Todo ello hace que se endurezcan las medidas de seguridad en el interior de Catalunya, lo que, a su vez, aumenta el descontento de su gente. El clero, por lo general, fomenta esa actitud. En la misa muchos curas piden por el rey, sin decir cual, lo que era un modo de referirse a FELIPE IV. Los franciscanos disimulan menos, pues, en sus sermones, amenazan con el infierno a cuantos no le acaten. Las autoridades de ocupación tienen que expulsar a muchos clérigos, incluido el obispo de Vic, Ramón de Sentmenat. También piensan en traer sacerdotes de Francia para sustituir a los de Catalunya.

Los franceses se han hecho con las riendas del poder en Catalunya, instaurando una verdadera dictadura. Habiendo fallecido Pau CLARIS, no les es difícil que unas autoridades complacientes, habiendo fallecido, también, LUIS XIII, rey de Francia, proclamen, en la fecha, conde de Barcelona a su hijo, el nuevo rey de Francia LUIS XIV. Catalunya se convierte, así, en una provincia francesa, lo que hace que más catalanes se sumen a los que ya figuraban en el ejército real. El resto de la población les va creando a los ocupantes problemas cada vez mayores. Ellos mismos atizan el fuego con la arbitrariedad de su gobierno y con el comportamiento de sus tropas, peor que el de los mercenarios de FELIPE IV.

Poco después, FELIPE IV, conoce a sor MARÍA de Agreda, famosa por sus cualidades de santidad y a partir de este momento se inicia una activa correspondencia entre el monarca y la monja, que se convierte en una especie de consejera privada del rey hasta su fallecimiento. En una de sus cartas, fechada el 13 de octubre de 1643, sor MARÍA de Agreda escribe al rey que tras la caída de OLIVARES, debe continuar ejerciendo sus funciones en persona y no distinguir especialmente a ningún ministro en particular. Para reforzar su advertencia, sor MARÍA da a entender que el incumplimiento de este deber divino, constituye un grave riesgo para el alma del monarca. El rey hace suyo el consejo.

En el Roselló, en el Conflent, las peticiones de ayuda a Barcelona no obtienen respuesta. Las relaciones entre Perpinyà (la segunda ciudad de Catalunya en aquellos momentos) y Barcelona, la capital, hace años que son tirantes, ya que el Roselló ha denunciado unos supuestas agravios por parte de la Diputación: abandonamiento de la defensa militar, presión fiscal asfixiante…  Ahora que también Barcelona sufre directamente las consecuencias de la ocupación francesa es impensable que pueda hacer alguna cosa para ayudarlos. A finales de 1643 el cónsul de Perpinyà se dirige directamente a los ministros de París, pero nada más reciben buenas palabras. En realidad, las instrucciones de MAZZARINO son incorporar el norte de Catalunya a la soberanía francesa. Sobre el terreno, la fortaleza militar francesa declina; los españoles han reconquistado Lleida y el Roselló hierve de indignación.

Durante la guerra dels Segadors se suceden diversos lugartenientes franceses, pero desde 1644 el visitador general Pèire de Marca se convierte en el hombre fuerte. La situación interna de Catalunya no es buena, los catalanes empiezan a decepcionarse del dominio francés. En el clero, la nobleza, la burguesía, el pueblo, ningún partido es pro francés. Mientras tanto, el éxito en la guerra va pasando de un bando al otro.

Después de tres meses de asedio, Lleida capitula ante las tropas castellanas en julio de 1644. Las tropas del rey FELIPE IV, entran en Lleida el 6 de agosto y, al día siguiente, en la fecha, FELIPE IV renueva en esta ciudad su juramento de fidelidad a las libertades y constituciones catalanas, prometiendo que estos derechos no se verán afectados por la rebelión del Principado, y la posterior sumisión de la Diputació al monarca francés. FELIPE IV, opta en lugar de la venganza por atraerse a la población. Este gesto real tiene un alto valor simbólico y contribuye a aumentar el número de catalanes partidarios del retorno a la monarquía hispánica.

Para cubrir el efecto negativo de la derrota de Lleida, el virrey de Francia en Catalunya, La Motte, asedia Tarragona. Sin embargo, el ejército real con la colaboración ya de algunos catalanes que se han pasado al bando español le obligan -en la fecha- a levantar el asedio. Caído en desgracia, el virrey La Motte dejará el virreinato de Catalunya dos meses después.

Fallece la reina ISABEL de Borbón a los pocos días de haber contraído una erisipela fulminante. FELIPE IV, su esposo, que se encuentra en Lleida debe regresar a Madrid, encomendando a sus capitanes que guarden todas las consideraciones a los catalanes. La reina, prohíbe a su hijo Baltasar Carlos, príncipe de Asturias, que la visite, alegando: «Reinas para España hay muchas, pero príncipes hay pocos». Reventando caballos, el rey llega a la corte, pero la reina ha muerto el día antes, a los cuarenta y un años menos un mes de edad. Felipe no quiere ver el cadáver, que es trasladado a El Escorial, presidiendo el cortejo el príncipe Baltasar Carlos. El rey escribe a sor María de Agreda: «Me veo agobiado de insoportable tristeza, pues en una sola persona he perdido cuanto perder pudiera en este mundo».

El rey FELIPE IV, efectuados en Madrid los últimos actos en honor de su esposa fallecida el pasado 6 de octubre, regresa -en la fecha- a Zaragoza para proseguir su plan de campaña contra los franceses en Catalunya.

Precisamente, el mismo día entra por el Rosellón, el nuevo virrey de Francia, Enric de Lorena, conde de Harcourt quien toma de inmediato el mando de las fuerzas consiguiendo varias victorias. En Barcelona se le recibe, con la confianza que inspiran estas victorias, con un gran entusiasmo, comenzando en la Ciudad Condal un período de esplendor debido a la estancia en la ciudad de una serie de magnates de la fastuosa corte francesa, y principalmente desde la llegada de la esposa del virrey, el siete de febrero de 1646.