En abril de 1687, JACOBO II promulga la tercera Declaración de Indulgencía, que suspende todas las leyes penales contra católicos y disidentes y tolera cierta libertad de cultos. Pero muchos ingleses consideran que aquel decreto, en realidad liberal y justo, no es sino otro paso para, a imitación de la Francia de LUIS XIV en su persecución a los hugonotes, iniciarla en Inglaterra contra los anglicanos. Más de un católico, presintiendo las consecuencias de aquellas intermitentes medidas, rehusa aceptar los cargos ofrecidos por el rey e, incluso el papa INOCENCIO XI, le aconseja moderación.

JACOBO II tiene un breve reinado, cortado por el brote insurreccional de sus enemigos políticos, que le obligan a tener que huir de Inglaterra y buscar refugio en la Corte francesa. Católico, absolutista y de edad avanzada cuando ocupa el trono, JACOBO II practica unas formas de gobierno de acuerdo con sus ideas y convicciones que generan en muy poco tiempo las semillas del levantamiento contra su persona. Fuertes protestas se oyen rechazando sus “Declaraciones de indulgencia” favoreciendo a los católicos, pero el factor que resulta determinante para encauzar la revuelta institucional parlamentaria es el nacimiento de un hijo varón, fruto de su matrimonio con la princesa católica María de Módena, que pronto es bautizado, lo que echa por tierra las esperanzas reformadas de que la Corona recaiga en una persona de confesión no católica, posibilidad hasta entonces la más próxima, ya que las dos hijas herederas del monarca, María y Ana, protestantes ambas, se hallan casadas también con protestantes

Ante esta situación los ingleses desean la sucesión con impaciencia. Las hijas del rey son protestantes casadas con protestantes, pero a JACOBO le nace un hijo que es bautizado en la religión Católica. Los ingleses no toleran esa posible sucesión y llaman al trono a la hija mayor del rey, casada con GUILLERMO de Orange. Dos son las condiciones: debe mantener el protestantismo y dejar gobernar al Parlamento. GUILLERMO ve en aquello la posibilidad de reforzar su enfrentamiento con LUIS XIV y acepta rebelarse contra su suegro. Desembarca en Inglaterra y entra en Londres en 1688.

Pero la imprudencia de JACOBO II va en aumento: en mayo de 1688 ordena que la Declaración de Indulgencia sea leída, dos domingos consecutivos, desde los púlpitos, por los clérigos anglicanos. Cuando siete obispos anglicanos se resisten, el rey les encierra en la Torre de Londres y los somete a juicio. Pero al ser juzgados y absueltos por un jurado en junio, Londres se iluminará de júbilo y la oposición a JACOBO Il se envalentonará.

A JACOBO II le nace un hijo, Jacobo, Francisco, Eduardo. Por fin su actual esposa, Beatriz de Módena, da a luz un varón sano y fuerte, en junio de 1688 -es su quinto parto y sus cuatro hijos anteriores han muerto a los pocos meses-. De su primer matrimonio, el Rey tiene dos hijas, ya adultas, que han sido criadas en la fe Protestante. Mientras no había heredero varón, la oposición ha tenido paciencia, pues teme la guerra civil y prefiere soportar a JACOBO II, a la espera de que suba al trono su heredera, la princesa MARÍA, buena protestante casada con GUILLERMO de Orange. (La madre de GUILLERMO es hermana de JACOBO II). Pero el nacimiento de aquel católico Estuardo, también llamado JACOBO, les sume en la desesperación. Un movimiento crece para sustituir a JACOBO II por la fuerza por su yerno, GUILLERMO III de Orange (Estatúder de las Provincias Unidas).

El 30 de junio de 1688, siete distinguidos personajes del reino, entre ellos el obispo Compton, de Londres, invitan a GUILLERMO de Orange -yerno de JACOBO II- a que invada Inglaterra con un ejército, con el fin de “restablecer la libertad y proteger la religión protestante”. JACOBO II, con la seguridad de que GUILLERMO de Orange, amenazado por los ejércitos de LUIS XIV, no podrá colaborar con los insurrectos, mantiene su obstinada confianza. Más aún, orgullosamente, rechaza la ayuda terrestre y naval que le ofrece Francia. Su torpe terquedad le lleva a una situación desesperada cuando LUIS XIV, previendo una guerra anglo-holandesa, se queda con las manos libres y dirige sus ejércitos contra el Palatinado. GUILLERMO de Orange advierte que tiene las manos libres y acepta la invitación de la oposición inglesa a derribar al rey católico.

Como último recurso para embridar la situación, JACOBO II concede una amnistía general, revoca muchas de sus disposiciones e incluso clausura algunos colegios de jesuitas. Pero ya es demasiado tarde, pues carece de credibilidad. Tiene un aguerrido ejército, pero no se fia de él: las traiciones y deserciones se suceden. John Churchill, futuro duque de Marlborough, su primer soldado y el general más hábil de su siglo, se pasa a las fuerzas de GUILLERMO de Orange y ANA, la segunda hija del rey, se une a los rebeldes.

Los parlamentarios, de mutuo acuerdo en esta cuestión las dos agrupaciones partidistas (tory y whig), contando además con el beneplácito de la Iglesia anglicana y de sectores militares, solicitan la ayuda del estatúder de Holanda, GUILLERMO III de Orange, para que intervenga en defensa de la religión protestante y de la libertad del Parlamento. El mandatario holandés acepta y desembarca en Torbay el 5 de noviembre con 16.000 hombres y, sin apenas resistencia, marcha hacia Londres. El grito de rebelión vuelve a sonar en los campos de Irlanda. La revolución de 1688 da en Escocia la victoria a los presbiterianos, carácter que todavía mantiene actualmente la iglesia de Escocia.

El 10 de diciembre la reina María logra huir a Francia llevando consigo a su único hijo superviviente, Jacobo, de apenas 6 meses de edad. Al día siguiente -11 de diciembre-  JACOBO II procura también huir a Francia, lanzando antes el Gran Sello del Reino al río Támesis, sin embargo es capturado en Kent y es forzado a abdicar tras el desembarco de Guillermo de Orange el 5 de noviembre a petición de varios estadistas británicos.

No teniendo ningún deseo de hacer de JACOBO II un mártir de la causa católica, GUILLERMO de Orange da toda clase de facilidades para que JACOBO, el 22 de diciembre, huya a Francia. JACOBO será recibido por LUIS XIV, quien le ofrecerá un palacio y una abundante pensión. Posteriormente, GUILLERMO se instala en su palacio real de Whitehall. Ante la fuga del rey, el Parlamento interpreta que ha abdicado. Esta segunda deposición de un Estuardo, que a diferencia de la primera se lleva a cabo sin efusión de sangre, se llamará por la historia la «gloriosa Revolución».