Fray Tomás de TORQUEMADA dedicará todos sus esfuerzos a la implacable persecución de los judíos. Juan Antonio Llorente, historiador del siglo XIX, -y gran detractor de la Inquisición- fija el número de víctimas del primer inquisidor general en 185.328, entre ellas 10.220 condenadas a la hoguera, cifras que para muchos historiadores resultan exageradas en extremo. Entre los grandes escándalos de su mandato como inquisidor general, a él se le atribuye la creación de falsas pruebas en el proceso por el que fueron condenados a la hoguera algunos judíos supuestamente implicados en la crucifixión del llamado Santo Niño de La Guardia. Pero entonces la estrella del inquisidor TORQUEMADA comienza a perder su brillo.

Uno de los procesos que alcanzan más notoriedad es el llamado del «Santo Niño de la Guardia», por el martirio que según algunas confesiones, conversos y judíos hacen sufrir a un niño de pocos años en quien escarnecen la pasión y muerte de Jesucristo. En virtud de este proceso son quemados vivos en Avila el judío Jucé Franco, de Tembleque, y siete cómplices judíos y conversos. Se cree que el decreto general de la expulsión de 1492 tendrá en este hecho un motivo principalísimo.

En la fecha, los REYES CATÓLICOS firman en Granada el Decreto de la Alhambra o Edicto de Granada por el que se ordena la expulsión de los judíos de «nuestro reino» y de «nuestros territorios”. El único motivo para la expulsión que señala expresamente el edicto (redactado por Tomás de TORQUEMADA –inquisidor general en toda la península- y firmado por los REYES CATÓLICOS) es la necesidad de apartar a los judíos de los conversos, a fin de eliminar otra presencia extraña y otra fuente de pensamiento no autorizado como ya han hecho Inglaterra (1290) y Francia (1306). Pero también queda claro que los Reyes buscan la posibilidad de hacerse con el dinero de los judíos: el edicto les concede un plazo de cuatro meses para salir de sus dominios, permitiéndoles vender sus posesiones y sacar sus fortunas, pero no en oro, plata, armas o caballos, pues está prohibido por las leyes del Reino. La única manera de sustraerse al decreto de expulsión, es la conversión al Cristianismo. Los reyes determinan en él la pena de muerte y confiscación de bienes contra los que no obedezcan dándoles de plazo hasta el 10 de julio. Por motivos logísticos se extendió este plazo hasta el 2 de agosto a las doce de la noche. Meses después se firmaron decretos similares expresamente para Aragón, Sicilia, Cerdeña, Navarra y Nápoles.

En el contexto de fines del siglo XV, caracterizado por la génesis del estado moderno, la comunidad política tendía a identificarse con un determinado credo religioso, el cual, en el ámbito hispánico, no podía ser otro sino el cristianismo. La expulsión de los judíos, decretada sólo unos meses más tarde de la caída del último reducto del Islam peninsular, es un paso decisivo para lograr la unidad de fe en los reinos. Son muchos los judíos que prefieren el exilio y la pérdida de una gran parte de sus bienes antes de aceptar hacerse cristianos.

El Decreto de la Alhambra o Edicto de Granada del 31 de marzo de 1492 de los REYES CATÓLICOS por el que se ordena la expulsión de los judíos de «nuestro reino» y de «nuestros territorios», afecta en Catalunya, a unas 3.000 personas. La comunidad judía, que probablemente nunca ha superado los 12.000 miembros, se ha visto dramáticamente reducida desde el asalto a su judería (1391), cuando una parte de la población fue asesinada y otra, de mayores dimensiones, fue bautizada a la fuerza.

En estos años hay en España, aproximadamente, 300.000 judíos: 150.000 en Castilla y 150.000 en Aragón. De éstos, unos ciento setenta y cinco mil prefieren el bautismo al exilio; las partidas representan, por tanto, unos ciento veinticinco mil judíos de toda España -aproximadamente un 1,3% de su población total, estimada en 9.600.000 personas. ¿Y desde el punto de vista cualitativo? De hecho en los años que siguen inmediatamente a la expulsión, se nota un marasmo indudable en varios sectores de actividad que no cogerán de nuevo su pulso hasta unos años después, animados además, por el nuevo mercado americano. La expulsión de los judíos crea pues una crisis pasajera pero no quebranta decisivamente el crecimiento de la economía española.

La expulsión de los judíos que se hace efectiva en su mayor parte hacia principios de agosto, llega como de sorpresa para muchos, para quienes la problemática judía era parte de una existencia inmemorial; tanto es así que en algunas escrituras de venta de casas judías en los meses que precedieron a la diáspora, existe una cláusula referente al derecho de volver a adquirir su propiedad en caso de regreso. Es cierto que había antecedentes. Se habían producido expulsiones parciales de judíos en Alemania y Francia, y también una expulsión total en Inglaterra, en 1290, aunque ésta afecto a muchas menos personas. Los propios REYES CATÓLICOS habían decretado expulsiones parciales en Andalucía y Aragón pero ninguna había sido tan inexorable como ésta. Cuando se produce esta expulsión general, los judíos llevan al menos catorce siglos en la península Ibérica -de hecho su presencia es más antigua que la de sus señores cristianos-.

Muchos judíos exiliados por los REYES CATÓLICOS en 1492, se dirigen a Portugal, otros a Navarra (que todavía no se ha unido a la Corona castellano-aragonesa), otros más a las costas mediterráneas, desde donde viajan por mar al norte de África o a Italia, otros se dirigen hacia comunidades del sur de Grecia y de la costa asiática, unos cuantos, finalmente, salen por los Pirineos orientales repartiéndose por diversas ciudades del centro de Europa.

Los judíos, en Valencia, son una minoría de pocos millares. En la expulsión de 1492 apenas superan el millar. Viven recluidos en juderías cerradas, rigiéndose por sus propias ordenanzas y las disposiciones reales. Se dedican a las más variadas tareas artesanas, corredores, arrendadores, mercaderes etc., y prestamistas de dinero. La usura es el tema que más dificulta las relaciones con los cristianos, aunque no alcanza la virulencia de otros Estados, como Castilla. La importancia mercantil de Valencia en el siglo XV hace que acudan a comerciar muchos judíos de la Península y de otros países mediterráneos. Viven conforme a la Ley mosaica, y la sociedad cristiana los tolera y les autoriza la práctica de su religión, a la espera de que reconozcan la llegada del Mesías. Las leyes tendentes a evitar la contaminación insisten en la segregación en el terreno espacial (juderías), alimenticio (carnes), sexual, laboral, marcas en el vestido, etc., aunque la realidad cotidiana impone los contactos y las influencias entre miembros de las tres religiones.

Con motivo de la expulsión de los judíos de España por los Reyes Católicos, el papa ALEJANDRO VI actua con firmeza, haciendo gala de humanidad. Muchos de lo judíos huidos «ilegalmente», buscan refugio en los Estados Pontificios, y cuando ISABEL la Católica pide al Papa su extradición, ALEJANDRO VI se niega en redondo. No está dispuesto a entregar a quienes buscan la protección papal, sean cristianos o no.