernador español ofrece la libertad y tierras a los que se enrolen en sus filas.

La situación social en Santo Domingo es una asignatura pendiente del Antiguo Régimen, que la revolución de 1789 debería acometer con rapidez, pero es pospuesta ante la urgencia de otros problemas, como la igualdad de los colonos blancos con los ciudadanos franceses y la de los mulatos con los blancos. La filosofía revolucionaria no es capaz de concretar y decretar la universalidad de las ideas igualdad y libertad humanas, extendiéndolas a sus colonias, y las mantiene en un entorno eurocéntrico.

En España, la reina MARÍA LUISA de Parma domina por completo a CARLOS IV, pero a su vez está dominada por GODOY. Y con ser esto una realidad, ni los monarcas ni el favorito tienen suficiente talla para sostener decorosamente la guerra contra la República francesa. El 15/10/1794 comienzan las negociaciones oficiales de paz. De haberse realizado éstas cuando el conde de Aranda y sus partidarios las propusieron -ya en febrero de 1794- todavía hubiese existido la posibilidad de poder concertar con los franceses una honrosa paz, ventajosa para España, en la que se contaría con la cesión de la parte francesa de la isla de Santo Domingo. Ahora es ya demasiado tarde; las tornas han cambiado.

Los triunfos republicanos en Europa obligan a España a firmar, en la fecha, la Paz de Basilea con Francia. Por ella, se pone fin a la Guerra del Rosellón y Francia devuelve a España todos los territorios ocupados en España (el valle de Arán y parte del Ampurdán y de Vacongadas) tras haber obtenido de CARLOS IV la promesa firme de que los guipuzcoanos simpatizantes con la Revolución no serán castigados. A cambio España concede a Francia grandes derechos sobre importación de ganado español y le entrega la parte española de la isla de Santo Domingo (los franceses ya controlan la parte occidental de la isla, Haití, desde la firma del Tratado de Rijswijk en 1697). De esta forma, por no haber escuchado a tiempo a ARANDA, España no sólo no recobra la parte francesa de la isla de Sto. Domingo, sino que pierde incluso la parte española. El precio que tiene que pagar GODOY para superar el fracaso, cuesta muy caro a España. Las cláusulas secretas del tratado disponen que España no perseguirá a los afrancesados. Se posterga para más tarde un nuevo tratado en el que se formalizará una alianza contra Inglaterra. Por topo ello, GODOY se adjudica él mismo el más alto título: el de Príncipe de la Paz.

Retirados los restos de Cristóbal Colón de la catedral de Santo Domingo para trasladarlos a Cuba, en virtud de los acuerdos de Basilea que cedían la isla a Francia. A partir de ese momento se creara gran confusión sobre el paradero real de los mismos, pues muchos sostienen que en realidad tal traslado no se produjo.