Si FELIPE II hubiera permanecido en Bruselas para supervisar la puesta en marcha de esta nueva política quizá todo hubiera funcionado bien: Sin embargo, vuelve a España y deja el gobierno prácticamente en manos del Consejo de Estado presidido por Antoine Perrenot, obispo de Arrás (conocido posteriormente como Cardenal GRANVELA), al que nombra su ministro principal en los Países Bajos. En realidad, Granvela parece el único ministro de FELIPE II en los Países Bajos, ya que sólo con él discute de política.

Francia se divide, y sus poderosos miembros y familias llevan al país a las guerras civiles. España podría ahora apoderarse de Francia, pero FELIPE II no hace intención alguna de ello; se contenta con que los Guisas, los Montmorencis, y los príncipes de sangre real se enfrenten a la búsqueda de su supremacía. FELIPE II está cansado de Europa por lo que -en la fecha- vuelve a España en una armada de sesenta navíos que transporta también las cuantiosas riquezas en arte que CARLOS (V) había reunido a lo largo de su vida como emperador y no quiso traer camino de su retiro de Yuste.

La flota en la que regresa FELIPE II, llega al puerto de Laredo, en Santander y, ya desembarcado FELIPE II, una gran tempestad hunde las naves, pereciendo mil de los hombres y desapareciendo en el mar las colecciones depositadas aún en las bodegas. Para FELIPE es éste sin duda un aviso de Dios, ha salvado la vida, pero no así los numerosos tesoros que hablan de Italia, de los Países Bajos, del mundo que hizo su padre como propio, y que le ha transmitido como herencia. FELIPE se siente confuso. Una vez más promete ante todos sus cortesanos y súbditos dedicar su vida como rey a la única causa que tiene como noble y cierta: ser un monarca que gobernará con la Fe y en nombre de esa misma fe todos sus estados.

FELIPE II se traslada desde Laredo a la corte vallisoletana, y -en la fecha- entra con gran clamor y magnificencia, entre la alegría desbordada de todos y las lágrimas emocionadas de muchos de sus súbditos y vasallos. El rey de España, su majestad FELIPE II, vuelve para quedarse. Su llegada alegra tanto a los súbditos que FELIPE II no puede por menos que sentirse feliz.

La vida de FELIPE II, desde el verano de 1559, tiene mucho de sencillez espartana. Inevitables son los conciábulos y las facciones rivales, las fiestas privadas de los grandes y sus familias. Pero el rey, ya en su madurez de hombre y estadista, quiere ser obedecido, sin resistencia; pretende situarse más allá del bien y del mal, del origen y de la causa; se hace absoluto, unívoco, prolongación constante de Dios, de la Iglesia, de la verdad, de sus ejércitos. Toda acaparación de propiedades particulares causará su recelo, toda acumulación excesiva de rentas llevará a largas investigaciones, cualquier nueva teoría sobre Dios, el mundo o los estados será sometida a la opinión y juicio de los doctos sabios inquisitoriales. En España se silencian los brotes revolucionarios antes de que éstos surjan.

En la cerrada España de la contrarreforma y para impedir cualquier contagio de herejía protestante, FELIPE II decreta que ningún español pueda estudiar en las universidades extranjeras, menos en las de los Estados Pontificios. Esto, junto con la ampliación del índice de libros prohibidos, a la que se une la prohibición de importar libros extranjeros, provoca a la larga un claro estancamiento del pensamiento y las ciencias españolas, mantenidos al margen de las corrientes europeas. Pese a todo, unos años de suavización de estos rigores, obra del cardenal QUIROGA, permitirán la aceptación de los principios de Copérnico. La vida religiosa experimentará, por otra parte, un fuerte impulso con la creación de nuevas órdenes religiosas y la reforma de otras, labor en la que destacará Santa Teresa de Jesús, mientras San Juan de Dios impulsará el establecimiento de centros benefícos y hospitalarios.

FELIPE II, viudo de la reina María Tudor de Inglaterra, no desecha ciertas aspiraciones a mantener la condición de rey consorte uniéndose ahora en matrimonio a la protestante Isabel I;

FELIPE II preside en Toledo un Auto de Fe. Según muchos de los historiadores y biógrafos su majestad gusta de estos juicios sangrientos y ceremoniales públicos. Se ha dicho que \»hay incluso pruebas de que disfruta con ellos\». Cada año llegan a estudiarse unas mil causas y en la gran mayoría de ellas el tribunal encargado falla sentencia condenatoria. Balmes escribe que si los protestantes y los enemigos políticos de FELIPE II han tenido un constante empeño en desacreditarlo es debido a que éste impidió que penetrara en España el protestantismo siendo él quien sostuvo la causa de la Iglesia Católica en aquel agitado siglo. Quizá en algún caso hizo servir la Inquisición a su política, pero reconózcase al menos- dice Balmes- que la Inquisición no era un mero instrumento de miras ambiciosas, sino una institución sostenida en vista a un peligro inminente.

FELIPE II se casa -en la fecha- en Guadalajara, ciudad por aquel entonces del reino de Toledo, con ISABEL de Valois (En París se había celebrado la boda por poderes el 22 de junio de 1559). De allí, la pareja y su séquito acuden a Toledo y durante todo el mes siguiente se celebran grandes fiestas con motivo de los esponsales. Con todo, el matrimonio no se consuma, pues Isabel, con 14 años, todavía era impúber. Hay que esperar a finales de año para que tenga su primera regla y pueda iniciarse la cohabitación, pese a que «la fuerte constitución del rey causa grandes dolores a la reina», en frase del embajador francés. Francia, país católico con minoría protestante, vive sus guerras, y España es gobernada de hecho por la familia de los Alba en nombre de su majestad FELIPE II. Nuestro país vive por primera vez desde hace muchos años un período de paz con Europa. Muy pronto ISABEL de Valois será conocida entre los españoles como «Isabel la de la Paz», llegará a ser profundamente querida y respetada por su pueblo y aclamada junto con su esposo por la multitud.

Temía FELIPE II que los turcos atacaran pronto de forma directa los reinos de Europa. Por ello ordena poner en alerta las costas de España y de Italia. Nombres como los de SOLIMÁN, BARBARROJA o DRAGUT corrían ya de boca en boca por todas partes y espantosas historias de crímenes, masacres, asesinatos y violaciones competían con otras atribuidas a los partidarios de la herejía protestante. Constantinopla era el gran mercado de esclavos cristianos y desde los púlpitos y los cuarteles se reclamaba con urgencia una nueva cruzada a estas tierras lejanas. El protestantismo y la herejía en los Países Bajos preocupan tanto como las inscursiones, cada vez más numerosas, de los infieles turcos.