En 1936, en el País Vasco, se impone el ala izquierda del ANV y aprueba un programa anticapitalista y socialista, aunque no marxista. Unos quieren volverse lo más españoles posibles, los otros, lo más vascos, pero los dos íntegramente católicos. Por reconocer la libertad de conciencia y la tolerancia religiosa también los dos piensan que el liberalismo es pecado. Por eso, si el nacionalismo recluta a sus fieles entre integristas y carlistas no es debido a emociones patrióticas vascas, sino porque se presenta al clero local, auténtico guía espiritual del pueblo, como más ejemplar, sincero e íntegramente católico. Y por eso también, por encima de la incompatibilidad patriótica, se da entre ellos una larga colaboración a la hora de defender la causa de Dios y de su Iglesia.

De 10/1936 a 6/1937, el Gobierno de José Antonio AGUIRRE, rebasando con creces la letra del Estatuto, que es de mínimos, ejerce en la práctica una autonomía de máximos: concentra prácticamente todos los poderes y funciones, desde el ámbito local hasta el ínternacional, crea el Ejército regular de Euskadi y construye de nueva planta un auténtico Estado vasco -en un territorio reducido a Vizcaya y poco más, pero con una prolija administración-, semindependiente del resto de la España republicana por el aislamiento del frente norte y por los designios del nacionalismo, que jamás en toda su historia ha estado tan cerca de alcanzar su anhelo de tener un Estado s
oberano. El hecho diferencial vasco se acrecienta, pues, en ese año de guerra. La Euskadi autónoma es una especie de oasis vasco en el cual la Iglesia no sólo es respetada, sino que el clero nacionalista colabora con la Administración y el Ejército vascos (capellanes de gudaris), mientras que al mismo tiempo la Iglesia es perseguida en la zona republicana. El espectro político se extiende desde el católico PNV hasta los anarquistas de la Confederación Nacional de Trabajadores (CNT).

El consul general de Italia en San Sebastián, Cavaletti, se entrevista en San Juan de Luz el 11 de mayo de 1937, con el canónigo Alberto Onaindía quien transmite sus proposiciones al presidente AGUIRRE: éstas se limitaban a ofrecer las garantías del Gobierno italiano para la rendición de Bilbao; AGUIRRE responde que no puede haber diálogo sobre rendición y afirma que cuenta con su pueblo y con algo más. El cónsul Cavaletti visita de nuevo al padre Onaindía, en la residencia de éste en San Juan de Luz con ofertas que en realidad se limitan a reiterar las garantías del Gobierno de Italia a los vascos si éstos aceptan rendirse.

Las ofertas italianas son transmitidas a AGUIRRE quien las rechaza siempre con tanta cortesía como firmeza. Insiste Cavaletti, cónsul general de Italia en San Sebastián, a medida que se agrava la situación militar en el mes de junio; incluso en una nota del día 7 llega a sugerir una especie de protectorado italiano que serviría de garantía a Euzkadi durante varios años. AGUIRRE no acepta nada y termina por no responder a las notas del padre Onaindía que sirve de intermediario. En cambio, Juan de Ajuriaguerra, presidente del Bizkai Buru Batzar, encarga, por intermedio de su correligionario José Michelena, a Onaindía que como cosa particular de él hable con el cónsul para decir que se espera que si las tropas de Franco entran en Bilbao, los italianos permitirán la evacuación de sus dirigentes y el respeto a la vida de los gudaris (soldados del Gobierno autónomo de Euskadi durante la guerra civil española) y desde luego las vidas de la población civil. Nunca debería parecer una rendición sino una victoria de los italianos.

El Gobierno de Euzkadi con AGUIRRE como presidente, fija su sede en Barcelona.

La controvertida rendición de Santoña es la ocasión para que, desde Bayona, apoyándose en núcleos de militantes de la época republicana, se ponga en marcha la primera red de solidaridad con los presos y de información para el Partido Nacionalista Vasco (PNV) y el Gobierno vasco. Desde septiembre de 1937 hasta 1940 opera la que después se denominará «Red Álava» en honor a su integrante Luis ÁLAVA, fusilado por los franquistas en mayo de 1943. El cometido de la organización es triple: a) obtener información de las condiciones de vida en las cárceles y situación de los sumarios, en especial de aquéllos con peticiones de pena capital para presionar diplomáticamente; b) ayudar a pasar la frontera a personas perseguidas y facilitarles documentación; c) realizar tareas de espionaje sobre aspectos militares y logísticos del Estado franquista en favor del PNV y del Gobierno vasco.

Las autoridades franquistas fusilan, en la fecha, a 14 de entre los jefes políticos y militares nacionalistas y de izquierdas recluidos en el penal de El Dueso el pasado mes de agosto. Si AJURIAGUERRA salva la vida es debido a las presiones del Gobierno de Benito MUSSOLINI.

En el largo exilio durante la dictadura franquista, el PNV mantendrá su hegemonía en el Gobierno vasco, que siempre es de coalición con las izquierdas bajo la presidencia sucesiva de AGUIRRE y de LEIZAOLA, y capitaliza más que nadie el valioso símbolo histórico de la efímera Euskadi autónoma del periodo 1936-1937.

La desarticulación de la «Red Álava» es consecuencia y coincide con la toma de la sede del Gobierno vasco en París por parte de los nazis en junio de 1940. La invasión alemana pone fin a las estructuras organizativas y propagandísticas puestas en marcha desde 1937 por el PNV y el Gobierno vasco en París y Bayona.

AGUIRRE, tras una rocambolesca huída vía Berlín, aparece con identidad falsa en América en 1941 (Se sabe la fecha por algunas de sus cartas). Por otra parte, Manuel IRUJO y algunos miembros del Euskadi Buru Batzar (EBB) -Consejo Nacional peneuvista- se refugian en Londres dinamizando el efímero consejo.