Todo el peso de la prueba cae sobre el acusado, quien, al mismo tiempo, está privado de medios para defenderse con efectividad. La atmósfera llena de secreto, la prohibición de todo contacto entre el procesado y sus familiares y amigos; la supresión de los nombres de los testigos; la ausencia de un defensor realmente eficaz; el uso de la tortura y la lentitud agotadora del proceso, destrozando los nervios, todos estos inconvenientes se combinarán para hacer extraordinariamente difícil al acusado demostrar su inocencia. Habrá solamente una salida que no presentará obstáculos; hacer lo que la Inquisición quiera, confesar que los cargos contra él son ciertos, declararse penitente y ser reconciliado.

DOMINGO de Guzmán, Francisco de Asís, Buenaventura, Tomás de Aquino, Vicente Ferrer y otros mil, cada uno en su esfera, serán personalidades insignes de los que puede enorgullecerse la humanidad en cualquier época; y, sin embargo, ninguno de ellos dedicará sus esfuerzos a evitar el derramamiento de sangre de los herejes. No puede decirse ciertamente, que los mueva la sed de oro ni de sangre, pues en otros terrenos darán gallarda muestra de despreciar lo primero y no obedecer a lo segundo; creen cumplir con un sagrado deber, y aunque son inteligencias superiores, no logran sobreponerse a la corriente de la época.

El concilio de Narbona, en la fecha, se ve obligado a idear la Inquisición papal o pontificia. El párroco que conoce a su grey tiene la obligación de denunciar ante el obispo a cualquier feligrés sospechoso de herejía. Al obispo corresponderá interrogar e investigar al acusado en una inquisitio o pesquisa que si lo encuentra culpable lo pasará al Tribunal eclesiástico presidido por el comisario pontificio. Posteriormente, los condenados por estos Tribunales, habrán de ser remitidos inmediatamente al brazo secular que ejecutará la sentencia. Se ve rápidamente el peligro que encierra este proceso. Cada vez más los inquisidores se verán tentados a utilizar los métodos judiciales en boga en su época, como la tortura, garantías insuficientes para los acusados, etc… Para comprender la Inquisición, es preciso retrotraerse a las condiciones históricas de aquella época donde la tolerancia es desconocida.

Esta corriente y este espíritu, cuyo fiel reflejo es la opinión pública, se proyectará también en la legislación penal de la Edad Media; en ella se verá como los hombres de este tiempo están desposeídos del sentimiento de la piedad en las relaciones de unos con otros: pasar por la rueda, echar en calderas de agua hirviendo, quemar y sepultar en vida, despellejar, descuartizar; tales son los medios ordinarios con los que los redactores de códigos penales se esfuerzan en atajar la corriente avasalladora del crimen que amenaza invadirlo todo. Este espíritu se confirmará en cierta manera con el desarrollo del ascetismo; según éste, la vida es un momento brevísimo, un paso para la eternidad y, por lo mismo, digna de desprecio, y es necesario conquistar el cielo negándose a gozar de los placeres de esta vida y sufriendo todas las tribulaciones. El pecado ha de ser expiado con penitencias voluntarias o forzadas.

El Concilio de Narbona ordena, por otra parte, que todos los que renuncien voluntariamente a la herejía deben llevar dos cruces de tela, de color azafrán, cuyos dos brazos medirán dos pulgadas y media de ancho, dos palmos y medio de alto y dos palmos de largo, cosidas una encima del pecho y otra a la espalda. Con estas cruces probarán al pueblo que detestan sus errores pasados y que han vuelto a la fe por iniciativa propia. Otras pena que impone la Inquisición son las multas y las fianzas, pero fácilmente degenerarán en abusos. La confiscación de bienes es considerada por el Santo Oficio como un resultado natural de la sentencia y consituye una penalidad terrible a merced del inquisidor y que también dará lugar a numerosísimos y graves abusos.

El nuevo Papa -GREGORIO IX- se parece más a su antepredecesor, Inocencio III, que a su predecesor, Honorio III, y el emperador FEDERICO II se da cuenta enseguida de que no podrá engañarle ni burlarse de él, por lo que decide iniciar la prometida Cruzada. Sin embargo, pocos días después de haber zarpado de Brindisi, regresa, con todas su naves, al puerto de Otranto, en el sur de Italia, alegando que ha enfermado de fiebres. ¿Es otro truco? ¿Es verdad?. En cualquier caso, GREGORIO IX, harto ya de dilaciones, en la fecha, le excomulga.

GREGORIO IX excomulga por segunda vez a FEDERICO II.

FEDERICO II para mostrar al mundo entero que el Papa GREGORIO IX se ha equivocado con él, emprende, en la fecha, la sexta Cruzada, excomulgado y todo… y aunque la cruzada ha de favorecer los intereses del papado, su encarnizado rival, pero en modo alguno los suyos. Pero la excomunión es un arma terrible en manos de los papas. GREGORIO IX no responde con la absolución de FEDERICO, sino que declara que las acciones del emperador en Tierra Santa no pueden calificarse como guerra santa al continuar excomulgado, y procede a liberar a los cruzados del voto de obediencia al emperador, quien se ve obligado a regresar al conocer que el Papa, junto a la Liga Lombarda, está invadiendo su reino de Sicilia.

El ejército real insiste y vuelve a bloquear Tolosa, en la fecha.

Uno de los primeros actos del papa GREGORIO IX es canonizar a FRANCISCO de Asís apenas dos años después de su muerte. La canonización se celebra con toda solemnidad, en la fecha, en la explanada delante de la iglesia de San Jorge (actual Plaza de Santa Clara), donde el santo ha sido sepultado provisionalmente menos de dos años antes.