Las relaciones entre la Diputació, que se niega reiteradamente a alojar tropas extranjeras y a contribuir a los gastos de una guerra que no interesa a Catalunya, y el Gobierno central, se tornan más tensas. En marzo de 1640, el virrey, conde de Santa Coloma, ordena la detención del diputado militar FRANCESC de Tamarit y de los consellers de Barcelona, Francesc de Vergós y Llorenç Serra que han acudido a él en demanda de soluciones.

El rey FELIPE IV y OLIVARES, según las cartas que en los meses anteriores han enviado al Conde de Santa Coloma de Queralt quieren tratar a Catalunya igual que a un país recién conquistado. También el rey es partidario de una política severa y ya el 8 de noviembre quería despojar a la Generalitat de todos sus poderes. En una carta de febrero, mientras promete reunir las cortes, ordenaba que detuviesen a los miembros de la Generalitat y que se ocupase Barcelona militarmente. Luego, en las de marzo, que se forzase la leva, que les prendieran de una vez y que las tropas reales dominaran los pueblos como fuese. Ni una sola línea de agradecimiento por el esfuerzo de los catalanes en el sitio de Salses ni tampoco de comprensión por sus sufrimientos a manos de los mercenarios. Proponían en una de las cartas que uno de los medios de imponer la autoridad real era provocando una rebelión entre los más recalcitrantes y, entonces, de un plumazo, suprimir todos sus fueros

Llegan a manos de Pau CLARIS, presidente de la Generalitat de Catalunya, una serie de cartas que conforman la correspondencia de OLIVARES y el rey FELIPE IV con el asesinado virrey, conde de ?
Santa Coloma. La lectura de aquellas cartas había impresionado tanto al canónigo que consideró necesario que los demás miembros de la Generalitat también las conocieran. Francesc TAMARIT y ?
Josep Miquel QUINTANA, que con él formaban la Generalitat, se dispusieron a complacerle, junto con los oidores y secretarios. También ellos quedaron estupefactos. Ni siquiera en los momentos ?
más pesimistas pudieron imaginar que eso pretendieran OLIVARES y el rey.

PAU CLARIS no quiere que le pillen desprevenido, pues, habiendo muerto el virrey, podía esperarse cualquier cosa. Catalunya está a?si indefensa, sin un ejército regular ni armas y con unas
zonas, como Rosas, Tortosa y Perpinyà, en poder de las tropas ?reales. Prácticamente les tienen sitiados. Su único propósito es ?que Francia les preste seis mil hombres durante tres meses y que ?
le vendan armas suficientes para equipar las milicias locales. No? falta quien, como el diputado militar Francesc de Tamarit, no se? fia de esta nueva política de alianzas, ya que desde el siglo ?XIII Francia había ocupado o hecho incursiones sobre los condados? catalanes más de veinte veces. Y existe el precedente de Luis ?XI, que a mediados del siglo XV ofreció colaboración a los ?catalanes en la guerra contra el rey Juan II y ante las suspicais? de éstos se alió con el monarca y ocupó el Rosellón y la ?Cerdanya hasta 1493.

Esta es la ocasión que Olivares está esperando desde hace lustros para conquistar Catalunya e imponerle las leyes de Castilla. PAU CLARIS, presidente de la Generalitat, se entera de que en el Bajo Aragón FELIPE IV prepara un gran ejército contra Catalunya. Convoca una Junta General de Braços que queda abierta el 10 de setiembre de 1640. Asiste un gran número de pueblos que no tienen derecho de presencia en las Cortes. Se estructura en una sola asamblea, con voto individual y una clara mayoría del brazo popular. Esta asamblea, legitima y organiza el rompimiento con FELIPE IV y aprueba los pactos con Francia. Hay que tener en cuenta que la Corona de Aragón es una unión entre rivales recelosos, cada uno con su Parlamento, sus leyes y su idioma y con un sentimiento de solidaridad muy limitado, hasta el punto de que en las cortes valencianas y aragonesas se votan donativos para ayudar a FELIPE IV a sofocar la revuelta de Catalunya

La abadía de Montserrat se pone del lado de la Diputació durante la Guerra dels Segadors

A la rendición de Cambrils siguen la de otros pueblos y ciudades. Van cayendo Tarragona, Vilafranca, Sant Sadurní de Noia y Martorell. El cardenal RICHELIEU aconseja a PAU CLARIS, Presidente de la Diputació de Catalunya, la proclamación de una República separada de España y bajo la protección de Francia. PAU CLARIS no ve viable la constitución de una República pero cuando las tropas hispánicas llegan a los pies de las murallas de Barcelona, no queda otra solución que reconocer a LUIS XIII de Francia, como conde de Barcelona «com en temps de Carlemany». Esta proclamación comporta el mantenimiento de las constituciones de Catalunya. Desde 1641 a 1643 parte de la nobleza catalana, al ver el autoritarismo de los lugartenientes franceses y los excesos de las tropas, tomarán partido por FELIPE IV

El ejército real se encuentra en frente de Barcelona. Forzado por las dificultades de los suministramientos y confiando en la enorme superioridad numérica, el ejército hispánico renuncia a establecer un asedio formal sobra la ciudad catalana y opta por un ataque frontal contra Montjuïc, desde donde espera poder bombardear la ciudad hasta obligarla a la rendición. Así, en la fecha, tiene lugar la Batalla de Montjuïc en la que es vencido el ejército real, dirigido por el marqués de Los Vélez. El ejército catalano-francés está comandado por el embajador Du Plessis-Besançon y presidido por la Bandera de Santa Eulàlia. Este éxito, que trastoca el proyecto de OLIVARES de una rápida conquista, obliga a las tropas de FELIPE IV a retroceder hasta Tarragona, reafirmándose la revuelta catalana. Durante varios años, la guerra siguió este mismo curso, de ofensivas y contraofensivas que iban de un extremo al otro del territorio, convirtiéndolo en simple escenario de luchas entre soldados extranjeros. El entusiasmo era tan escaso en toda España que, a la práctica, sólo se enfrentaban el ejército francés y los mercenarios a sueldo de la corona española.

Barcelona festeja la toma de las trece banderas al ejército real ofreciendo una a la Virgen del Buen Suceso, otra a Santa Eulalia, su patrona, y depositando las restantes en el palacio de la Diputación. En este mismo día, llega a Barcelona, de paso para Roma, un embajador de Portugal. Este reino ha conseguido ya su independencia de España -aunque todavía no ha sido reconocida por este país- y ha sido proclamado rey JUAN IV de Braganza. En nombre de este monarca el embajador ofrece su auxilio a Catalunya, lo que llena de gozo a la ciudad condal.

Fallece el Presidente PAU CLARIS, calificado por el Dietario de la Generalitat como un gran restaurador de nuestra patria y madre Catalunya, defensor y liberador de la patria.