En Chechenia, en la fecha, MASJADOV decreta que la Sharia -ley canónica del Islam- es la única fuente de derecho. Esta medida inquieta al Gobierno ruso, que aún apoya públicamente al presidente checheno frente a sus enemigos internos. Pero de hecho, esta decisión de MASJADOV, responde al resurgir religioso en la República y se funda en la tradición sunní local, ajena al wahabismo y encuadrada en el sufismo, un movimiento místico del Islam considerado herético por los ortodoxos al hallar en él características preislámicas.

En la fecha, MASJADOV sufre un atentado terrorista. De su autoría, así como del sufrido el pasado 23 de julio de 1998, algunos culpan a los servicios secretos rusos y otros a los hombres de BASAIEV o Radúyev, los cuáles vienen exigiendo la dimisión del presidente y creando confusión con acciones subversivas ante las que las declaraciones del estado de emergencia no resultan eficaces. MASJADOV aparece muy limitado en sus funciones y dependiente, si no rehén, del entorno de BASAIEV.

El 5 de julio una tropa de guerrilleros chechenos, separatistas locales y mercenarios árabes, encabezada por el árabe negro Jattab, BASAIEV y el comandante Jalimov, realiza una penetración en territorio de la República de Daguestán, que el 7 de agosto es seguida por una incursión de mayor alcance. Las tropas federales rusas consiguen hacerles retroceder, pero la alarma por una desestabilización permanente, con trasfondo islamista, de todo el Cáucaso Norte en general y de Daguestán en particular, por la que habrá de pasar el proyectado rodeo del oleoducto Bakú-Novorossiisk a falta de seguridades en Chechenia, mueve a las autoridades rusas a considerar una solución expeditiva para la rebeldía chechena y sus proyecciones perturbadoras. MASJADOV pierde la confianza de Moscú como valladar de las fuerzas radicales.

El 9 de agosto de 1999 el presidente de Rusia, Borís YELTSIN, destituye a Serguéi STEPASHIN y nombra primer ministro al director del Servicio Federal de Seguridad, Vladímir PUTIN, a quien presenta como su candidato para las presidenciales del año 2000. PUTIN es ratificado por la Duma el día 16 de ese mes. Coincidiendo con su designación, los rebeldes de la república rusa de Daguestán, que pocos días antes han iniciado un movimiento secesionista, declaran la creación de un Estado islamista en ese territorio.

Entre agosto y septiembre se producen varios atentados contra bloques de apartamentos en Moscú y otras ciudades rusas que cuestan la vida a casi 300 personas. El gobierno ruso señala que los atentados son obra de terroristas chechenos. El jefe guerrillero Shamil BASAIEV niega estar implicado en los hechos, pese a lo cual se pone en marcha desde Rusia una operación de castigo para aniquilar a los grupos rebeldes que actuan en Chechenia. Se inicia de este modo la que algunos analistas denominarán Segunda Guerra Ruso-chechena (1999- ).

Yeltsin firma con el presidente chino, Jiang Zemin, el 25 de agosto de 1999 en la ciudad de Bishkek (capital de Kirguizistán), una declaración de confianza respecto de los miles de kilómetros fronterizos entre sus respectivos países. Ambos presidentes amplian su estrategia internacional común al rechazar la política exterior de EEUU. y la OTAN.

Así, pues, tres años después de haberse retirado a consecuencia de un acuerdo de paz, Rusia vuelve a Chechenia. La aviación rusa inicia el bombardeo de objetivos chechenos el 5 de septiembre (Grozny entre ellos a partir del día 23) y el ejército de tierra inicia la invasión el 30. Lo que en un principio se presenta como una operación antiterrorista limitada a los campos de entrenamiento guerrilleros al otro lado de la frontera, se convierte en una campaña para la ocupación total de Chechenia, sin reparar en medios y sin distinguir matices dentro del bando enemigo. Grozny es sometida a un asedio en el que ni siquiera se efectúa un alto el fuego para evacuar a los heridos. Los suministros de agua, electricidad y gas son cortados por los sitiadores, mientras las organizaciones humanitarias ven cómo se les prohibe el paso a a la ciudad.

Misiles rusos matan a decenas de personas en un mercado y una maternidad del centro de Grozny.

El concepto de guerra total, incluso de exterminio, persigue no repetir los errores de 1994-1996, pero genera episodios de gravísimas violaciones de los Derechos Humanos contra la población civil. MASJADOV, en Chechenia, declara la ley marcial y llama a la “guerra santa” contra el invasor ruso el 5 de octubre, pero no ceja en sus llamamientos al cese de hostilidades, que no encuentran eco en Moscú.

Aunque en las elecciones legislativas, celebradas el 19 de diciembre de ese año, en Rusia, vuelve a vencer el Partido Comunista, con un 24,2% de los votos emitidos, el partido de PUTIN, Unidad, obtiene el 23,3% y el segundo puesto.