El proceso estatutario en Euskadi se prolongará durante más de cinco años, de abril de 1931 a octubre de 1936. Las fuerzas más partidarias de la autonomía son el PNV y ANV, que hacen del Estatuto su objetivo político prioritario, aunque su meta va más lejos: la plena restauración foral (PNV) o el derecho de autodeterminación del pueblo vasco (ANV). Por otra parte, desde la llegada de la República, ANV ve claro que la autonomía de Euskadi vendrá de la mano de las izquierdas y en todas sus alianzas con ellas pone esa condición; de ahí su incorporación al Frente Popular. La adopción de la doctrina social de la Iglesia suple en parte la escasa concreción del PNV acerca de la cuestión social, característica típica de un movimiento nacional interclasista que agrupa a patronos y obreros, a campesinos y pescadores, a empleados y profesionales liberales, y que se basa en la colaboración de clases dentro de la comunidad nacionalista

A cambio de lograr esa hegemonía indiscutida, que no ha ostentado en la preguerra, el PNV se vuelca en el conflicto bélico y es el partido con más batallones (28), que forman Euzko Gudarostea, un ejército dentro del Ejército vasco, pues se niega a unificarlos con los batallones del Frente Popular para no perder su control sobre aquéllos. En esta fase, la guerra sí tiene sentido para el nacionalismo, que combate no sólo por la autonomía y el Estado vasco en construcción, sino incluso por la misma existencia de Euskadi nacida en 1936 como ente juridicopolítico. Se trata de una lucha a vida o muerte porque es una «guerra de invasión y exterminio» que lleva a cabo el fascismo español e internacional. Esto acentúa el componente antifascista y antiimperialista del nacionalismo vasco. En efecto, el PNV asume planteamientos anticapitalistas al considerar la Guerra Civil una guerra originada por causas sociales y económicas, y no una cruzada religiosa, según resalta el presidente AGUIRRE en su controversia pública con el cardenal GOMÁ, aliado de FRANCISCO FRANCO..

El consul general de Italia en San Sebastián, Cavaletti, se entrevista en San Juan de Luz el 11 de mayo de 1937, con el canónigo Alberto Onaindía quien transmite sus proposiciones al presidente AGUIRRE: éstas se limitaban a ofrecer las garantías del Gobierno italiano para la rendición de Bilbao; AGUIRRE responde que no puede haber diálogo sobre rendición y afirma que cuenta con su pueblo y con algo más. El cónsul Cavaletti visita de nuevo al padre Onaindía, en la residencia de éste en San Juan de Luz con ofertas que en realidad se limitan a reiterar las garantías del Gobierno de Italia a los vascos si éstos aceptan rendirse.

Las ofertas italianas son transmitidas a AGUIRRE quien las rechaza siempre con tanta cortesía como firmeza. Insiste Cavaletti, cónsul general de Italia en San Sebastián, a medida que se agrava la situación militar en el mes de junio; incluso en una nota del día 7 llega a sugerir una especie de protectorado italiano que serviría de garantía a Euzkadi durante varios años. AGUIRRE no acepta nada y termina por no responder a las notas del padre Onaindía que sirve de intermediario. En cambio, Juan de Ajuriaguerra, presidente del Bizkai Buru Batzar, encarga, por intermedio de su correligionario José Michelena, a Onaindía que como cosa particular de él hable con el cónsul para decir que se espera que si las tropas de Franco entran en Bilbao, los italianos permitirán la evacuación de sus dirigentes y el respeto a la vida de los gudaris (soldados del Gobierno autónomo de Euskadi durante la guerra civil española) y desde luego las vidas de la población civil. Nunca debería parecer una rendición sino una victoria de los italianos.

El Gobierno de Euzkadi con AGUIRRE como presidente, fija su sede en Barcelona.

La controvertida rendición de Santoña es la ocasión para que, desde Bayona, apoyándose en núcleos de militantes de la época republicana, se ponga en marcha la primera red de solidaridad con los presos y de información para el Partido Nacionalista Vasco (PNV) y el Gobierno vasco. Desde septiembre de 1937 hasta 1940 opera la que después se denominará «Red Álava» en honor a su integrante Luis ÁLAVA, fusilado por los franquistas en mayo de 1943. El cometido de la organización es triple: a) obtener información de las condiciones de vida en las cárceles y situación de los sumarios, en especial de aquéllos con peticiones de pena capital para presionar diplomáticamente; b) ayudar a pasar la frontera a personas perseguidas y facilitarles documentación; c) realizar tareas de espionaje sobre aspectos militares y logísticos del Estado franquista en favor del PNV y del Gobierno vasco.

Las autoridades franquistas fusilan, en la fecha, a 14 de entre los jefes políticos y militares nacionalistas y de izquierdas recluidos en el penal de El Dueso el pasado mes de agosto. Si AJURIAGUERRA salva la vida es debido a las presiones del Gobierno de Benito MUSSOLINI.

En el largo exilio durante la dictadura franquista, el PNV mantendrá su hegemonía en el Gobierno vasco, que siempre es de coalición con las izquierdas bajo la presidencia sucesiva de AGUIRRE y de LEIZAOLA, y capitaliza más que nadie el valioso símbolo histórico de la efímera Euskadi autónoma del periodo 1936-1937.

La desarticulación de la «Red Álava» es consecuencia y coincide con la toma de la sede del Gobierno vasco en París por parte de los nazis en junio de 1940. La invasión alemana pone fin a las estructuras organizativas y propagandísticas puestas en marcha desde 1937 por el PNV y el Gobierno vasco en París y Bayona.

AGUIRRE, tras una rocambolesca huída vía Berlín, aparece con identidad falsa en América en 1941 (Se sabe la fecha por algunas de sus cartas). Por otra parte, Manuel IRUJO y algunos miembros del Euskadi Buru Batzar (EBB) -Consejo Nacional peneuvista- se refugian en Londres dinamizando el efímero consejo.