En 1562 los colonos (hugonotes) son conducidos a la costa de lo que hoy es Carolina del Sur en América, pero les vencerá la nostalgia, y serán recogidos por un barco inglés que los transportará hasta Inglaterra.

En Francia deja de ser posible cualquier arreglo cuando, a raíz de la promulgación en enero de 1562 de un edicto contra los hugonotes, la intervención manu militari de Francisco de Guisa en Vassy intentando imponer su cumplimiento acaba en una matanza que provoca el estallido de la guerra civil.

Con el baño de sangre de Vassy, organizado por Francisco de Guisa, adversario de la política de apaciguamiento hacia los hugonotes, empiezan las guerras de religión en Francia. Si los hugonotes no pueden hallar la paz en Norteamérica, tampoco la encuentran en Francia, donde ni siquiera se les tolera. Y todo ello ocurre en 1562, mientras COLIGNY envía colonos a Norteamérica.

ENRIQUE de Guisa sucede a su padre en 1563 como Tercer Duque de Guisa y Gran Maestre de Francia con el Título de ENRIQUE I de Guisa. Luchará contra los turcos en Hungría en 1565, y a su vuelta, se convertirá en uno de los líderes de la facción católica en guerras de religión contra los protestantes hugonotes. Luchará en la Batalla de Saint-Denis en 1567, en la Batalla de Jarnac y en la Batalla de Moncontour. Disgustado por la Paz de Saint-Germain y por la influencia de los hugonotes y de Coligny, se aparta de la corte.

A pesar de que FRANCISCO de Guisa es asesinado por un fanático hugonote, el edicto de Paz de Amboise asegura la libertad de culto a los hugonotes. El principal autor de esta pacificación fue el almirante GASPAR de Coligny, soldado y político francés, que fue quien rindió en 1552 a los españoles, la plaza de S.Quintín tras una heroica resistencia de diecisiete días. Convertido al protestantismo durante su cautiverio, se erigio, junto con el príncipe de CONDÉ en jefe de los hugonotes.

En 1564, un grupo de colonos hugonotes franceses se establece en Florida septentrional, pero los españoles, al mando de Pedro Menéndez, los matan a todos. (Según explicará, no porque eran franceses, sino porque eran protestantes.) En 1565, Pedro Menéndez funda la ciudad de San Agustín de la Florida, la más antigua de origen europeo en el actual territorio de los Estados Unidos.

Fallece, tras larga y penosa enfermedad, en la ciudad de Ginebra, el reformador JUAN CALVINO. Habiendo sido bien aceptado en Ginebra, por su talento y su integridad moral, junto con su esposa Idelette de Bure fue hasta el día de su muerte el dueño absoluto de vidas, haciendas, conciencias y destinos de una multitud fervorosa y adicta. No dejó nunca de escribir y de predicar, rumiando sin descanso sus peregrinas ideas sobre la Predestinación. Fanático en la defensa de sus dogmas y su personal inclinación al ascetismo, hizo que, bajo su influencia, Ginebra fuera como una lóbrega prisión, sin el menor resquicio para la esperanza ni para la alegría.

En una carta desesperada, el gobierno de Bruselas informa al rey FELIPE II, que la mitad de toda la población de los Países Bajos está «infectada por la herejía» y que cerca de 200.000 hombres se habían levantado en armas para destruir a la Iglesia Católica. (Revolución nacionalista calvinista)

El papa PÍO V financia con cargo al erario pontificio la participación de la Iglesia en las guerras santas en Francia contra los hugonotes, o la expulsión de los judíos de los estados de su jurisdicción.

En 1567, se produce un nuevo estallido de la guerra de los hugonotes en Francia, después del fracasado intento de éstos por secuestrar al rey CARLOS IX.