Es fácil comprender que las premisas en que JUSTINIANO ha basado sus campañas de Occidente (que el Imperio se fortalecería con la recuperación de África e Italia) son erróneas. Esos países no son capaces de defenderse por sí solos, no hacen más que aumentar los problemas de Constantinopla, que ya tiene bastantes. La decadencia económica, causa básica de la enfermedad del Imperio, aún continúa: las ciudades se debilitan, las rentas públicas disminuyen y aumenta la despoblación.

En Hispania, ÁGILA I, rey de los visigodos, deberá hacer frente desde el comienzo de su reinado a graves dificultades derivadas de la sublevación en la Bética de la antigua nobleza hispanorromana. La debilidad de ÁGILA provoca esta sublevación encabezada por el católico ATANAGILDO que deriva en una auténtica guerra civil y que obliga a ÁGILA a retirarse a la Lusitania. Traslada la capital a Mérida. Los rebeldes, por su parte, piden ayuda a JUSTINIANO I, emperador bizantino que envía un fuerte ejército.

Las tropas bizantinas enviadas por JUSTINIANO I, al mando del general LIBERIUS desembarcan en el Sur de Hispania, uniendo sus fuerzas a las del rebelde ATANAGILDO al que ayudan a derrotar al ejército del rey visigodo ÁGILA I que ha marchado hacia el Sur, desde Mérida, con dirección a Sevilla. En compensación, los bizantinos -según acuerdo de esta fecha entre ATANAGILDO y LIBERIUS- recibirán plazas importantes en Levante y en el sur de la península.

Entre el 5 de mayo y el 2 de junio, bajo la presidencia del patriarca de Constantinopla, EUTIQUIO, se celebra el II Concilio de Constantinopla (V Concilio ecuménico) integrado por ciento cincuenta y un obispos (En esencia todos los obispos orientales y solamente seis occidentales de la diócesis del África). El Papa VIGILIO que en un principio ha prometido su asistencia, se niega a presidirlo aun encontrándose en la misma ciudad imperial, aduciendo el escaso número de obispos occidentales que han acudido. La primera acción del Concilio consiste en designar una embajada que ruegue al Papa se digne aceptar la presidencia del concilio, gestión que resultará infructuosa ante la determinación del anciano pontífice. El emperador JUSTINIANO I ordena que prosiga el Concilio aunque no cuente con la aprobación pontificia. Se vuelven a tratar dogmas cristológicos.

El Papa VIGILIO publica el 14 de mayo, su primer Constitutum, en el que condena sesenta proposiciones de Teodoro de Mopsuestia y prohíbe que se condene a Teodoro de Ciro e Ibas. Este documento que es leído en el Concilio II de Constantinopla en su sesión celebrada el 26 de mayo produce la indignación del emperador JUSTINIANO I que ordena la supresión del nombre del papa VIGILIO de las tablas oficiales, si bien se conserva la unión con Roma.

Desde que se ha instituido la sede episcopal de Roma, los fieles, y en mayor medida los emperadores cristianos, van donando a la Iglesia romana cuantiosos bienes territoriales, algunos de ellos constitutivos de importantes extensiones de terreno. Estas posesiones, más otras de carácter inmueble, vienen a integrar lo que se conocerá como “Patrimonio de San Pedro”, y estarán diseminadas por toda Italia e incluso fuera de el

La administración del Patrimonio de San Pedro, aunque no convierte inicialmente a los papas en jefes de Estado, les confiere no obstante auténticas prerrogativas civiles y políticas reconocidas por la Pragmática Sanción de 554 promulgada por el emperador JUSTINIANO I (una vez que, tras la conquista de BELISARIO, Roma vuelve a estar bajo la soberanía de los emperadores, tras el interregno hérulo y ostrogodo), entre otras la de poseer una fuerza militar que llegará a constituir un respetable ejército puesto en acción en múltiples ocasiones, en no pocas bajo el mando del propio pontífice-caudillo. Por otro lado, muchos de los papas proceden de las clases dominantes romanas y ejercen en simultaneidad el cargo episcopal y el de mandatarios civiles de la Ciudad Eterna. Tal será el caso de Gregorio I Magno (590 – 604) , hombre avezado en el desempeño de funciones políticas pues ha ostentado anteriormente el cargo de prefecto de la propia ciudad (prefectus Urbis) y pertenece a una familia de patricios romanos.

JUSTINIANO I obliga al papa VIGILIO -prácticamente como su prisionero- a viajar a Constantinopla. Allí intenta obligarlo a dejar sin efecto las conclusiones del concilio de Calcedonia de 451, a lo que responde el pontífice con un fallido intento de huida que empeora más la situación. JUSTINIANO I destierra y somete al Papa aunque por breve espacio de tiempo a trabajos forzados, así como a cuantos no admiten la condenación de los “Tres Capítulos”. Convencido el Papa VIGILIO de que la condenación es justa, publica, en la fecha, un segundo “Constitutum” en el que ratifica la censura contra la persona y escritos de Teodoro de Mopsuestia y condena los discutidos escritos de Teodoro de Ciro y de Ibas, pero no sus personas. Con esto, queda confirmado, en lo sustancial, el Concilio II de Constantinopla y se permite al Papa su regreso a Roma. Desde este momento se considera el accidentado concilio como ecuménico y, posteriormente, los sucesivos papas se esforzarán en que sea así considerado en Occidente.

La ortodoxia de JUSTINIANO le ha llevado a realizar numerosas persecuciones contra posiciones supuestamente heréticas, combinando estas persecuciones con una política de aproximación, demostrando una vez más los deseos de JUSTINIANO I de tomar parte en las decisiones religiosas. El resultado de esta misión espiritual es un rotundo fracaso, que abrirá aún más las brechas entre las iglesias de Oriente y Occidente.

En Hispania, el pacto establecido en 552 entre ATANAGILDO y el representante de JUSTINIANO I daba a este último algunas plazas fuertes situadas entre Valencia y Gibraltar. Pero en el transcurso de la guerra civil goda, entre ATANAGILDO y Agila, los bizantinos ocupan más plazas de las pactadas. Una vez terminada la guerra civil, los bizantinos permanecen en la Península y extienden sus dominios por la costa suroccidental, desde Cartago Spartaria, luego Cartagena, hasta la desembocadura del río Guadalete y algunas tierras del interior. Estos dominios constituyen, a partir del 555, junto a las Islas Baleares, la provincia bizantina de HISPANIA que se coloca bajo la autoridad de un jefe militar -“Magister Militum Hispaniae”-. La península se halla ahora escindida en 3 soberanías: sueva, visigoda y bizantina. ATANAGILDO mantiene enfrentamientos permanentes con los bizantinos que, sin obtener éxitos claros, al menos permiten el establecimiento de una frontera fija con los territorios dominados por éstos.