Aconsejado por LUIS XIV de Francia, en septiembre de 1673, JACOBO se casa, de nuevo, con la católica Beatriz de Módena y este dato le enfrenta aún más con el Parlamento. Con el propósito de suavizar el elevado antagonismo consiente que las hijas habidas de su anterior matrimonio, María y Ana, se eduquen como miembros de la Iglesia anglicana.

La hija mayor de JACOBO -hermano de CARLOS II de Inglaterra-, la futura reina de Inglaterra, MARÍA II, se casa en 1677 con el protestante GUILLERMO III de Orange, estatúder de los Países Bajos.

La creciente oposición del Parlamento al catolicismo provoca la falsa conspiración papista de 1678, denunciada por el espía Titus Oates, macabro personaje que, como espurio jesuita, ha residido en los colegios ingleses de Valladolid y Saint-Omer (Francia) y acusa a los católicos ingleses de proyectar el asesinato de CARLOS II, el incendio de la City londinense y entronizar con ayuda de tropas francesas e irlandeses a JACOBO Estuardo. Aquella inventada conspiración, respaldada por el canciller del reino Lord Shaftesbury, causa que numerosos católicos sean encarcelados y cerca de un centenar injustamente ejecutados. Las tensiones llegan a tal grado que JACOBO tiene que exiliarse en Bruselas

Cuando los ánimos se apaciguan, el rey de Inglaterra, CARLOS II, logra que en el mes de octubre su hermano, JACOBO, regrese a su patria con la condición de aceptar el cargo de Alto Comisario en Escocia. Allí, JACOBO se muestra tolerante, conciliador y protector de los presbiterianos, cuyo apoyo busca, aunque manteniéndose firme en su fe católica a pesar de los embates de quienes pretenden que vuelva al credo anglicano.

Finalmente, en mayo de 1682, con el apoyo de CARLOS II, su hermano JACOBO puede regresar a Londres, parcialmente recobrar algunas de sus prerrogativas y, para satisfacción de muchos de sus compatriotas, consentir que su otra hija, ANA, se case con otro protestante el príncipe JORGE de Dinamarca.

Sube al trono de Inglaterra y Escocia, JACOBO duque de York, que reinará como JACOBO II de Inglaterra y VII de Escocia (1685-1689), hijo de Carlos I y de Enriqueta María de Borbón, hermano, por tanto, del fallecido Carlos II que ha muerto sin dejar hijos legítimos. Casi de inmediato se suceden tanto en Inglaterra como en Escocia una serie de guerras civiles en las que las facciones en lucha están en el plano religioso claramente divididas: Los presbiterianos escoceses y los partidarios del anglicanismo. Los primeros propugnan una iglesia puritana y sencilla, gobernada por ministros electos. Han cerrado filas frente a quienes desean una iglesia ritualista administrada por los obispos elegidos por el rey. JACOBO II de Inglaterra (VII de Escocia) se convierte al catolicismo.

JACOBO II hereda de su hermano un poder indiscutido y él, por su parte, aunque en absoluto oculta su religión católica -hasta el extremo de hacerse coronar por el Primado del Papa- se compromete a respetar la Iglesia anglicana y los dictados del Parlamento. No obstante, tiene que soportar el doble ataque del conde de Argyll y del duque de Monmouth -hijo natural de Carlos II y “buen protestante” que aspira al trono inglés. El primero desembarca en mayo de 1685, en el este de Escocia con un grupo de fieles, pero, hecho prisionero, pronto es ejecutado.

El duque de Monmouth arriba en el mes de junio a Lyme, región de Dorsetshire, y aunque reúne algunos millares de partidarios para derrotar a JACOBO II, es derrotado, en la fecha en la batalla de Sedgemoor .

Decapitado el duque de Monmouth, hijo natural de Carlos II de Inglaterra, por intentar derrocar al rey JACOBO II de Inglaterra y VII de Escocia.

JACOBO II se aprovecha de diversas rebeliones para reforzar su ejército y llenar de oficiales y funcionarios católicos los puestos civiles y militares. El nombramiento del conde de Sunderland como Secretario de Estado, un católico, y sobre todo la inclusión en su Consejo Privado del jesuita padre Petre y otros cuatro católicos, despierta en el reino una cierta inquietud. Los ingleses, en general, pueden aceptar el catolicismo de su rey con tal de que no lo imponga en su reino. Pero JACOBO II es obstinado y torpe y la única lección que ha aprendido de la revolución de Cromwell, que le ha costado la vida a su padre Carlos I, es que con la oposición no se transige ni se negocia. En su osadía, ataca a las universidades, firmes puntales de la Iglesia anglicana, en donde a la cabeza de varios colegios de Cambridge y de Oxford sitúa a católicos. De esta última expulsa a los estudiantes del Magdalen College para transformarlo en un seminario católico.