Nace JOSÉ FERNANDO en Viena el 28 de octubre de 1692, hijo del duque-elector Maximiliano II Manuel de Baviera y de la archiduquesa María Antonia de Austria, hija del emperador LEOPOLDO I y de la infanta Margarita Teresa de Austria. Es, por tanto, bisnieto del rey Felipe IV de España y de su segunda mujer, la reina doña MARIANA de Austria, y sobrino nieto del rey CARLOS II de España. El Príncipe Elector ha venido al mundo en medio de las angustias por conseguir un heredero para la Monarquía Hispánica: CARLOS II, tras la muerte de su primera esposa, la reina María Luisa de Orleans, ha contraído segundas nupcias con la hija del Elector Palatino y hermana de la tercera mujer del emperador LEOPOLDO I, Mariana de Neoburgo, con el objetivo de conseguir el hijo que su primera mujer no le ha podido dar. La llegada al mundo del Príncipe Elector JOSÉ FERNANDO llena de gozo a la reina madre al tiempo que abre un nuevo frente por la sucesión: JOSÉ FERNANDO fue considerado por MARIANA de Austria como el heredero directo de la Monarquía Hispánica, pues estaba convencida de que su hijo, CARLOS II, nunca podría concebir. Mariana no está de acuerdo.

En la Corte de España, el período comprendido entre 1693 y 1696 (año de la muerte de la reina madre, MARIANA de Austria) fueron años de tensión política permanente y de intrigas políticas emanadas de la enemistad de las dos reinas, la madre (MARIANA de Austria) y la consorte (MARIANA de Neoburgo). Fueron momentos de luchas de poder que sellaron el inicio del desprestigio progresivo del partido alemán en la corte de Madrid. La camarilla alemana articulada en torno a la reina consorte se ganó los odios de la nobleza, abriendo fisuras insalvables en la facción imperial.

En España, ante la posible muerte del rey CARLOS II, el Consejo de Estado del 13 de junio de 1696 va perfilando una posición intermedia entre la sucesión francesa -FELIPE de Anjou- y la imperial -CARLOS VI- , en la que el príncipe JOSÉ FERNANDO de Baviera se postula como el candidato más idóneo para la sucesión. Al final se redacta un testamento en el que se declara sucesor al Príncipe Elector.

En septiembre de 1696, CARLOS II de España experimenta una grave recaída que hace pensar a toda la Corte que que se muere, por lo que el Consejo de Estado se reúne de urgencia resolviendo obligar al Rey a firmar el testamento de junio que no se consigue. El Rey, que parece haber recuperado la salud, tiene una nueva recaída el 9 de octubre por lo que el Consejo de Estado vuelve a reunirse. En dicha reunión los bavieristas -los que proponen a José FERNANDO- consiguen sacar adelante el testamento de junio y al concluir el Consejo el cardenal Portocarrero entra en la cámara del Rey y obliga a CARLOS II a firmar aquel testamento en el que se decreta heredero universal de la Monarquía al príncipe alemán JOSÉ FERNANDO de Baviera, sobrino-nieto del rey CARLOS II. Entre tanto, la situación de los austracistas -los que proponen al archiduque CARLOS hijo de LEOPOLDO- en el Consejo de Estado empeora de manera notable: el cardenal Portocarrero ha conseguido imponer el testamento a favor del Príncipe Electoral de Baviera y solo el Almirante de Castilla, el Condestable y tres consejeros apoyan al archiduque CARLOS.

Véase Genealogía

Maximiliano Manuel de Baviera manda venir a su hijo José FERNANDO a Bruselas con la intención de que los Estados de Flandes le presten juramento en caso de muerte de CARLOS II. José FERNANDO llega a la capital flamenca el 23 de mayo de 1698.

Por su parte LUIS XIV, deseoso de mantener la paz en Europa y a la vez sacar el máximo partido a la falta de descendencia de CARLOS II de España, acuerda en La Haya con las potencias marítimas el reparto de la Corona Española en caso de muerte de CARLOS II: dicho tratado -Tratado de la Haya- es firmado con Inglaterra el 8 de septiembre y con las Provincias Unidas el 11 de octubre. El reparto se realizaría del siguiente modo: los reinos peninsulares, a excepción de Guipúzcoa, más las Indias serían para el príncipe José FERNANDO (artículo 5°); el archiduque CARLOS recibiría el Milanesado (artículo 6°); mientras que el Delfín de Francia quedaría en posesión de los reinos de Nápoles y Sicilia (artículo 4°).

Los planes políticos que unos y otros tienen en torno a José FERNANDO se ven frustrados: el Príncipe Electoral fallece el 3 de febrero de 1699 a la edad de 7 años con lo que la sucesión española queda otra vez abierta. Su muerte es absolutamente repentina: sin razón aparente comienzan a surgir en el pequeño José FERNANDO ataques de epilepsia, vómitos y pérdidas prolongadas de conocimiento. Pronto comienzan a surgir rumores de envenenamiento aunque nunca se podrá confirmar nada. Ahora los posibles sucesores son: FELIPE d’Anjou (nieto de LUIS XIV) y el archiduque CARLOS de Habsburgo, hijo segundo de LEOPOLDO I de Austria. En efecto, no habiendo herederos directos, ésta es la situación: CARLOS II tiene dos hermanas, ambas casadas con reyes; MARÍA TERESA (hermanastra) esposa de LUIS XIV de Francia y MARGARITA esposa del emperador LEOPOLDO I de Austria. MARÍA TERESA es la mayor, pero, de gobernar España su nieto, Felipe V, esto implicaría un cambio de dinastía. Los hijos de MARGARITA, en cambio, significan una continuidad dinástica.