El papa CLEMENTE VII, fallece el mismo día de la fecha del acta en el que expresa su veredicto sobre el matrimonio de ENRIQUE VIII. Las profecías de San Malaquías se refieren a CLEMENTE VII como Flos pilae aegrae (La flor de las columnas enfermas), cita que hace referencia a las columnas y la flor de lis que aparecen en su escudo de armas. Asimismo, su pertenencia a la familia Médici (médico), permite un juego de palabras con “enfermedad” por el periodo turbulento en que discurrió su papado.

La muerte del Papa PABLO III, llega de forma repentina. Cae víctima de una fiebre violenta muriendo en el palacio del Quirinal, a la edad de 81 años. Muere unas semanas antes de iniciarse el Año Santo de 1550 por lo que su sucesor deberá actuar deprisa. Sus restos reposarán en la basílica de San Pedro en la tumba diseñada por Miguel Ángel y construida por Guglielmo della Porta. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Hyacinthus medicorum (El jacinto de los médicos), cita que hace referencia a que como papa durante el Concilio de Trento, “sanó” a la Iglesia. Y asimismo por el hecho de que en su escudo de armas figuran dos flores de lis azules (también llamadas jacintos) y a que fue cardenal de San Cosme y San Damián, dos médicos mártires.

Fallece el papa JULIO III. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como De corona montana (De la corona del monte), cita que hace referencia al nombre con que fue bautizado y a que en su escudo de armas figuran dos coronas.

Fallece el papa MARCELO II. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Frumentum floccidum (El trigo marchito), cita que hace referencia a que en su escudo de armas predomina el color trigueño y a que su precaria salud sólo le permitió un pontificado de 22 días.

Fallece PABLO IV. En su lecho de muerte, el irascible anciano, papa PABLO IV, se arrepiente de sus errores políticos y de táctica, que incluyen una actitud violenta y profundamente hostil con la Inglaterra de la reina ISABEL I. FELIPE II, que ha estado casado con su predecesora, MARÍA TUDOR, y conoce bien a los ingleses, ha tratado, sin éxito, de suavizar esa postura. Todos los papas del siglo XVI, a partir de LEÓN X, han sido perseguidores de los herejes, siendo éstos recibidos en Roma a título de gracioso homenaje que le enviaban las demás ciudades de Italia, y estos mártires llegaban a la ciudad eterna cargados de cadenas. Los mismos ciudadanos de Roma que habían celebrado su nombramiento erigiendo en su honor una estatua en un lugar descollado de la ciudad, tras su borrascoso mandato la derriban, mutilan y arrojan al Tíber, no sin antes colocarle en la cabeza el infamante gorro amarillo de los judíos. Y, no conformes con este acto de simbólico repudio, incendian el palacio de la Inquisición, saquean el convento de los dominicos y ponen en libertad a sesenta y dos reos inquisitoriales. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como De fide Petri (De la fe de Pedro), cita que hace referencia a su nombre y a su apellido, Carafa, que significa fe.

Fallece el papa PÍO IV. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Aesculapii farmacum (El fármaco de Esculapio), cita que hace referencia a su familia, los Médicis, a que era médico y a que el dios romano de la medicina era Esculapio.

Fallece el papa Pío V el 1 de mayo de 1572. Las profecías atribuidas a San Malaquías se refieren a este papa como Angelus nemorosus (El ángel de los bosques), cita que hace referencia a que su nombre de pila era el de un ángel y a que su lugar de nacimiento fue Bosco (bosque). Con él quedó definitivamente atrás la época de los Papas del Renacimiento, amantes del lujo, semipaganos e indiferentes hacia la religión. PÍO V borró todos los vestigios de protestantismo en Italia y prestó una atención extrema a la herejía, haciendo amplio uso de la Inquisición

GREGORIO XIII no tiene capacidad para atajar aquella situación ni tiempo para intentarlo, pues muere el 10 de abril de 1585 dejando los estados pontificios en plena turbulencia. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Medium corpus pilarum (El cuerpo en medio de las columnas), cita que hace referencia a que en su escudo de armas figura medio cuerpo de dragón y a que el escudo del papa que le nombró cardenal, Pío IV, figuraban dos columnas

Fallece el papa SIXTO V. Reorganizó las finanzas y la economía de los Estados pontificios, fija el colegio cardenalicio en 70 miembros y refuerza la aplicación de las conclusiones del concilio de Trento. Con su muerte acaba la serie de Papas estrictamente reformistas. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Axis in medietate signi (El hacha en medio del signo), cita que hace referencia a que en su escudo de armas figuraba un hacha cruzada sobre un león y a que el León es un signo del Zodiaco.

Fallece el papa URBANO VII víctima de la malaria. A su muerte, deja todas sus posesiones personales a la caridad, que serán usadas por la Arquiconfraternidad de la Anunciación para la dote de niñas pobres. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como De rore coeli (El rocío del cielo), cita que hace referencia a que fue obispo de Rossano y Ros significa “rocío”, y a que sólo gobernó la Iglesia durante doce días, un periodo tan breve como el rocío del cielo.