Llega a Florencia un breve papal en el que se prohibe terminantemente a SAVONAROLA toda predicación y se le instruye una causa.

A partir de 1496, fray Tomás de TORQUEMADA casi no sale del convento de Santo Tomás de Ávila. Apartado del omnímodo poder que ha ostentado, ya viejo y achacoso, todavía ese año se atreve a solicitar a ALEJANDRO VI la confirmación de un estatuto de limpieza de sangre para el monasterio en el que está retirado, porque alienta el temor de que falsos conversos ingresen como monjes en el convento y, una vez dentro, planeen su asesinato.

La prohibición llegada de Roma no tiene ningún efecto sobre SAVONAROLA. Así, por ejemplo, en la Cuaresma de este año, predica: «…Venid, jefes de la Iglesia; venid sacerdotes; venid frailes y novicios… vosotros estais de noche con la concubina y por la mañana acudís al sacramento…». El Papa, en un intento de captarse a los florentinos, llega a prometer el capelo cardenalicio a SAVONAROLA, que éste no acepta.

Por la bula «Si convenit» expedida por el Papa BORGIA, ALEJANDRO VI, el 19 de diciembre de 1496, es concedido a los reyes de España, Fernando e Isabel el título de Católicos (a los reyes franceses se les aplica el título de Cristianísimos). Las razones que el Papa invoca para la concesión del título son: 1. La liberación de los estados pontificios y del feudo papal del Reino de Nápoles, invadidos por el rey Carlos VIII de Francia (también Cristianísimo). 2. Las virtudes personales de ambos Reyes manifestadas en la unificación, pacificación y robustecimiento de sus reinos. 3. La reconquista de Granada de manos del Islam. 4. expulsión de los judios que no hubiesen aceptado el bautismo en 1492. 5. Por los esfuerzos realizados por ambos monarcas en intentar llevar adelante la cruzada contra los mahometanos. (El título de «Católico» se volvió a dar a Carlos V en 1517, después de lo cual quedó incorporado al uso diplomático y de las cancillerías.)

Una vez asegurado el reino de Nápoles para FEDERICO II, el Gran Capitán reúne a sus tropas con intención de disolverlas, pero el Papa le pide que le ayude. Un tal Menaldo Guerra, corsario vizcaíno se ha apoderado de Ostia y su castillo bajo bandera francesa, cerrando el Tíber y sometiendo a contribución a Roma. Las tropas españolas atacan y toman Ostia y su castillo, y el Papa concede a GONZALO FERNÁNDEZ de Córdoba la Rosa de Oro.

Muere asesinado, en la fecha, JUAN BORGIA, duque de Gandía, hijo de ALEJANDRO VI. No se ha esclarecido el autor de este crimen y aunque la leyenda negra haya acusado a su hermano CÉSAR, apelando desde la ambición política y la envidia hasta los celos incestuosos, parece más lógico pensar en una conjura de los españoles, los Orsini o los Sforza. Este asesinato, produjo tal aflicción a su padre, el papa ALEJANDRO VI, que le movió a una profunda conversión de su vida y de la de la Iglesia. Para ello creó unas comisiones destinadas a la reforma de ésta última, de cuyo concienzudo trabajo es prueba que sirvieron como punto de partida de muchos aspectos tratados posteriormente en el Concilio de Trento.

El papa ALEJANDRO VI, en la fecha, publica el breve de excomunión de Jerónimo SAVONAROLA que acabará con su vida. SAVONAROLA refuta la excomunión por basarse en hechos falsos y calumniosos. Deja momentáneamente de predicar y aprovecha para lanzar a la imprenta una serie de escritos piadosos que rápidamente alcanzan gran difusió

La relación entre LUCRECIA de BORGIA y su marido Giovanni SFORZA se hace cada vez más tensa hasta que se concede la nulidad del matrimonio por impotencia del marido. Éste insinúa que no hacía vida conyugal con su mujer porque ésta la hacia con el mismo pap?a su padre e incluso con su hermano CÉSAR. Parece ser que esta afirmación la inicia el marido para justificar su impotencia. Posiblemente el motivo que da nacimiento a este rumor sea la relación tan cariñosa entre ellos tres y que no ocultan. Giovanni SFORZA que ve peligrar su seguridad por los vaivenes de la política entre su familia y la de su esposa, huye a Pésaro y LUCRECIA de BORGIA se retira al convento de S.Sixto. En los meses que duró este retiro, padre e hija se comunicaban a través del mayordomo personal de ALEJANDRO VI: Pedro Calderón o Perotto. Es posible que Lucrecia se enamorase de él y que la dejase embarazada. Perotto es asesinado, muerte que se atribuye a CÉSAR de BORGIA el hermano de LUCRECIA.

SAVONAROLA inicia de nuevo un ciclo de sermones. El Papa ALEJANDRO VI excomulga Florencia ya que la Signoria no impide al fraile hablar en público. Por este hecho, las mercancias florentinas no son aceptadas en ningún lugar. Por otra parte, tan duros son los ayunos y abstinencias de carne que se aruinan los carniceros, los impresores, los comerciantes de vinos, los grandes viñateros de la Toscana. El espíritu mercantil florentino, ve arruinado su posible comercio ante aquella austera tiranía de la virtud.

Al fin, ALEJANDRO VI, logra de la Signoria -que empieza a temer un levantamiento del pueblo- la imposición efectiva de la prohibición de predicar a GIROLAMO SAVONAROLA. Fray Jerónimo SAVONAROLA se despide de su pueblo y se retira al claustro de San Marcos. Desde ese momento, los acontecimientos adversos se precipitan.