NAPOLEÓN, que quiere la ocupación total de Portugal, al enterarse del acuerdo monta en cólera. Manda un correo con instrucciones para evitarlo, pero éste tiene un accidente por el camino, llegando a Badajoz el día 7 de junio. Aunque el tratado hispano-portugués se firmará el día 8, GODOY hace poner en él la fecha del día 6, para que parezca que las órdenes del emperador han llegado tarde.

Portugal, firmemente probritánico, prosigue el comercio con Gran Bretaña. Francia insiste contra Portugal y consigue que España le siga en la idea. NAPOLEÓN ofrece a GODOY un reino en el sur de la Península y a CARLOS IV un a parte de Portugal -el resto sería para él-. Así se establece el Tratado de Fontainebleau, firmado, en la fecha, entre España y Francia en el que se estipula la ocupación de Portugal y su división en tres partes: Lusitania Septentrional (Entre-Douro-e-Minho), para el Rey de Etrúria; Principado de los Algarves (Alentejo y Algarve), para el Ministro Español Manuel Godoy; el destino de las restantes provincias portuguesas (Trás-os-Montes, Beira, Estremadura) y las Provincias Ultramarinas, será decidido en un acuerdo futuro. Por otra parte, firmando el Tratado de Fontainbleau e invadiendo Portugal, España -según Portugal- incumple el Tratado de Paz de Badajoz, dando lugar a la anulación del mismo y, por tanto, perdiendo los derechos que este Tratado le había otorgado sobre Olivenza, ya que, conforme se estipula en su Artículo IV, y siempre según Portugal, la infracción de la paz producirá la nulidad del Tratado de Badajoz.

Los ejércitos franceses penetran en Portugal que sigue firmemente probritánica y toman Lisboa el 1 de diciembre de 1807. La familia real portuguesa huye al Brasil.

El Príncipe Regente Portugués Juan (posteriormente Juan VI) publica en Rio de Janeiro, Capital de Brasil, un manifiesto en el que repudia el Tratado de Badajoz, anulado, según él, por la invasión de 1807.

El ejército francés de 28.000 hombres, bajo el mando de Junot, después de atravesar España, entra en Lisboa. Si la ocupación es bien acogida por la minoría ilustrada, el ejemplo español del 2 de mayo cunde en Portugal en forma de levantamiento general (mayo-junio de 1808). La familia real portuguesa, en la fecha, huye al Brasil, lo que coloca a este país en situación de semiindependencia. La metrópoli deja de ser su intermediario, y Brasil pasa a comerciar directamente con su principal cliente: Gran Bretaña. El primer ministro inglés, W. Pitt, ha dicho sobre Brasil: «el imperio de América del Sur y la Gran Bretaña quedarán ligados eternamente, haciendo estas dos potencias un comercio exclusivo». Así, la burguesía comercial brasileña se ve beneficiada, en detrimento del sector comercial ligado al monopolio portugués.

Las tropas francesas, ya dentro de la Península, se distribuyen en tres núcleos principales: uno en el centro, que asegura la comunicación entre Madrid y Francia, con unos 75.000 hombres; otro en Portugal, formado por unos 28.000 hombres y otro en Catalunya, al mando del General Duhesme, formado por unos 14.000 hombres.

A comienzos del segundo año de guerra en la Península Ibérica, el Gobierno británico parece partidario de cerrar su intervención, pero, al final, se imponen quienes argumentan que Portugal y España son excelentes campos de batalla para distraer e, incluso, derrotar a las fuerzas de NAPOLEÓN, contando con la ayuda de los «valientes nativos». Eso propicia el regreso de Wellesley con instrucciones de «sobre todo defender Portugal, independientemente de los resultados de la lucha en España». En la fecha, Wellesley desembarca en Lisboa.

En la fecha, Wellesley se adentra en Portugal, después de la batalla de Talavera. Para tener un refugio seguro, Wellesley emprende la construcción de las célebres fortificaciones de Torres-Vedras, delante de Lisboa y se mantendrá a la defensiva entre el invierno de 1809 y la primavera de 1810, previendo que, como resultado de la paz de Viena, NAPOLEÓN redoblará sus esfuerzos en la Península Ibérica. Wellesley es autoritario y minucioso, por eso maneja y supervisa todo personalmente, sabiendo donde se halla la más pequeña de sus unidades y hasta su posición artillera menos importante. Por eso y porque el general es un extraordinario táctico, su línea de Torres-Vedras resultará infranqueable. Apoyándose en el ancho curso final del Tajo y en su estuario, por el Este y el Sur y en el Atlántico por el Oeste, tiende una línea fortificada de unos 40 km. de longitud, aprovechando las elevaciones, los valles y los riachuelos desde Vilafranca hasta el mar, formando una «isla» de más de mil kilómetros cuadrados, protegida y abastecida por la flota inglesa y, en tierra, por 600 cañones y 130.000 hombres.

En 1811, toda Europa sufre la influencia de Napoleón, salvo Inglaterra y Portugal (ocupado en parte por Inglaterra), Cerdenya, Sicilia y Malta. Para acabar con Inglaterra, dueña de los mares desde Trafalgar (1805), el Emperador ha creído poder asfixiarla económicamente volviendo contra ella el arma del bloqueo que prohíbe la entrada de mercancías enemigas. Debe, por tanto, controlar toda Europa. De ahí la anexión o la administración directa de las zonas costeras. Tras la ocupación de los Estados Pontificios y la anexión de Holanda, el Imperio francés cuenta así con 130 departamentos. Algunos Estados son gobernados personalmente por Napoleón: el reino de Italia, donde el príncipe Eugenio le representa como virrey; las provincias Ilíricas (Dalmacia, Istria, Alta Carintia, Carniola, Friul y Croacia), de las que Marmont es gobernador.

Fallece MARIA I, reina de Portugal. JUAN, su hijo, ha elevado el Brasil al rango de reino, unido con Portugal bajo un mismo monarca, de modo que ahora, al morir su madre MARÍA, se convierte en JUAN VI, rey de Portugal y del Brasil (1816-1826). JUAN VI seguirá en el Brasil durante cinco años más. En este tiempo, se ve inmerso en la notable controversia entre los constitucionalistas, partidarios de una monarquía limitada, y los absolutistas, que propugnan una monarquía todopoderosa.