Fallece Konrad von Gesner, médico suizo. Ha dedicado su mayor esfuerzo a recoger en una serie de volúmenes todo cuanto se sabe de historia natural, como hiciera Plinio más de dieciséis siglos antes, pero con mayor discernimiento. Ha escrito esos volúmenes en los últimos quince años de su vida. Muere en 1565 porque, como médico, se niega a abandonar a sus pacientes durante una epidemia de peste en Zurich, y resulta contagiado.

ENRIQUE IV de Francia por medio del Tratado de Greenwich se alía con Inglaterra, Suiza, Las Provincias Unidas, Saboya y los protestantes alemanes, contra España.

Durante la Reforma, Lucerna es el bastión del catolicismo y a partir de 1601 hasta 1873 sede de la Nunciatura Pontificia en la Confederación Helvética.

«Noche de la escalada». Tras 10 años de escaramuzas e intrigas, unos soldados de Carlos Manuel I, duque de Saboya, salvan con escalas la muralla de Ginebra. Serán rechazados, pero el acontecimiento es rememorado todos los años.

La creación en Suiza de un ejército federal servirá para mantener la ley en todo el territorio y asegurar su inviolabilidad, sobre todo durante la guerra de los 30 años (1618 a 1648), en la que sólo se vieron involucrados los grisones.

En Suiza, la defensa de las fronteras exige nuevos impuestos, que provocan el año 1645 una sublevación en la región de Zurich duramente reprimida, con ejecución de siete cabecillas.

En el Acuerdo de Defensa de Wyl firmado este año, los cantones suizos establecen una fuerza de defensa conjunta y la Dieta establece la neutralidad armada al ser absorbido por Francia el Franco-Condado ante el inquietante nuevo vecino. Durante dos siglos, la Confederación será una especie de protectorado francés.

Suiza y los Países Bajos son reconocidos como naciones independientes, no sujetos a obediencia al emperador.

En Suiza, una devaluación de la moneda, en 1653, por los consejos de Berna y Lucerna provoca una sublevación campesina -la guerra de los campesinos- que es sofocada por las tropas de las ciudades y seguida, asimismo, de una durísima represión.

La tercera paz nacional, en 1656, supone en Suiza un nuevo medio siglo de preponderancia para los católicos. Las potencias europeas tienen interés en que la paz reine en la Confederación, ya que es su vivero de mercenarios, y en ocasiones median en los conflictos internos. Los cantones protestantes mantendrán acuerdos militares con Francia, y los católicos con España y Saboya.