El desastre económico en Vasconia se acusa más gravemente que en la mayor parte de la Monarquía. El colapso simultáneo de las exportaciones de lana y de la industria del hierro, unido a las epidemias y a la emigración, hacen que disminuya la población.

En 1631, Vizcaya aprovechando el levantamiento de catalanes y portugueses por su independencia de España, intenta también independizarse; aunque la rebelión es sofocada por el ejército español, tanto en Catalunya como en Vizcaya, si bien Portugal, consigue independizarse.

En la crisis de 1640 -lo mismo que luego en la de 1700- las Provincias Vascongadas, lo mismo que Navarra, demuestran su lealtad a la Corona que, a su vez, mantendrá contra todo evento los Fueros.

Se conocen diversos textos del siglo XVII y XVIII, escritos en euskera, ya obras largas y completas.

Los ministros de FELIPE IV y CARLOS II mantienen el monopolio en la ruta de América por el temor a que su supresión provoque una caída de las rentas. Vasconia que sufre, por ello, un freno radical en su desarrollo, retrocede al ruralismo de los caseríos y a una industria del hierro que abastece mercados cercanos y no resulta competitiva. La profunda ruina de Burgos y el desplazamiento de los ejes económicos hacia el sur alejan las posibilidades de recuperación. El proteccionismo mercantil obligaba en muchas ocasiones a practicar el contrabando para exportar y vender hierro.

En 1661, se ejecuta a Bernard de Goihenetxe, llamado Matalaz, jefe de la revuelta de Zuberoa en contra de la autoridad francesa.

Se inicia una recuperación de la economía vasca.

Por su estructura jurídica, foral y administrativa de directa dependencia de la Corona de Castilla, las Provincias Vascongadas sienten un apego especial hacia las estructuras del Antiguo Régimen, opuestas al centralismo. Sin embargo cuando termina la dinastía Habsburgo y FELIPE V de Borbón llega a España, no se le oponen, como hacen los reinos de la Corona de Aragón. Acaso porque el último cordón de vida mercantil y de relación con el exterior depende de Francia.

Durante la Guerra de Sucesión Española, Navarra (a pesar del fiero sentimiento antifránces del pueblo) se ha posicionado a favor de FELIPE el duque de Anjou (futuro Felipe V) en lugar del archiduque Carlos de Austria (como lo hicieron los reinos de la Corona de Aragón). Es por ello por lo que tanto Tudela como Sangüesa fueron ocupadas por las tropas austracistas. A la finalización del conflicto, Navarra, al igual que las provincias vascas, conservan sus fueros frente a los reinos de la Corona de Aragón, declarados traidores por FELIPE V y despojados de sus prerrogativas forales por los Decretos de Nueva Planta.

Mientras los fueros, leyes e instituciones peculiares de Aragón, Catalunya, Valencia y Mallorca desaparecen al impulso de la nueva política centralizadora, las Vascongadas y Navarra las conservan como pago a su fidelidad para con la corona borbónica. Es un privilegio sumamente importante el que se reconoce, porque no merma en cambio sus derechos a participar en las ventajas que, en otro orden de cosas -renovación industrial o reactivación del comercio americano- los Borbones estaban procurando. Los puertos, en especial Bilbao y San Sebastián se inclinan en favor de la nueva política, que les asegura perspectivas de prosperidad. Sin embargo, en el transcurso de los años la exanción fiscal no dejará de ser criticada por algunos consejeros reales como una anomalía.