Desde el siglo VI al XI, las iglesias hispanas no estarán sometidas a la sede romana, lo que les permitirá desarrollar una rica liturgia totalmente distinta.

Amedrentado por la reacción que su «Iudicatum» ha provocado, el Papa VIGILIO procede a anularlo -un acto que es indispensable pero que no deja muy bien parado el prestigio de la sede romana- y a apelar a un concilio ecuménico que zanje definitivamente las cuestiones en litigio. La reacción del emperador JUSTINIANO I es enérgica y con enconados esfuerzos convoca un segundo Concilio ecuménico en Constantinopla.

Es frecuente que un autor, buscando más autoridad a sus escritos, los atribuya a un personaje anterior conocido y de prestigio. Esto es lo que ocurre en Bizancio a lo largo del siglo VI. Se difunden los escritos filosóficos de un autor de tendencia neoplatónica atribuidos a Dionisio, que la tradición asegura que ha sido el único a quien Pablo consiguió convertir en Atenas tras su famoso discurso en el Areópago en el año 50, donde invocó al dios desconocido. Por ello Dionisio recibirá el sobrenombre de Areopagita. Sin duda, el autor fue algún discípulo de Proclo, filósofo de la escuela de Atenas. En la historia de la teología, estas obras se conocen como los escritos del Seudo Dionisio Areopagita. La influencia de este autor, cuyo verdadero nombre desconocemos, llegará hasta Francia y dará origen a la abadía de St. Denis de París, que con el tiempo estará en el origen del estilo gótico.

La Iglesia de Etiopía está sólidamente implantada en el monofisismo no habiendo aceptado las decisiones del Concilio de Calcedonia.

No se puede hablar de papado ni de papa en el sentido moderno de la palabra hasta el siglo VI. El término papa es una palabra familiar que se puede emplear para cualquier obispo para designar su función de padre. Sin entrar en detalles, digamos que el obispo de Roma desempeña en el Occidente latino una función similar a la que el obispo de Alejandría, por ejemplo, puede representar en Egipto y en Libia. Sin embargo, en su origen, la Iglesia de Roma ocupa un lugar excepcional en la Iglesia universal. Ello se debe a la presencia de los dos apóstoles Pedro y Pablo y a su situación en la capital del Imperio (Sede apsotólica). Por una parte, los obispos de Roma intervienen en la vida de otras Iglesias y, por otra, todas las Iglesias de Oriente han reconocido siempre un primado de honor a la Iglesia de Roma, y su derecho a dirigir el conjunto de las Iglesias como sucesor de Pedro. Los demás obispos sólo han sido llamados a «participar en su solicitud pastoral, pero no en la plenitud de su poder». El obispo de Roma es un obispo universal, un obispo de obispos, la fuente de la autoridad episcopal, el primero entre iguales.

El rey franco CHILDEBERTO I funda la abadía benedictina de Saint-Germain-des-Prés y la dota de una importante biblioteca. En esta abadía se guardará la túnica de S.Vicente que el rey CHILDEBERTO ha recibido en Zaragoza en el año 541.

La herejía en la Edad Media no representa solamente una actitud determinada en materia de religión, sino que, las más de las veces, supone una rebelión contra el orden social establecido. Es más: todos los ataques contra el feudalismo asumen, frecuentemente, la forma de ataques contra la Iglesia, ya que, en sociedad como la medieval, donde la religión impregna todas las manifestaciones vitales, las divergencias políticas suelen presentar el carácter de herejías teológicas. Los reyes, sintiendo amenazado su poder, actúan con la máxima severidad frente a la heterodoxia, actitud compartida entonces por amplios círculos de la población. Los castigos, como no puede por menos de ser, responden a la feroz técnica penitenciaria del tiempo.

Entre el 5 de mayo y el 2 de junio, bajo la presidencia del patriarca de Constantinopla, EUTIQUIO, se celebra el II Concilio de Constantinopla (V Concilio ecuménico) integrado por ciento cincuenta y un obispos (En esencia todos los obispos orientales y solamente seis occidentales de la diócesis del África). El Papa VIGILIO que en un principio ha prometido su asistencia, se niega a presidirlo aun encontrándose en la misma ciudad imperial, aduciendo el escaso número de obispos occidentales que han acudido. La primera acción del Concilio consiste en designar una embajada que ruegue al Papa se digne aceptar la presidencia del concilio, gestión que resultará infructuosa ante la determinación del anciano pontífice. El emperador JUSTINIANO I ordena que prosiga el Concilio aunque no cuente con la aprobación pontificia. Se vuelven a tratar dogmas cristológicos.

Exponente privilegiado de la gnosis ortodoxa, Orígenes (185-253) ha sido el primero en concebir un sistema completo del cristianismo, integrando las teorías neoplatónicas. Sus ideas, recuperadas y sistematizadas en los siglos siguientes por una corriente de pensamiento llamada origenismo (entre nestorianismo y monofisismo), suscitan vivas controversias siendo finalmente condenadas en el II Concilio ecuménico de Constantinopla celebrado en el año 553.

El Papa VIGILIO publica el 14 de mayo, su primer Constitutum, en el que condena sesenta proposiciones de Teodoro de Mopsuestia y prohíbe que se condene a Teodoro de Ciro e Ibas. Este documento que es leído en el Concilio II de Constantinopla en su sesión celebrada el 26 de mayo produce la indignación del emperador JUSTINIANO I que ordena la supresión del nombre del papa VIGILIO de las tablas oficiales, si bien se conserva la unión con Roma.