Asume momentáneamente la regencia en la Corona de Castilla y Aragón, el religioso franciscano que ha sido confesor de la reina, Francisco Jiménez de CISNEROS. El orden logrado años atrás por los Reyes Católicos prácticamente ha desaparecido. En su lugar impera la anarquía. Mientras renacen las luchas de bandos en diversas ciudades, algunos ricos hombres campan a sus anchas.

Apenas dos meses después de reconocerlo como rey de Castilla y León, fallece, en la fecha, en Burgos, FELIPE I el Hermoso. La muerte inesperada de su marido, con sólo 27 años, trastorna definitivamente a JUANA.  FELIPE  estaba ejerciendo como gobernador de Castilla juntamente con Juana  y con su suegro Fernando. La muerte fue a causa de un acaloramiento contraído el día anterior jugando a pelota, seguido de una bebida excesivamente fría, aunque no faltó quienes la achacaran a los abusos sexuales del promiscuo príncipe. Con esa muerte se remata el estado mental de su viuda, que se mantuvo durante meses junto al hediondo cadáver de su marido, prohibiendo a ninguna mujer que se acercara a él, y anduvo así deambulando hasta sepultarlo en Granada. Desde ese momento, la locura de la reina fue irreversible y tuvo que ser confinada, originando no pocos transtornos en la corte.

JUANA quiere que su marido sea enterrado en el Panteón Real de Granada; mientras tanto, exige que sea depositado en Tordesillas. Emprende, pues, en la fecha, un largo y penoso viaje, acompañada por numerosa comitiva, por tierras de Castilla, desde Burgos a Tordesillas. El viaje se hace de noche, lo que suscita nuevos comentarios sobre la salud mental de la reina.

El problema político sigue en pie. Ante el estado de la situación, FERNANDO el católico regresa a Castilla para ocupar la regencia y empieza otra vez a gobernar, en nombre de su hija JUANA. La suerte de la reina no está todavía echada.

Nace en Torquemada (Palencia) CATALINA, sexto y último hijo de JUANA la Loca y de FELIPE el Hermoso (Cuarta niña). Futura reina de Portugal. Casará con el rey JUAN III de Portugal.

Ante la deteriorada situación social en Castilla y teniendo en cuenta que CARLOS apenas tiene seis años y el contenido del testamento de la difunta reina Isabel, el cardenal CISNEROS decide llamar a FERNANDO el Católico, quien ejercerá la regencia de Castilla en nombre de su hija (1507-1516).

En 1508, el rey de Inglaterra, ENRIQUE VII, pretende casarse con JUANA la Loca. Pero FERNANDO el católico pone muchas trabas al proyecto, insistiendo en la mala salud de su hija. Lo que FERNANDO el Católico trata de evitar es un nuevo casamiento de su hija porque a él le interesa quedarse solo al frente de la gobernación de Castilla; no quiere que se repita la situación creada en vida de Felipe el Hermoso. Para ello ha de afianzar la tesis de la locura de JUANA. El cardenal CISNEROS comparte esta opinión.

JUANA la Loca, es recluida, a partir de 1509, en un monasterio cercano a Tordesillas, en un estado de enfermedad mental que se alterna con períodos de lucidez. Pero es la reina de Castilla, y como tal encabeza los documentos oficiales, aunque debido a su supuesta debilidad mental, nunca reconocida oficialmente, es apartada de cualquier contacto con los asuntos pùblicos. ¿Está realmente loca o es una víctima de la razón de Estado? Probablemente hay un poco de cada cosa. De hecho, jamás será incapacitada o depuesta legalmente y guardará siempre el título de Majestad. JUANA reinará pero no gobernará.

Ya en el lecho de muerte, FERNANDO el Católico rectifica el testamento otorgado en Burgos en 1515, por el que nombraba heredero de la Corona de Aragón a su nieto Fernando, hermano de CARLOS. Su último testamento, por tanto, designa heredera a su hija JUANA y, cuando tenga edad para reinar y dado el estado mental de la reina, a su nieto CARLOS, pese a que el viejo rey aragonés le considera un verdadero extranjero, inadecuado para el gobierno de las Españas. Hasta que llegue este momento, nombra a su hijo natural ALONSO de Aragón regente de los reinos de la Corona de Aragón y al Cardenal CISNEROS, regente de Castilla y Navarra. Este testamento está de acuerdo con el testamento de Isabel la Católica para castilla y Navarra. Estas regencias tendrán que hacer frente a las disensiones de la nobleza, que se divide en partidarios de CARLOS de Gante, a cuyo lado se han puesto tiempo atrás como reacción a su enemistad con Fernando el Católico; en seguidores del infante FERNANDO, al que prefieren a su hermano por la educación española; y en defensores del restablecimiento del poder nobiliario.

Fallece el rey FERNANDO el Católico, en la villa de Madrigalejo (actual provincia de Cáceres), durante el transcurso de un viaje hacia Guadalupe, a la edad de 64 años. Después de su muerte, JUANA -la hija de los Reyes católicos- es reina de la Corona de Castilla y de Navarra, por su madre y además de la Corona de Aragón, por su padre; su hijo, CARLOS, le corresponderá sólo gobernar como regente, en nombre de su madre. Así, desde 1516, los documentos oficiales estarán redactados en nombre de CARLOS y de JUANA con alguna complicación a partir de 1519, cuando CARLOS, además de rey de Castilla, sea emperador. El cadáver de FERNANDO el Católico es enterrado junto al de su primera esposa, según disposición de ésta en su testamento, en la Capilla Real de la Catedral de Granada.