En la fecha, el agente Pedro Urraca, al servicio de Franco, entrega a Lluís COMPANYS a la policia española en Irún. A continuación, Lluis COMPANYS ingresa en un calabozo de la dirección general de Seguridad, en Madrid. Durante las cinco semanas que permanecerá en aquel centro, el presidente de la Generalitat será insultado, vejado, torturado y objeto de todo tipo de escarnios.

Durante su reclusión, Lluis COMPANYS es sometido a interrogatorios, hasta que el 3 de octubre es trasladado al castillo de Montjuïc de Barcelona para ser juzgado en consejo de guerra. Como ha sido juzgado en rebeldía en aplicación retroactiva de la Ley de Responsabilidades Políticas por un tribunal especial de Barcelona sólo tiene que ser juzgado y sentenciado en una jornada en consejo de guerra por un tribunal militar sumarísimo sin garantías. A COMPANYS se le designa como abogado defensor de oficio un militar, Ramon de Colubí quien años después dirá: «A mí me tocó cubrir las apariencias para que el proceso pareciese legal, cuando todos sabíamos que aquello respondía a una orden concreta de Franco para que COMPANYS fuera fusilado». Colubí tiene seis días, «los más largos de mi vida», para preparar la defensa.

La vista del consejo de guerra a Lluis COMPANYS se celebra el 14 de octubre en una dependencia del patio de armas del castillo, en un Montjuïc tomado militarmente. La compostura del presidente COMPANYS, traje gris, corbata y pañuelo blancos, alpargatas, es en todo momento de una enorme dignidad. Colubí explica al tribunal en su turno de defensa que gracias a COMPANYS, se le conmutó la pena de muerte a la que fue condenado por sumarse a la rebelión militar del 18 de Julio y que luego fue intercambiado por otros prisioneros. «Mi madre y mi mujer pudieron salir de Barcelona gracias a los pasaportes expedidos por el gobierno que él presidía», añadió Colubí. El tribunal invita a COMPANYS a tomar la palabra. Con voz serena y firme, y ante la segura condena a muerte, dice a los miembros del tribunal … «ustedes no tienen la culpa de mi muerte». Se declara responsable de su actuación y de la de sus colaboradores. «La historia nos juzgará a todos en nuestra intención». Y añade que morirá serenamente, muy tranquilo, por sus ideales «y sin sombra de rencor».

La vista del consejo apenas dura una hora. El tribunal condena a muerte al presidente de la Generalitat, Lluís COMPANYS, por adhesión a la rebelión militar. El capitán general, general Orgaz, aprueba la sentencia, que es leída al reo. COMPANYS no hizo ningún comentario; pide la presencia de un sacerdote y es asistido por un capellán castrense y un jesuita. Se confiesa, asiste a misa y recibe la comunión. Colubí -su defensor- envía un telegrama a Franco pidiendo la conmutación de la pena. No recibirá respuesta. COMPANYS puede despedirse de sus hermanas y luego pasa la noche en vela con Colubí hablando «de todo» y consumiendo una botella de champán.

A las seis de la mañana del día 15 de octubre de 1940, una difusa luz marina da tonos plúmbeos a las nubes. En la oscuridad de un foso del castillo de Montjuïc permanece formado, como cada amanecer, un pelotón de ejecución. Un reo, Lluís COMPANYS, está a punto de ser fusilado. Cuando el día clarea, tal como dispone la ley, COMPANYS, escoltado por militares, dos sacerdotes y su defensor, marcha hacia el foso de Santa Eulàlia. Ya ante el piquete, rechaza que le venden los ojos. COMPANYS lleva un traje sencillo, de color blanco, y calza alpargatas. Se descalza. Después le disparan. Grita: Per Catalunya! y cae al suelo, muerto. (Otras versiones dicen que muere pronunciando la célebre frase: «Asesináis un hombre honrado por Catalunya»).

