Cuando en 1618 estalla la rebelión de Bohemia, el gobierno español se halla preparando una gran expedición naval a Argel, base principal de los piratas berberiscos. Su abandono en favor del apoyo a los Habsburgo austríacos supone el triunfo de los que consideran que el futuro de la Monarquía española se ventila en el centro y norte de Europa.

Reunida otra vez, en el mes de mayo, la Dieta de Bohemia, se le ordena de nuevo la disolución, ante lo cual, algunos de sus miembros rectores, dirigidos por el conde de Thurn, deciden aprovechar estos incidentes para provocar la ruptura con los Habsburgo y así proteger sus -según ellos- amenazadas libertades religiosas y políticas. Se dirigen a la Cámara del Consejo de Regentes en el palacio de Hradcany (Praga) y defenestran a dos funcionarios reales católicos y proespañoles, Martinic y Slavata, y a un secretario del emperador, Fabricius, como evidente símbolo de una insurrección que en pocas semanas se extenderá a las principales ciudades bohemias (Defenestración de Praga). Los tres defenestrados, tienen la suerte de caer sobre un montón de estiércol, con lo que sólo queda herida su dignidad. Pero lo que parece ser cómico, pronto resultará ser trágico. Puede considerarse, con este hecho, iniciada la Guerra que la Historia conocerá como Guerra de los Treinta años (1618-1648).

Los rebeldes han elegido un buen momento para provocar el levantamiento inicial de Praga (Bohemia). La ciudad se encuentra falta de grandes autoridades ya que, cuando se produce la defenestración, FERNANDO -rey de Bohemia- se encuentra en Hungría, MATÍAS -el emperador- ha pasado el invierno y la primavera en Viena y en esta última ciudad también se encuentra el influyente conde de Oñate. Por otra parte, los rebeldes protestantes checos no están solos. Al contrario, llevan años manteniendo contactos con sus correligionarios del resto de Europa, en especial con Bethlen Gabor, príncipe calvinista de Transilvania y vasallo del sultán otomano, y con FEDERICO V del Palatinado. A su vez, el elector palatino, cuya capital, Heidelberg, se ha erigido en el centro de ebullición del inconformismo político-religioso del Imperio, está perfectamente relacionado: acaba de llegar a un acuerdo con los hugonotes franceses y es sobrino del holandés Mauricio de Nassau y yerno de JACOBO I de Inglaterra.

La confederación de Estados independientes de Bohemia, eligen como rey al nuevo elector palatino, FEDERICO V, príncipe calvinista y jefe de la Unión Evangélica.

El 28 de septiembre, desoyendo las recomendaciones de su yerno JACOBO I o de la propia asamblea de la Unión Protestante, el joven FEDERICO V acepta la Corona de Bohemia, llegando a Praga poco más tarde y siendo allí coronado el 4 de noviembre.

La guerra ya es abierta entre tropas católicas y protestantes. Desde el inicio de la rebelión ambas partes han establecido contactos para afirmar sus posiciones. El emperador FERNANDO II, encuentra aliados con mayor facilidad, y su pariente Maximiliano de Baviera, los príncipes de la Liga Católica y FELIPE III de España le prometen su colaboración activa. Por el contrario, FEDERICO V tropieza con la reticencia de su suegro JACOBO I, y el rechazo de LUÍS XIII, que acaba de sufrir un intento de rebelión de sus propios súbditos, y la abstención de la Unión Evangélica, minada por rivalidades internas.

Las tropas de Maximiliano de Baviera, bajo el mando del conde de Tilly, marcha sobre los protestantes de Bohemia que han proclamado rey al elector palatinado FEDERICO V y en la batalla de la Montaña Blanca, cerca de Praga, son derrotadps en toda la línea. FEDERICO V que es desterrado del Imperio, huye a Brandeburgo. Tilly conquista el Palatinado. El catolicismo se restaura por la fuerza. Los nobles bohemios son asesinados, privados de sus posesiones o multados. Su Corona deja de ser electiva para adscribirse a la dinastía Habsburgo, que impondrá una progresiva germanización del territorio y la reacción religiosa católica. La Guerra de los Treinta Años (1618-1648) que ha empezado siendo un conflicto religioso (entre católicos y protestantes alemanes) se demuestra que en el fondo la religión no es más que el manto que cubre una serie de ambiciones nacionales y personales (lucha contra la supremacía de los Habsburgo en Europa).