Durante los primeros años del reinado en España del emperador CARLOS I, Castilla y Valladolid se han abierto a los aires humanistas, sin miedos espirituales. Incluso la propia élite política y cortesana manifiesta una evidente simpatía hacia ERASMO. Consecuencia de esta situación es el rigor inquisitorial -bien espoleado por los elementos más intransigentes- que se manifiesta como nunca y extrema su suspicacia hasta el extremo de perseguir a personas de tan probada religiosidad como fray LUIS de León que es acusado de judaizante. El proceso y la prisión de fray LUIS dura cuatro años y al final es absuelto de todos los cargos y repuesto como catedrático en Salamanca. Sin embargo, este rigor no impide la aparición de herejías ni de curiosas sectas. Pero paulatinamente y ante el avance de la Reforma, se va imponiendo la convicción de que el erasmismo es la pendiente que conduce al luteranismo.

El uso del tormento, llegó a ser general en la Europa civilizada en sus mejores tiempos, en los más llenos de espíritu y sabiduría, y, también, de verdadera humanidad. Usábase del tormento no sólo en los tribunales eclesiásticos, sino también en los civiles; sufríanlo en su caso, no solamente los seglares, sino también los clérigos y religiosos. Sin embargo, fue el Santo Oficio quien lo abolió el primero entre todos los tribunales. En otro orden de cosas, lo mismo ocurrió con la esclavitud y con otras tantas situaciones que en momentos determinados de la historia eran aceptados por todos como un proceso y como una relación normal socialmente hablando. Todas estas grandes «lacras» de la humanidad se fueron aboliendo paulatinamente principalmente por la actuación decidida de la Iglesia.

En los autos de fe de la Inquisición en España de 1561, de un total de 37 procesados que comparecieron, fueron quemados 10. Tras los espectaculares autos de fe de 1559 y de 1561, la Inquisición española persiguió inflexiblemente la «tentación de pensar», proyectándose en primer lugar, hacia cualquier discrepancia repecto a la ortodoxia, y en segundo lugar, se intensificaron los controles en los puertos de mar y en los pasos a través de los Pirineos, en la vigilancia de los comerciantes extranjeros, la búsqueda y destrucción de libros señalados en los «índices», etc, y cuya eficacia impidió la extensión, que no la entrada, del luteranismo en nuestro país.

Según la instrucción 4ª del un edicto del Santo Oficio de 1561, sólo a los reos contra la fe podía aplicarse el tormento, y esto, habiendo semiplena probanza del delito, precedida de la infamia del acusado. Ningún Tribunal de provincia tenía facultad para aplicarlo sino cuando unánimemente lo votaban los Inquisidores, el Obispo diocesano y los consultores; desde muy antiguo se tenía prevenido a los Inquisidores que fuesen sumamente circunspectos en mandar atormentar a los reos: «Los Inquisidores deben considerar mucho las circunstancias concurrentes antes de resolver a pronunciar una sentencia de tormento; y, en caso de darla, expresarán en ella la causa porque se le intenta atormentar»

Durante estos años, se piensa en ensanchar el mundo y los dominios de FELIPE II fuera de la vieja Europa, cansada por guerras interminables y agotadoras agitaciones. Por otra parte, FELIPE II busca introducir la Santa Inquisición en los reinos de Milán y Nápoles para frenar posibles focos de herejía, y el descontento promueve agitaciones y escándalos en estas poblaciones; algunos caudillos intentan, sin conseguirlo, la sedición.

FELIPE II preside en Barcelona un Auto de Fe.

Desde 1561 habían surgido en Catalunya conflictos entre los diputados de la Diputació y la Inquisición por cuestiones de ceremonial, dando lugar -en la fecha- a una situación extraordinariamente grave: el encarcelamiento, por orden del virrey, de los diputados que se habían negado a excusarse ante los inquisidores.

FELIPE II ordena el establecimiento de la Santa Inquisición en México y en Perú. Desde antes incluso del concilio de Trento, él personalmente manjeaba los asuntos de la Iglesia y ahora no se resignaba a perder sus poderes. Según el Papa, los ministros del monarca hacían usurpación de las funciones eclesiásticas, por lo que Dios castigaría a los reyes que desobedecieran al vicario de Cristo. Monarquia e Iglesia vivían en ocasiones de forma enfrentada, ambos poderes chocaban en sus atribuciones y FELIPE II dejó constancia de ello en su numerosa correspondencia, tanto pública como privada.

Factor no decisivo, pero sí coadyuvante para la aparición de los primeros focos de protestantismo en España, es la doble circunstancia del retiro claustral del emperador Carlos y de las ausencias de su hijo FELIPE II.

Sevilla y Valladolid son los dos principales focos de protestantismo en España. En Sevilla, los doctores EGIDIO, famosísimo predicador y PONCE de la Fuente, que le había acompañado en sus viajes por Alemania y Flandes, lograron numerosos adeptos entre los frailes jerónimos del monasterio de S.Isidoro, algunas damas de las más distinguidas clases sociales y gentes de diversa condición.