La familia propietaria del castillo residencia veraniega de los papas en Castelgandolfo, levantado en 1200, no puede pagar una deuda al papa CLEMENTE VIII, por lo que la propiedad de este castillo, pasa en 1596, al Pontífice que, en 1604, la declara patrimonio de la Santa Sede. (El Papa Urbano VIII decidirá, en 1623, convertir este lugar en su mansión de verano).

Tras la publicación de la ordenanza de destierro de los padres cristianos de tierras japonesas, Toyotomi Hideyoshi, que ostenta el poder en el Japón, vuelve a mostrar cierta benevolencia hacia los cristianos, seguramente motivado por su interés en proseguir los intercambios comerciales con españoles y portugueses. Pero poco después, un incidente provoca la cólera del gobernador. El 27 de agosto de 1596, el galeón San Felipe, que navegaba de Manila a Acapulco, se ve sorprendido por una tormenta y busca refugio en la playa de Urado, en la isla de Shikoku, al suroeste del país. El capitán del navío, Matías de Landecho, envía un delegado a Hideyoshi para pedir protección. Uno de los servidores de Hideyoshi, Masuda Nagamori, acude a investigar la situación del galeón; mientras interroga al capitán del navío, éste, al parecer, le habla de un plan para conquistar Japón a través de la evangelización. Cuando Hideyoshi se entera de ello, monta en cólera y manda ejecutar a todos los religiosos que viajan a bordo del San Felipe. A continuación, Toyotomi Hideyoshi dirige su ira contra los franciscanos que predican públicamente en el archipiélago al margen de la ordenanza de expulsión. En total son apresados seis franciscanos y veinte cristianos japoneses que son enviados a Nagasaki para su ejecución.

En este año, se establecen diversas misiones jesuitas en el Brasil.

Los cristianos japoneses afrontan la dura prueba del martirio seguramente influidos por el espíritu de las reglas de caballería japonesa, el llamado bushido, que se ha fraguado desde el siglo XII. De hecho, la evangelización de Japón llevada a cabo por los religiosos europeos coincide en el tiempo con el perfeccionamiento de este código caballeresco, que impregna poderosamente todas las facetas de la vida de los japoneses, inmersos en un sistema feudal. El bushido tiene como principio la fidelidad de los vasallos a sus señores, que puede llegar hasta el suicidio ritual, o seppuku; del mismo modo, los cristianos asumen el martirio como una prueba de fidelidad a la palabra dada a Jesucristo, al que han declarado vasallaje y sumisión en el momento del bautismo.

El día 5 de febrero de 1597, en la ciudad de Nishizaka, en la provincia de Nagasaki, todos los detenidos el pasado mes de agosto por los soldados de Toyotomi Hideyoshi, son crucificados y alanceados hasta la muerte ante una multitud de cuatro mil personas. Entre los católicos japoneses ejecutados figuran gentes de muy diversa extracción social, como Miguel Kozaki, fabricante de arcos y flechas, y Cosme Takeya, forjador de espadas; Pablo Miki, miembro de una rica familia de Kioto, que fue educado por los jesuitas y se convirtió en catequista; León Karasumaru, un antiguo bonzo (monje budista) convertido por los jesuitas y que apoyó activamente la actuación de los msioneros franciscanos; o Pablo Ibaraki, un antiguo samurái. También los había de todas las edades, incluso niños, como Luis Ibaraki, de once años, sobrino de Pablo. La noticia de la muerte de los «Veintiséis Mártires de Nagasaki» -como se conocerá más tarde el episodio- llega a todos los rincones del orbe cristiano. Las medidas represivas de Hideyoshi no cogen a los cristianos japoneses por sorpresa ya que desde hace unos años los misioneros han comenzado a explicar el significado del martirio y preparaban espiritualmente a los cristianos nativos para ese momento de máxima prueba de fe.

En 1598, el papa CLEMENTE VIII publica una nueva edición de la Vulgata, realizando también nuevas ediciones del Breviario, del Misal y del Index Librorum Prohibitorum .

En Francia, los calvinistas llamados «hugonotes», han tenido que sostener interminables «guerras de religión» contra los católicos, hasta que ENRIQUE IV de Francia (ENRIQUE de Borbón de Navarra) tiene la excelente idea de promulgar -en la fecha- el edicto de Nantes, en virtud del cual se tolera a los hugonotes en determinadas ciudades y se les protege de la persecución efectiva, con tal de que se mantengan alejados de París y de otros lugares concretos. De este modo, las guerras civiles religiosas en Francia concluyen, después de treinta y cinco años de luchas inútiles. El reinado de ENRIQUE IV, a partir de 1598, supone para Francia un periodo de recuperación tras las guerras de Religión y el comienzo de un crecimiento económico renovado. La mayor parte de este período transcurrirá en paz y las finanzas reales se restablecerán. Este edicto fue derogado el 28/6/1629

En 1597, CLEMENTE VIII saca provecho a su cambio de alianzas cuando, en octubre de 1597 muere sin descendencia Alfonso II, duque de Ferrara, y el papa ve la ocasión de anexionar los territorios del fallecido a los Estados Pontificios. España no comparte el proyecto de Clemente y maniobra para que César de Este, un primo ilegítimo de Alfonso, de continuidad a la dinastía. Es entonces cuando el papa acude a ENRIQUE IV de Francia que le promete la ayuda militar necesaria para llevar a término su plan. FELIPE II, que por estas fechas parece comprender que restan pocas hojas en su calendario particular, no quiere abrir un nuevo frente de lucha y desiste de la pelea. Las tropas pontificias pueden así entrar en Ferrara sin obstrucción, ocupar la ciudad e integrarla en las posesiones de la Iglesia. Conseguido su objetivo, el papa CLEMENTE media entre España y Francia para que entablen negociaciones de paz que culminan el 2 de mayo de 1598 con el Tratado de Vervins. España devolverá además el Vermandois y otros territorios, confirmando la Paz de Cateau-Cambrésis.

El trabajo apostólico de los jesuitas se orienta, en la fecha, hacia la enseñanza. En tiempo de su quinto general, Claudio Acquaviva, la Compañía de Jesús alcanza su mayor pujanza, con 559 colegios, 32 provincias y unos 13.000 religiosos. La Orden tiene desde el principio una índole militante y activista, lo que, junto a la dimensión política que ha constituido siempre su nervio vital más íntimo, le ha deparado en la sociedad humana estabilidad y firmeza.

Giordano BRUNO está prisionero en Roma por 7 años. Del juicio que se sigue a BRUNO se perderán la mayoría de los folios cuando fueron tomados por Napoleón. En 1599 se exponen los cargos contra El. En muchas ocasiones BRUNO ofrece retractarse de sus acusaciones, sin embargo no le es aceptado. Finalmente Giordano BRUNO decide no retractarse aunque no se tendrá conocimiento del por qué de esta decisión.