Después del fusilamiento del presidente LLuis Companys, es sustituido -en el exilio- por Josep Irla. Era miembro de Izquierda Republicana y presidente del Parlamento desde 1938. Así, pues, institucionalmente le atañía ahora asumir la presidencia de la Generalitat en un momento especialmente crítico. Antoni Rovira y Virgili lo sustituye como presidente del Parlamento. El octubre de 1940, en Francia ocupada bajo el dominio nazi, los dirigentes republicanos catalanes están totalmente dispersos. Po eso, Josep Irla forma un gobierno de personalidades en el exilio. Nombra consejero primero del Gobierno a Josep Tarradellas.

El día 23 de octubre, último día de la visita de Himmler a España  donde ha preparado el encuentro entre Hitler y Franco en Hendaya, hace una escapadita a Catalunya, concretamente a Montserrat a fin de ver si daba en la montaña sagrada de los catalanes con el Grial, una de sus lunáticas obsesiones. El abad del monasterio, Antoni Maria Marcet, se niega a recibir al jefe nazi, furibundo anticatólico y antisemita. Es el joven monje Andreu Ripoll, que habla alemán, quien hace, a regañadientes, de anfitrión. La visita es muy tensa. Cuando la comitiva se detiene ante la imagen negra de la Virgen de Montserrat, el padre Ripoll explica la costumbre de besarla. Como respuesta, Himmler comenta: «Ya acabaremos nosotros con estas supersticiones». En realidad, a Himmler sólo le interesa encontrar pruebas que confirmen que el Santo Grial está en Montserrat, convencido de que el monte catalán es el Montsalvat de la leyenda Parsifal de Wagner. Cree que quien posea la reliquia gozará de un poder sobrehumano. Himmler insiste en examinar documentos antiguos en la biblioteca del monasterio, sin resultado alguno.

Se cierra la farmacia medieval Esteve de Llivia. Esta farmacia situada en el núcleo histórico de Llivia en la comarca de la Baja Cerdaña (España), es una farmacia de origen medieval, una de las más antiguas que se han conservado en Europa. Fundada a principios del siglo XV, actualmente convertida en un museo que guarda una colección de cajas renacentistas con retratos de santos y personajes; potes de los siglos XVI y XVIII, un armario barroco tallado por Josep Sunyer, en la época en la que la familia Esteve se hizo cargo de la farmacia y que mantuvo durante siete generaciones. En la farmacia se conserva una biblioteca, instrumentos de laboratorio, drogas antiguas, preparados, recetarios, etc. En el año 1942, León Antonio Esteve, cierra la farmacia y se instala en Puigcerdá. En el año 1958 pasará su custodia al Ayuntamiento de Llivia, y finalmente la Diputación de Gerona la comprará en 1965. Se trasladará su contenido a la Torre Bernat de So y de allí al nuevo edificio al lado del ayuntamiento de la población. La farmacia más antigua de españa, todavía en funcionamiento es la fundada por Lucas Ximeno en Peñaranda de Duero (Burgos) en el siglo XVIII.

En el verano de 1942, el Consejo Nacional de Catalunya se disuelve para no contradecir la presidencia de la Generalitat.

En la primavera de 1944, el catalán Juan Pujol (Garbo), agente doble que presta sus eficaces servicios durante la guerra civil española y durante la segunda guerra mundial, logra convencer al Führer de que el inminente desembarco aliado en el continente tendrá lugar en las playas de Calais no en las de Normandía, como será en realidad. No todo el mundo lo cree, pero sí el que da las órdenes que es lo importante. Juan Pujol nació en Barcelona en el seno de una familia de ideas liberales. Al inicio de la Guerra Civil Española es llamado a filas en el nuevo Ejército Popular y según su declaración posteriormente se pasa de bando luchando al lado de los sublevados. En sus palabras, la experiencia de la guerra y de los desmanes cometidos en ambos frentes le lleva a repudiar los totalitarismos y el nazismo en especial. Al iniciarse la Guerra Mundial, Pujol decide hacer algo para apoyar la causa aliada y durante 1941 se ofrece varias veces a la embajada británica en Madrid y Lisboa para actuar como espía. Los británicos le rechazan en las tres ocasiones y Pujol adopta una estrategia diferente, será espía de los alemanes y entregará sus secretos a los británicos.