Las persecuciones sangrientas no son la única ni la más importante amenaza para la joven cristiandad. Hay otra más peligrosa y más sutil: las herejías. Las primeras que surgen por estas fechas, se presentan de manera amistosa, en forma de sectas para «iniciados» que tratan de infiltrarse en la misma Iglesia. El nombre genérico con que se conocen es el de «gnosticismo» (del griego gnosis = conocimiento). Lo fundamental de sus creencias es que la fe puede llegar a ser superada mediante el conocimiento y que la secta en cuestión es la dispensadora de ese conocimiento. Los que llegan a adquirirlo son los «iniciados», que han de seguir largos cursos de iniciación con extrañas y complicadas ceremonias y ritos. Según los cristianos el gnosticismo fue fundado por Simón Mago, personaje que aparece en una narracion en Hechos de los apóstoles en el Nuevo Testamento (Hech 8;9).

Los gnósticos pretenden poseer un conocimiento intuitivo de las cosas divinas, negando la penitencia y afirmando que con el bautismo el hombre está redimido de todo pecado. Los gnósticos, en medio de sus propias rivalidades, acosan a la Iglesia por todo el mundo mediterráneo: Saturnino en Antioquía, Basílides en Egipto, Valentino en Roma, y muchos otros. A Roma también llega un cristiano crítico radical del Antiguo Testamento, MARCIÓN, que será excomulgado en el 144. Las comunidades que funda durarán mucho tiempo hasta la Edad Media. Para MARCIÓN, el Dios judío es una deidad inferior y vengativa, creador de un mundo defectuoso, autor de la Ley mosaica, y completamente distinto al Padre amoroso anunciado por JESÚS. El gnosticismo es una mezcla de elementos cristianos, judíos y orientales.

De alrededor del año 138 es una llamada Epístola de Bernabé, de autor desconocido, quizá de Alejandría.

Fallece el papa Higinio que es sepultado al lado de S. Pedro. (La Iglesia católica celebra su festividad el 11 de enero)

PÍO I es nombrado papa (140-155). Su pontificado transcurre mientras se extiende peligrosamente la herejía gnóstica. PÍO I cuenta con la ayuda de JUSTINO el Filósofo para combatir las diferentes querellas doctrinales.

Contra el gnosticismo circula profusamente entre los cristianos durante el pontificado de PÍO I una obra titulada «El Pastor», atribuida a HERMAS, un hermano del papa, en la que se hace una encendida e inteligente defensa del bautismo y de la penitencia. La obra está escrita bajo la forma de un apocalipsis («revelación»). También este documento habla de cómo en la Iglesia de Roma había muchos dirigentes. Y es que cada una de las iglesias domésticas o comunidades de vecindario tenía un dirigente o anciano (un «presbítero, sinónimo de anciano). Pero parece que había al menos una jerarquía informal entre los ancianos. Ello se desprende de que en muchas ocasiones actuaban como un solo grupo: Carta de Clemente que procede de toda la iglesia de Roma, Carta de Pablo a los romanos, etc.

En plena expansión de la Iglesia Católica, como tiende cada vez más a llamarse ella misma, el último grado de la jerarquía está constituido por los diáconos, que son asistentes y colaboradores del obispo: tienen a su cargo la administración de las limosnas. A continuación los presbíteros: se cuidan de la predicación o la administración del bautismo. Y finalmente el obispo, responsable general de la comunidad, sucesor de los apóstoles. Al principio, los obispos son hombres con esposa y con hijos. Varios de los primeros papas estaban casados, y algunos de ellos, en estos primeros siglos, son descendientes de papas anteriores. Los miembros de la jerarquía adquieren en general el nombre de «clérigos», y gobiernan e instruyen a los simples fieles o «laicos». Un lugar especial, en las primitivas comunidades, está ocupado por los llamados «carismáticos», es decir, simples fieles no pertenecientes a la jerarquía pero dotados de dones especiales, sobrenaturales, como el don de las lenguas (lingüistas), de la profecía (profetas) y de la enseñanza (doctores). En el sucesivo desarrollo de las iglesias, mientras los «carismáticos» irán desapareciendo poco a poco, adquirirán mayor importancia la figura del obispo y, por tanto, la organización interna de las comunidades se irá centralizando cada vez más.

Gracias a JUSTINO el Filósofo, se poseerá una descripción fidedigna de las celebraciones solemnes de la Eucaristía en el siglo II. Lo primero se leían trozos de las Sagradas Escrituras, se cantaban himnos y se hacían oraciones colectivas por los creyentes, los gobernantes y por todos los hombres. A la oración precedía una alocución del obispo o del sacerdote. La segunda parte de la ceremonia consistía en la consagración, y la tercera en la distribución de la sagrada comunión a los presentes y en llevarla también a los ausentes. De ordinario se recibía la comunión bajo las dos especies, pero podía también comulgarse bajo la sola especie de pan, como sucedía, por ejemplo, en tiempos de persecución, en que los fieles llevaban las especies sagradas consigo a sus propias casas. Aún no había en este tiempo iglesias, es decir, edificios exclusivamente destinados al culto divino.

Aparecen -alrededor de la fecha- una serie de sectas gnósticas, conocidas históricamente como ofitas, que veneran a la serpiente satánica del Génesis puesto que consideran que ha aportado la gnosis o conocimiento al hombre. Algunos de sus aspectos pervivirán en el luciferismo, el ocultismo y el satanismo.

Llegada a Lyon de mercaderes orientales, primeros cristianos de Galia.