Las persecuciones sangrientas no son la única ni la más importante amenaza para la joven cristiandad. Hay otra más peligrosa y más sutil: las herejías. Las primeras que surgen por estas fechas, se presentan de manera amistosa, en forma de sectas para “iniciados” que tratan de infiltrarse en la misma Iglesia. El nombre genérico con que se conocen es el de “gnosticismo” (del griego gnosis = conocimiento). Lo fundamental de sus creencias es que la fe puede llegar a ser superada mediante el conocimiento y que la secta en cuestión es la dispensadora de ese conocimiento. Los que llegan a adquirirlo son los “iniciados”, que han de seguir largos cursos de iniciación con extrañas y complicadas ceremonias y ritos. Según los cristianos el gnosticismo fue fundado por Simón Mago, personaje que aparece en una narracion en Hechos de los apóstoles en el Nuevo Testamento (Hech 8;9).

Los gnósticos pretenden poseer un conocimiento intuitivo de las cosas divinas, negando la penitencia y afirmando que con el bautismo el hombre está redimido de todo pecado. Los gnósticos, en medio de sus propias rivalidades, acosan a la Iglesia por todo el mundo mediterráneo: Saturnino en Antioquía, Basílides en Egipto, Valentino en Roma, y muchos otros. A Roma también llega un cristiano crítico radical del Antiguo Testamento, MARCIÓN, que será excomulgado en el 144. Las comunidades que funda durarán mucho tiempo hasta la Edad Media. Para MARCIÓN, el Dios judío es una deidad inferior y vengativa, creador de un mundo defectuoso, autor de la Ley mosaica, y completamente distinto al Padre amoroso anunciado por JESÚS. El gnosticismo es una mezcla de elementos cristianos, judíos y orientales.

PÍO I es nombrado papa (140-155). Su pontificado transcurre mientras se extiende peligrosamente la herejía gnóstica. PÍO I cuenta con la ayuda de JUSTINO el Filósofo para combatir las diferentes querellas doctrinales.

Contra el gnosticismo circula profusamente entre los cristianos durante el pontificado de PÍO I una obra titulada “El Pastor”, atribuida a HERMAS, un hermano del papa, en la que se hace una encendida e inteligente defensa del bautismo y de la penitencia. La obra está escrita bajo la forma de un apocalipsis («revelación»). También este documento habla de cómo en la Iglesia de Roma había muchos dirigentes. Y es que cada una de las iglesias domésticas o comunidades de vecindario tenía un dirigente o anciano (un “presbítero, sinónimo de anciano). Pero parece que había al menos una jerarquía informal entre los ancianos. Ello se desprende de que en muchas ocasiones actuaban como un solo grupo: Carta de Clemente que procede de toda la iglesia de Roma, Carta de Pablo a los romanos, etc.

Aparecen -alrededor de la fecha- una serie de sectas gnósticas, conocidas históricamente como ofitas, que veneran a la serpiente satánica del Génesis puesto que consideran que ha aportado la gnosis o conocimiento al hombre. Algunos de sus aspectos pervivirán en el luciferismo, el ocultismo y el satanismo.

La necesidad de hacer frente al reto gnóstico por un lado, y a los intelectuales paganos por otro, fuerza a los cristianos a articular su posición. Necesitan demostrar que hay ciertamente una comprensión del Evangelio más elevada que la simple fe, pero que no consiste en una mezcolanza de teosofía gnóstica. Una serie de cristianos cultos y con ideas escribirán defensas inteligentes de su fe librando la batalla en dos frentes, contra los críticos paganos y contra los heréticos gnósticos: JUSTINO, TACIANO, IRENEO, CLEMENTE de Alejandría, ORÍGENES, TERTULIANO de Cartago, MINUCIO, etc…

Otra secta de aquellos años desarrollada en el ambiente judeocristiano es la de los “mandeos”. La doctrina de esta secta es heterogénea en sus elementos y se vale de las fantasías en sus elaboraciones. Su característica principal es el dualismo: la realidad deriva de dos principios, que se encuentran en el origen de todas las cosas, el dios masculino y el dios femenino. La teoría sobre Cristo de la secta de los “mandeos” es prácticamente la misma que la de los gnósticos.

Una reacción inmediata contra el gnosticismo es la del frigio MONTANO (160-189) quien difunde la llamada “herejía del montanismo”, por la que anuncia la inminencia del fin del mundo y la necesidad de la intransigencia moral. En Occidente la vida del montanismo será relativamente efímera, pero en el Este, Frigia se mantendrá como su ciudadela hasta la época de Justiniano.

En los siglos II y III, los representantes más eminentes del gnosticismo serán SATURNINO, BASÍLIDES, VALENTÍN y MARCIÓN (este último, sin embargo, se distinguirá con caracteres propios). Algunas sectas gnósticas: la de los “cainitas” que veneran a Caín, los “carpocracianos” (de Carpócrates, su fundador), practican un culto de extraña mezcolanza de ritos paganos y cristianos. Los “ofitas” que tributan un culto especial a la serpiente. La enorme diversidad de doctrinas y “escuelas gnósticas” hace difícil hablar de un solo gnosticismo.

La reacción contra el gnosticismo y el montanismo no sólo alienta el pensamiento sobre la doctrina cristiana, sino que también acelera la formación del canon del Nuevo Testamento, proceso que en lo fundamental, se completa hacia la fecha. La Biblia es en si misma insuficiente para articular de manera clara algunos puntos esenciales de la fe cristiana frente a las distorsiones heréticas. Pero la Iglesia del siglo II es muy consciente de ser la guardiana de una tradición sagrada de la cual las Escrituras son el principal componente, pero no el único. S.IRENEO, ya obispo de Lyon (189-202), escribe una “Refutación” insistiendo sobre la fe apostólica de la Iglesia en la unidad de la creación y la redención, y consecuentemente del Antiguo y el Nuevo Testamento, en el que Cristo como nuevo Adán, recupera a la humanidad perdida.