La conocida por “Armada invencible” (nombre que con ironía recibió posteriormente de los ingleses) debería haber quedado al mando de Álvaro de Bazán, pero habiendo fallecido en el mes de enero, FELIPE II nombra a un sucesor: un aristócrata andaluz muy querido por él, Alonso Pérez de Guzmán, duque de MEDINA SIDONIA, personalidad leal y de confianza. MEDINA SIDONIA, que sólo ha hecho navegación de cabotaje como comerciante de atunes y que no sabe nada de la guerra en el mar, presenta honradas objeciones; pero el rey, convencido de que la aventura contra la herética Inglaterra cuenta con la bendición de Dios y no puede fallar, sea quien sea el comandante supremo, no admite réplicas y obliga a la escuadra -en la fecha- a partir del puerto de Lisboa. Incluye entre sus efectivos al poeta Lope de Vega, destinado a cantar las hazañas de la expedición, que se saldará en fracaso.

Zarpa desde La Coruña -donde ha tenido que parar por diversas contingencias- hacia Inglaterra la Armada española, (123 buques, 4 galeras y 10 carabelas tripuladas por 8.500 marinos y transportando a 19.000 soldados y 2.431 cañones) a las órdenes del duque de MEDINA SIDONIA. La estrategia debería ser: La Armada atacaría por la costa inglesa, derrotaría la escuadra de Inglaterra y desembarcarían los tercios. El ejército de Parma cruzaría entonces en barcos pequeños, navíos de carga y otros transportes, y todo quedaría resuelto. El rey JACOBO VI se uniría, sin duda, a los españoles una vez éstos allí, para vengar a su madre y a los católicos ingleses.

El 31 de julio en el Canal de la Mancha tuvo lugar el primer combate de escasa importancia entre las naves españolas y las inglesas. De este primer encuentro sacaron ventaja las naves inglesas, que aprovechando que el viento soplaba de popa se acercaron a la escuadra española, por su ligereza en contra de la pesada grandiosidad de las naves españolas que les costaba maniobrar acertadamente y fue apresado el navio de P.Valdes que había roto el palo mayor y otro galeón que fueron llevados a Plimouth y los españoles no realizaron ninguna presa.

El plan de unión entre las tropas de FARNESIO y la armada que dirige el duque de MEDINA SIDONIA fracasa de manera estrepitosa al no disponer de buques de poco calado que pudieran recoger en Dunkerque a las tropas de Farnesio, que se encontraban atrapadas por el bloqueo de las fuerzas navales holandesas protestantes. Al mismo tiempo, MEDINA SIDONIA espera la protección de las lanchas de FARNESIO hasta que se hubiera completado el embarque -ya que su situación en Calais es muy difícil-, pero estas embarcaciones sólo son aptas para el traslado de tropas. Esta falta de coordinación hace que la maniobra fracase en su punto esencial.

El 2 de agosto embiste la Armada española a sus contrarios y el combate no es decisivo porque los ingleses como siempre se retiran y el día 6 ancla la armada española en la rada de Calais, fondeando también los ingleses a prudente distancia.

En la noche del día 7 una maniobra mal ejecutada dispersa hacia Gravelinas a la Armada epañola y los ingleses aprovechan a la mañana siguiente dicha circunstancia en una pelea que dura hasta las 3 de la tarde, con notable daño para los españoles.

No sólo la impericia de los mandos, sino los fenómenos atmosféricos, la dificultad de contactar las tropas del mar con las de tierra y la mayor maniobrabilidad y alcance de tiro de los barcos ingleses motivan el desastre. A pesar de esto, el 8 de agosto de 1588, con inflexible fatalismo, FARNESIO empieza a embarcar a sus tropas en Nieuport y Dunkerque. Finalmente, reunidos frente a Granvelines, sin poder volver al punto de encuentro, imposibilitada para abordar y escasa de munición, la flota es presa de los obuses ingleses. Una fuerte marejada acompañada de una tormenta se encarga de hacer más estrepitoso el desastre. En vista de tantos desastres y de la desconfianza que inspiraban los azares del mar, con tantas constantes contrariedades y sabiendo que la reina Isabel de Inglaterra se había preparado de una forma firme y segura, se decide desistir de la empresa y regresar a España circunvalando las Islas Británicas.

Después de una penosa retirada por el norte, circunvalando Escocia e Irlanda, donde los españoles son masacrados, el resto de la Armada española -sólo 66 naves con 10.000 hombres- irá llegando a las costas peninsulares. FELIPE II exclama: “Yo envié mis naves a luchar con hombres no contra los elementos”. FELIPE II trata al derrotado MEDINA SIDONIA con la más exquisita amabilidad y consideración. Inglaterra explicará que la flota española -infinitamente superior- ha sido destruida por la inglesa, quedando patente que Dios ha estado del lado del protestante. Ni lo dicho por unos ni por los otros se corresponde a la realidad científica de los hechos.

El desastre de la “Armada Invencible” es para FELIPE II una espina difícil de soportar, porque no sólo revela la falta de protección divina (¿qué pecado le ha querido castigar Dios con aquel tremendo varapalo?), sino que pone en entredicho la capacidad bélica de su armada y de su infantería, tan mimadas y admiradas por él hasta entonces; descubre y acrecenta una debilidad económica y deja al ya anciano rey, a pesar de su aparente serenidad de esfinge, quemado y herido interiormente, más amargado y descomfiado que nunca, sin otras perspectivas que la renuncia o la rendición en otros escenarios íntimos, los de la fe en la protección divina, la seguridad y ambición personal, la confianza y el cariño de sus súbditos (perdido todo ello a raíz de aquellos fracasos) y, en último término, lo que para él hubieran podido significar el prestigio sin discusión y la influencia sin límites en todo el mundo, es decir, la admiración universal, la popularidad, el orgullo, el relumbrón, la vanagloria…