En 1038 un fogoso predicador de Caimán llamado Ibn Yasin logró alzar a las tribus bereberes saharianas en una ola de fundamentalismo (Almorávides: “consagrados a Dios”). Ibn Yasin era un místico (aunque sorprendentemente se casaba y divorciaba varias veces al mes) y despreciaba las minucias del mundo, pero nombró caudillo del movimiento a uno de sus más fieles seguidores, el jeque Yahya ibn Umar. A poco, aquellos fanáticos conquistan los centros caravaneros que vienen funcionando desde el tiempo de los romanos y controlan el comercio de oro sudanés que surte a Europa. No sólo del oro sudanés sino el de los nuevos yacimientos de Ghana, al sur del Sahara, descubiertos el siglo anterior. Luego conquistarán las fértiles tierras del Magreb, muy fragmentadas en manos de jeques y caudillos, muchos de los cuales se apresuran a abrazar la causa almorávide. El dominio de los almorávides se extenderá en unos años desde el Senegal hasta Marruecos.

En la fecha, el territorio costero del África del Norte es incorporado al imperio almorávide unificado en la región del Atlas por YUSUF IBN TASHUFIN. En efecto, durante la segunda mitad del siglo XI los almorávides forman un estado en el África del Norte que se extiende hasta Ghana, al sur, y Tiemcen, al nordeste y que dominará hasta 1146. Los almorávides que son bereberes del desierto llevan la cabeza protegida del polvo y la arena por un embozo de tela negro o violeta, el lizam, que al desteñir con el sudor les tinta la piel (hoy lo siguen usando y los llaman por eso «hombres azules»).

Los almorávides atacan Ghana en 1076 y saquean su capital. A partir de entonces, Ghana se precipita en la decadencia. Otros Estados de la región se convierten al Islam. El más notable es Mali, en la curva del río Níger.

Los almorávides toman la plaza fortificada de Ceuta, llave para dominar el Estrecho de Gibraltar.

Desde la toma de Toledo (1085) y ante la presión y exigencias de ALFONSO VI, los reyezuelos Al-Mutámid de Sevilla , Al-Mutawakkil de Badajoz y Abd-allah de Granada, solicitan ayuda al sultán almorávide YUSUF ibn Tashufin, señor del Magreb. El título de emperador de ALFONSO VI da que pensar a los almorávides, pues deja traslucir su propósito de unir bajo su mando a la España cristiana y Al Ándalus. Los almorávides con capital en Marrakech, llevan velo como sus hermanos tuareg y son defensores intransigentes de la pureza de la doctrina “maliki”.

Setenta mil almorávides, al mando de YUSUF Ibn Tashufin, el propio creador del imperio almorávide, acuden a la demanda de ayuda hecha por AL-MUTÁMID de Sevilla, desembarcando, en la fecha, en Algeciras. Los colegas Ándalusíes de AL-MUTÁMID le advierten que el remedio podrá ser peor que la enfermedad: “Si llamas a esos fanáticos del otro lado del Estrecho labrarás tu ruina y la de todos nosotros, se nos quedarán con todo”. Pero AL-MUTÁMID que era de los que no dudan en perder los dos ojos con tal de dejar tuerto al enemigo, se mantiene en sus trece. “Prefiero -replica- ser camellero en África a verme de porquero en Castilla.” Impondrán un fanático monoteísmo, expulsarán a todos los mozárabes, dando fin a la tolerancia musulmana y a la presencia de cristianos católicos bajo el régimen del Islam. A los almorávides se unen de inmediato las tropas de Granada, Málaga y Badajoz y, rápidamente aquel poderoso ejército se lanzará contra ALFONSO VI. Al-Ándalus se constituirá en una provincia periférica de este imperio magrebí.

El ataque almorávide se anuncia con el ronco retumbar de los tambores, arma psicológica en estos momentos desconocida en España (luego, las cajas de guerra serán adoptadas por todos los ejércitos hasta después de Napoleón). Los almorávides, en la fecha, derrotan a las tropas de Castilla y León en Zalaca (Sagrajas, cerca de Badajoz) (Batalla de Sagrajas) y Uclés (Badajoz). En esta última batalla muere el infante D.SANCHO, hijo de ALFONSO VI, juntamente con los siete condes que le acompañan, por cuyo motivo se denomina la Batalla de los Siete condes. La derrota cristiana es completa. ALFONSO VI huye al amparo de la noche, los almorávides arrasan el campamento cristiano y forman inmensos montones con las cabezas de los cadáveres cristianos. El rey tiene suerte de que IBN TASHUFIN no puede o no quiere explotar su victoria porque si le da por proseguir la marcha hacia el interior de Castilla, ya desguarnecida, no sabemos en qué hubiera acabado la cosa. Pero el almorávide se atiene a lo pactado y regresa a Marruecos. Los reinos de taifas dejan de pagar tributos al rey de Castilla.

Como consecuencia de la gran derrota que ALFONSO VI ha sufrido en Badajoz, a cargo del almorávide YUSUF, el rey decide levantar el destierro al CAMPEADOR. El CID, que ha estado guerreando en levante en forma tal que, en suma, ha resultado beneficiosa para Castilla y que ha servido de guardián de su flanco suroriental, vuelve al favor del rey, que le entrega señoríos y reconoce la importancia de su labor. Por otra parte, la derrota de ALFONO VI no tiene efectos de tipo territorial ya que tras ella YUSUF regresa a África, pero cambia el curso de los acontecimientos. Los cruzados cristianos ya no se enfrentan a Taifas desunidos y desorganizados, sino a un renacido imperio musulmán que hace la guerra santa. La política de ALFONSO VI tiene que variar su orientación.

El Papa VÍCTOR III organiza una armada para luchar contra los sarracenos que obtiene una victoria de cierta importancia en el norte de África. VÍCTOR III no llega a saberlo porque, cuando llega la noticia a Roma, él, en la fecha, ha fallecido súbitamente.

Antes de terminar 1088, se produce un nuevo desencuentro entre el CID y su rey. ALFONSO VI ha conquistado Aledo (provincia de Murcia), desde donde pone en peligro las taifas de Murcia, Granada y Sevilla con continuas algaradas de saqueo. Las taifas andalusíes solicitan de nuevo la intervención del emperador almorávide, YUSUF ibn Tashufin, que sitia Aledo el verano de 1088. ALFONSO acude al rescate de la fortaleza y ordena al CID que marche a su encuentro para sumar sus fuerzas, pero el Campeador, que se dirige hacia Murcia, no acaba por reunirse con su rey, sin que se pueda discernir si la causa es un problema logístico o la decisión del CID de evitar el encuentro. En todo caso, ALFONSO VI vuelve a castigar al CID con un nuevo destierro aplicándole además una medida que solo se ejecuta en casos de traición, que conlleva la expropiación de sus bienes; extremo al que no había llegado en el primer destierro. Es a partir de este momento que el Cid comienza a actuar a todos los efectos como un caudillo independiente y plantea su intervención en Levante como una actividad personal y no como una misión por cuenta del rey.