Como consecuencia de la derrota de Villalar, las Juntas se han disuelto en la mayor parte de las ciudades castellanas. Sólo Toledo, defendida por el obispo Acuña, y por María Pacheco, esposa de Padilla, se mantiene hasta febrero de 1522.

A pesar de alguna victoria importante por parte del movimiento de las Germanías en Valencia, éste, en la fecha, es vencido. En efecto, el 3 de marzo de 1522 entran definitivamente las tropas reales en Valencia, realizándose la ejecución del radical Vicente Peris -líder de los revolucionarios- y sus más directos colaboradores. Únicamente Játiva y Alcira quedan bajo dominio agermanado, produciéndose un rebrote de la rebelión, esta vez acaudillada por un misterioso personaje conocido por «El Encubierto», un impostor que se hace pasar por el infante Juan, hijo de los Reyes Católicos.

Las autoridades catalanas piden insistentemente el nombramiento de un Lugarteniente especial para Catalunya. CARLOS I atiende estos deseos; desde entonces Aragón, Valencia y Catalunya, tendrán su Lugarteniente propio, al que se llamará Virrey. El primer Virrey de Catalunya, Rosellón y Cerdanya fue Pedro Folch de Cardona, Arzobispo de Tarragona (1521-1523).

Hasta el fin de la Guerra de las Germanías el predominio del catalán dentro del reino de Valencia no ha sido cuestionado. A partir de esta fecha, la situación cambiará radicalmente y el catalán será reemplazado por el castellano como lengua literaria. Aunque las instituciones forales todavía continuarán usando el catalán, se irá gestando durante los dos siglos siguientes el proceso de castellanización de la sociedad valenciana, acentuando el final de la independencia política de la Corona de Aragón con el cambio de lengua de las más altas instancias (Consejo de Aragón, Virreyes, Inquisición) hechos que además propiciarán la fragmentación dialectal del catalán.

IGNACIO de Loyola se encuentra en Montserrat a donde se ha dirigido al salir de Loyola. Las intenciones que trae el santo a Montserrat son las de dejar las armas del mundo y «vestirse las de Jesucristo» y para eso quiere hacer una vela ritual y solemne, que exige otros preparativos. Si la ley de los caballeros impone la confesión y comunión antes de vestir las armas materiales, ¿qué no hará falta para vestir las de Jesucristo?. Después de hacer oración y de ponerse de acuerdo con el confesor, hace confesión general por escrito, y la confesión dura tres días. Se desprende de la espada y la daga y las ofrece a la Virgen, regala el caballo al monasterio y después de comulgar, se siente dispuesto a hacer la vela ritual de las nuevas armas. Antes, da sus ricos vestidos a un pobre y se viste la túnica de saco. A punta de alba del día 25, sale IGNACIO de Montserrat dirigiéndose a Manresa.

IGNACIO de Loyola, en Manresa, escribe una especie de manual, los Ejercicios EspirituaÍes, para llevar a las almas a Dios. Según los planes de IGNACIO su estancia en Manresa había de durar poco días, pero se prolongará durante diez meses, debido a la peste y el hambre de Barcelona, lugar hacia donde quiere dirigirse.

Alejandro Farnesio fue uno de los jefes de los Tercios españoles, antes de ocupar el cargo de gobernador de los Países Bajos. El ejército de CARLOS (V) de Alemania se compone de soldados de infantería españoles y de lansquenetes alemanes con gran experiencia de lucha; aquellos mercenarios, procedentes de todas las partes de Europa, hablan lenguas diversas y están dispuestos a saquear y a devastar las regiones que atraviesan si no se les paga su sueldo, lo que ocurre con bastante frecuencia. Forman un conjunto heterogéneo, pero sólido y muy combativo en las batallas. Este ejército tiene, además, excelentes jefes militares, que saben conducir a la victoria a unos hombres ávidos de batallas y de botín.

El campo de batalla entre CARLOS (V) y FRANCISCO I no tarda en pasar a Italia. Tras la victoria de Marignano, los franceses dominan el Milanesado; las tropas imperiales se concentran sobre Milán, toman la ciudad, a excepción de la ciudadela, defendida por el vizconde de Lautrec, y luego arrojan a los franceses de Parma y de Piacenza. En los primeros enfrentamientos, el ejército imperial se muestra superior al francés, que adolece de la constante deserción de los alabarderos suizos, quienes, en los momentos críticos de las batallas, huyen en desorden. FRANCISCO I pretende expulsar a los españoles de Milán, pero es vencido, en la fecha, debiendo volver a Francia.

Tras el asesinato en Burjassot de «El encubierto» el 19 de mayo de 1522 por dos seguidores suyos para cobrar la recompensa ofrecida por el virrey, y la caída de Játiva y Alcira, se produce la derrota definitiva de los «agermanats», nombrándose virrey de Valencia a  la viuda Germana de Foix, segunda esposa de  Fernando El Católico (fallecido en 1516) y que se había casado de nuevo esta vez con el duque de Calabria. Germana organizó una una brillante corte en Valencia al tiempo que firmaba sentencias de muerte (se mencionan 800 en varios años). Según otras fuentes, las represalias consistieron en confiscaciones y multas, sobre todo a las organizaciones gremiales, produciéndose escasos casos de pena de muerte.

CARLOS I pone rumbo a España, haciendo una escala en Inglaterra para firmar un acuerdo con ENRIQUE VIII con el fin de establecer la defensa de ambos países contra Francia, desembarcando en Santander en 16/7/1522. Encuentra una España pacificada y sometida y en la que los nobles que más se habían significado luchando junto a los comuneros, así como muchas ciudades, han dado muestras de lealtad luchando contra los franceses que intentaban ocupar Navarra en junio de 1521. Enterado por los respectivos gobernadores de todas sus gestiones en el tema de las germanias y de las comunidades, hace ejecutar a los más comprometidos en estos movimientos.