La intervención de JUAN II en los asuntos de Navarra llega a tales extremos que el príncipe CARLOS de Viana firma en Puente la Reina, en septiembre de 1451 un tratado con ALVARO de Luna -hombre fuerte de Castilla- y con el príncipe de Asturias, ENRIQUE, con la intención de tomar el trono de Navarra (Tratado de Puente la Reina). Este tratado determinará la ruptura definitiva entre padre e hijo.

El rey JUAN II de Navarra considera los tratados firmados por su hijo CARLOS de Viana con ÁLVARO de Luna y con ENRIQUE una traición. CARLOS, acosado, huye a Guipúzcoa. Las tropas castellanas, que le defienden, penetran en Navarra y JUAN II se ve obligado a pedir una tregua a cambio de retirar su apoyo a la Liga que se enfrenta a ÁLVARO de Luna. Las tropas castellanas, pese a todo, ocupan diversas plazas -Buradón, Lárraga y Mendavia, entre otras- en donde queda instituida la autoridad del príncipe de Viana.

Pese a todo ÁLVARO de Luna consigue mantenerse después del golpe de estado de 1448 y parece haber consolidado su posición. Pero la reina ISABEL, la esposa portuguesa que el valido había proporcionado a JUAN II y que nunca le había profesado simpatía, convence al rey de que debe abandonar a ÁLVARO de Luna y reconciliarse con su hijo. En efecto, el 3 de abril de 1453, JUAN II firma la orden autorizando la detención de ÁLVARO de Luna. Este es detenido en Burgos.

ÁLVARO de Luna, dos meses después de haber sido detenido, tras una serie de acontecimientos nada claros y de un proceso dudoso promovido por el sector de la nobleza que le era adverso, es ejecutado en Valladolid el dos de junio de 1453. La orden de su detención ha sido firmada por su ingrato rey, JUAN II.