Hacia fines de 1938 PÍO XI prepara un documento similar al publicado en 1937 en el que se apresta a denunciar el antisemitismo del régimen nazi y los racismos en general, pero esta encíclica (que lleva el título provisional de Societatis Unio), nunca es publicada debido a la enfermedad y muerte del papa. Su borrador será descubierto el año 2001, después de que el papa Juan Pablo II desclasifique los documentos secretos relativos al pontificado de Pío XI.

La forma de gobierno del Estado de la Ciudad del Vaticano es desde su principio (1929) el de una monarquía electiva, en la que el Papa reúne en sí los poderes legislativo, judicial y ejecutivo. Esta suma del poder es ejercida en parte por el mismo Papa, en parte por órganos delegados, entre los cuales se cuenta la Pontificia Comisión para el Estado de la Ciudad del Vaticano, fundada en 1939, de la cual depende la Gobernación. Como estado soberano, el Vaticano tiene organismos propios de justicia y de policía como también una administración eclesiástica propia. (parroquias de San Pedro y de Santa Ana).

Monseñor Ludwig Kaas, por entonces administrador de la basílica de S.Pedro, solicita permiso al papa PÍO XI para limpiar las Grutas Sagradas, situadas bajo la basílica, donde se hallan muchos de los enterramientos papales en medio de un considerable desorden. Por razones que aún no están claras, el papa niega dicho permiso; pero, curiosamente, es precisamente allí donde él quiere ser enterrado.

En la fecha, a los 81 años de edad, fallece PÍO XI intentando reconducir la delicada situación en que se encuentra Europa en vísperas de un nuevo conflicto mundial. Se ha vuelto tan olvidadizo en la última etapa de su vida que no recuerda instrucciones que él mismo ha dado. Versiones recientes han afirmado que la muerte del Papa estuvo causada por un complot preparado por Benito Mussolini quien a través de un servidor del Papa le inyectaría una dosis de veneno. Muchas personas creen que puede ser verdad por el hecho de que el mismo Mussolini, al enterarse de la muerte del Papa, afirmó: «Por fin se ha muerto ese viejo testarudo» aunque nada está confirmado. Realmente, al Duce le podía interesar que el Papa desapareciera ya que el Pontífice trataba de interferir en su política.

Al fallecer PÍO XI, monseñor Kaas baja a las Grutas para buscar un lugar en el que instalar el sepulcro del papa. Para ello ordena que se retire del muro una placa de mármol, y al hacerlo el muro se viene abajo, dejando a la vista una antigua bóveda. ¿Qué más había allí, en aquella zona ahora a la vista?

Los Gobiernos de Francia e inglaterra reconocen al de Burgos. Tanto en Paris como en Londres, las banderas republicanas son sustituidas por las banderas franquistas, que a la característica combinación de rojo y amarillo añaden el escudo y el águila de los Reyes Católicos, convertidos en símbolos del nuevo régimen. Félix de Lequerica es el nuevo embajador en París, y el duque de Alba, en Londres. A primeros de marzo lo harán Grecia y Brasil. Se suman así al resto de países que a lo largo de la contienda han dado reconocimiento a Franco, entre los que están Yugoslavia, Guatemala, El Salvador, Alemania, Italia, Portugal, Turquía, Polonia y Rumania, igual que El Vaticano.

Eugenio Maria Giuseppe Giovanni Pacelli es coronado papa bajo el nombre de PÍO XII (2.3.1939 – 9.10.1958). No han transcurrido 24 horas desde el inicio del cónclave para elegir el nuevo papa cuando los hijos de la Iglesia escuchan jubilosos la expresión «habemus Papam»:el 2 de marzo de 1939, exactamente cuando cumple 63 años de edad, el Cardenal Eugenio Pacelli es elegido como sucesor de S.S. Pío XI en la Cátedra de Pedro. Sin duda sus lazos de amistad y de profunda admiración y devoción –Pío XI es un gran Papa y un santo, había dicho alguna vez- le hacen tomar su mismo nombre: Pío, en su caso, XII. Desde su primer discurso, pronunciado el 4 de marzo de 1939, asombrará al mundo entero por su sabiduría llena de Dios, y por su lucidez en los terrenos de la vida religiosa y social. Su deseo es el de iluminar con la luz de Cristo a toda clase de profesionales: hombres de ciencia, del mundo de la economía y de la política, trabajadores, artesanos y agricultores.…

Cuando el nuevo papa, Pío XII, se entera de los que ha ocurrido en las grutas vaticanas, ordena que se examine exhaustivamente la zona, cosa que se hará durante un periodo de diez años.

El franquismo es el resultado de una guerra y sus soportes son los grupos que han contribuido a la victoria de FRANCO. Sus bases sociales son: las clases altas, la nobleza, los empresarios, los grandes propietarios agrarios y los banqueros. Ahora conseguirán mano de obra dócil y reprimida que permita importantes ganancias económicas y evite una eventual revolución. La Iglesia, como institución ha sido otro de los soportes del régimen, a cambio de convertir todo el país en una inmensa cruzada católica, ratificada por el mismo Papa, Pío XII. Finalmente, se ha asegurado con una férrea disciplina, el soporte del estamento militar, que acumulará importantes privilegios y desempeñará durante todo el franquismo un papel muy superior al que le correspondría estrictamente por su profesión.

El Gobierno español censura al Papado, suprimiendo la encíclica antinazi de Pío XI, Mit brennender Sorge, y parte de su mensaje radiofónico del 15 de abril de 1939 en el que felicita a los nacionales por su victoria, pero les pide comprensión y buena voluntad para con los vencidos.