Otra dirección de las investigaciones en el caso del Motín de Esquilache, secundaria pero más amenazadora y oculta, apunta hacia los grupos oscuros «de más elevada esfera», que podían haber manejado los hilos de la conspiración. Como gran responsable de lo sucedido el gobierno señala a la Compañía de Jesús. La animadversión contra los jesuitas viene ya de lejos y no se refiere sólo a España. Ya han sido expulsados de Portugal y Francia. El problema tiene muchas causas. El voto jesuita de obediencia a la Santa Sede enfrenta a la Compañía con el regalismo, la doctrina que defiende los derechos del rey frente a los derechos del papa. La doctrina populista, que legitima en algunas condiciones teóricas el derecho de los súbditos a la rebelión, mantenida por destacados jesuitas, indispone a la Compañía con el absolutismo. Existe un gran conflicto entre órdenes religiosas, por motivos doctrinales, morales y económicos y entre el clero de estas órdenes, o clero regular, y el clero secular o diocesano. No eran buenas tampoco sus relaciones con la mayoría de los obispos españoles.

CARLOS III firma el decreto de supresión de la Compañía de Jesús y la expulsión de sus miembros de España y sus colonias el 27 de febrero de 1767. El plazo termina el 1 de marzo (se alargará hasta el 2 de abril). Para tomar esta decisión, el Rey denuncia la existencia de gravísimas causas, alega su deber de mantener en subordinación, tranquilidad y justicia a sus pueblos, deja otras causas urgentes, justas y necesarias en reserva e invoca la suprema autoridad que Dios ha depositado en sus manos para la protección de sus vasallos y el respeto debido a la Corona. Las casas de jesuitas en España son rodeadas por el Ejército. A los religiosos se les lee el decreto de expulsión y se les ordena salir de inmediato. Sólo los novicios pueden elegir quedarse en España. En realidad, la medida es tomada coordinadamente en todos los Estados donde reinan miembros de la casa de Borbón y en Portugal.

España y Francia, en virtud de los pactos de familia (Borbones), forman un potente bloque con capacidad de acción sobre las posesiones de la Iglesia. Todo ello se pone de manifiesto con ocasión de la demanda ejercida por ambos países —también por Portugal—, para que CLEMENTE XIII suprima la Compañía de Jesús. Los jesuitas fueron expulsados de Portugal en 1759, de Francia en 1764 y de España en 1767, pero el papa se mantiene firme en su apoyo a la Compañía frente a las enormes presiones de las Casas de Borbón. Como consecuencia y en represalia, Luis XV invade Aviñón y el condado Venesino, enclaves pontificios en suelo francés, mientras que Carlos III hace otro tanto con los señoríos papales italianos de Benevento y Pontecorvo. Este papa no vacila en sacrificar una parte de sus posesiones en un acto de firmeza sin antecedentes en la historia de la corte pontificia que no se volverá a repetir.

España y Francia, en virtud de los pactos de familia (Borbones), forman un potente bloque con capacidad de acción sobre las posesiones de la Iglesia. Todo ello se pone de manifiesto con ocasión de la demanda ejercida por ambos países —también por Portugal—, para que CLEMENTE XIII suprima la Compañía de Jesús. Los jesuitas fueron expulsados de Portugal en 1759, de Francia en 1764 y de España en 1767. Ya que el papa se mantendrá firme en su apoyo a la Compañía frente a las enormes presiones de las Casas de Borbón, Luis XV invadirá Aviñón y el condado Venesino, enclaves pontificios en suelo francés, mientras que Carlos III hace otro tanto con los señoríos papales italianos de Benevento y Pontecorvo.

La noche precedente al Domingo de Ramos de 1767, una banda de griegos bien armados irrumpe en la Basílica del Santo Sepulcro entregándose al saqueo y destrucción. Los latinos ante semejante ataque se defienden pero son los griegos quienes se anticipan a llevar una protesta ante la corte de Constantinopla acusando a los latinos de enemigos del imperio otomano. La consecuencia inmediata es la concesión a los griegos la Basílica de Belén. Las potencias católicas intentarán la revocación de este decreto, pero el gran Visir responde ante el embajador francés: «Estos lugares son del Sultán, mi señor y él los da a quien le place. Demasiado tiempo han estado ya en manos de los Francos, hoy mi señor quiere que pertenezcan a los Griegos». De esta manera, los franciscanos son expulsados de la basílica de la Natividad de Belén, conservando sólo el derecho de acceso al pesebre y un altar en la gruta. A partir de este momento, cuatro confesiones cristianas ortodoxas (grecoortodoxos, armenios, coptos y siriacos) compartirán la basílica. Devenires de la historia llevarán durante siglos a graves disputas entre católicos y ortodoxos por el control de los Santos Lugares.

En 1768, el fraile franciscano mallorquín JUNÍPERO SERRA I FERRER se encarga de la fundación de las misiones franciscanas en la Alta California y de la evangelización de las nuevas tierras descubiertas en sustitución de los jesuitas que han sido expulsados de los territorios de la monarquía española. Forma parte de la expedición dirigida por el gobernador Gaspar de Portolà. Fundará misiones en San Diego, San Carlos Borromeo del Carmelo (Monterrey), San Gabriel, San Juan Capistrano, Santa Clara y San Buenaventura.

A finales de enero de 1769 los embajadores borbónicos de España, Francia y Nápoles se presentan ante el papa CLEMENTE XIII exigiendo la disolución de la Compañía de Jesús, bajo la amenaza de crear iglesias nacionales en sus países. CLEMENTE XIII, dignamente se niega categóricamente a tal pretensión.

La exigencia de la disolución de la Compañía de Jesús representa un golpe excesivo para el papa CLEMENTE XIII y, pocos días más tarde, en la fecha, sufre un ataque de apoplejía que lo lleva a la tumba. En 1774 sus restos serán trasladados a un mausoleo encargado por su familia al escultor Antonio Canova en la Patriarcal Basílica Vaticana. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Rosa Umbriae (La rosa umbría), cita que al parecer hace referencia a que había sido obispo de Padua, donde nació san Francisco de Asís, la rosa de la Umbría. Otra explicación afirma que Umbría es el nombre de una rosa que, entre otros lugares, se da en Venecia, lugar de nacimiento de este papa.

Giovanni Vincenzo Antonio Ganganelli es coronado papa con el nombre de CLEMENTE XIV (19/5/1769 – 22/9/1774). Por creérsele enemigo de los jesuitas es elegido para suceder a su benefactor. Será un papa protector de la cultura y se preocupará por hacer repartir comida y ayudas a los romanos durante una hambruna.

En el territorio de la Alta California, los franciscanos de habla catalana abrirán un total de veintiuna misiones. La primera de estas, la de San Diego de Alcalá, es fundada el 16 de julio de 1769 por los franciscanos mallorquines, Juníper Serra, Joan Crespí y Francesc Palou. La última, la de San Francisco Solano, será creada el 4 de julio de 1823 por el catalán Josep Altimira.