Pío XII posee una elevada conciencia de su función magisterial, manifestada en múltiples discursos y documentos, entre los que destacan Mystici Corporis (1943), Divino Afflante Spiritu (30/9/1943), Mediator Dei (1947), Humani generis (1950), Evangelii præcones (1951), Sacra virginitas (1954), Meninisse juvat (1958). Aunque algunos de estos documentos significarán una notable apertura en las cuestiones debatidas, sobre todo la Divino Afflante Spiritu, relativa a los problemas bíblicos, en términos generales su doctrina permanece sólidamente vinculada a las posturas tradicionales.

PÍO XII invoca a MARGARITA de Hungría en su canonización el 19 de noviembre de 1943 como mediadora de la tranquilidad y de la paz fundadas en la justicia y la caridad de Cristo, no sólo para su patria, sino para el mundo entero.

Con relación a las apariciones de Fátima, la tercera parte del «secreto» es escrita «por orden de Su Excelencia el Obispo de Leiria y de la Santísima Madre…» el 3 de enero de 1944. Existe un único manuscrito. El sobre lacrado estará guardado primero por el Obispo de Leiria. Para tutelar mejor el «secreto», el 4 de abril de 1957 el sobre será entregado al Archivo Secreto del Santo Oficio. Sor Lucía será informada de ello por el Obispo de Leiria. Según los apuntes del Archivo, el 17 de agosto de 1959, el Comisario del Santo Oficio, Padre Pierre Paul Philippe, O.P., de acuerdo con el Emmo. Card. Alfredo Ottaviani, llevará el sobre que contiene la tercera parte del «secreto de Fátima» a Juan XXIII. Su Santidad, «después de algunos titubeos», dijo: «Esperemos. Rezaré. Le haré saber lo que decida». En realidad, el Papa Juan XXIII decidirá devolver el sobre lacrado al Santo Oficio y no revelar la tercera parte del «secreto».

Una flota de 775 Fortalezas descargan 2500 toneladas de bombas sobre el sector de Monte Cassino, destruyéndose el monasterio, creyendo los aliados que estaba ocupado por los alemanes. Al terminar el bombardeo las fuerzas alemanas ocupan, entonces sí, las ruinas, pues es más fácil y efectivo fortificarse en unas ruinas que en edificios en pie. En todo el mundo se levanta una ola de protestas por la destrucción de la abadía y de la ciudad de Cassino. El Abad, los monjes y los refugiados son trasladados en procesión al Cuartel General del 14 Panzerkorps de von Senger, donde hace una declaración por radio sobre el buen trato recibido y la preocupación de los alemanes de poner a salvo los bienes de la Abadía, ya destruida por los Aliados. Sin embargo Goebbels, ordena que redacten una declaración para que sea firmada por el Abad en Roma y luego lo llevan a la Embajada Alemana en el Vaticano donde lo quieren obligar a firmar otro documento, pero con carácter oficial y el abad se niega, sufriendo después un colapso. El ataque a Monte Cassino el 15 de febrero es una victoria rápida que atrae a las reservas alemanas, que podrán reunir fuerzas para contener el avance.

Adolf HITLER tiene planeado secuestrar al papa Pío XII en 1944 por su postura contra el nazismo y su colaboración con los judíos. En efecto, el general de las SS Karl Friedrich Otto Wolff, recibe del «Führer» en persona la orden de raptar al papa Pío XII en mayo de 1944, mes en el que el general nazi es recibido por el Pontífice concretamente el día 10 de mayo. En la audiencia, el militar alemán, que secretamente se opone al plan de HITLER, advierte al Papa de sus intenciones. Para que demostrara su sinceridad, Pío XII pide a Wolff la liberación de dos condenados a muerte, cosa que éste llevará a cabo el 3 de junio de este mismo año. Está previsto que el Pontífice sea trasladado al castillo de Liechtenstein, en Württemberg. El secuestro no se llevará a cabo entre otras cosas por la oposición de Wolff que lo impide.

El Congreso Judío Mundial agradece en 1945 la intervención del Papa, con un generoso donativo al Vaticano. En el mismo año, el gran rabino de Jerusalén, Isaac Herzog, envía a Pío XII una bendición especial «por sus esfuerzos para salvar vidas judías durante la ocupación nazi de Italia». Israel Zolli, gran rabino de Roma, quién como nadie pudo apreciar los esfuerzos caritativos del Papa por los judíos, al terminar la guerra se hizo católico y -en la fecha- es bautizado con el nombre de pila del Papa, Eugenio, en señal de gratitud. El escribió un libro sobre su conversión ofreciendo numerosos testimonios sobre la actuación de Pío XII.

Se dice de forma expresa en el Fuero de los Españoles (17-VII-45) que: «la profesión y práctica de la Religión Católica, que es la del Estado español, gozará de la protección oficial».

El jueves 7 de septiembre de 1945 Giuseppe Nathan, comisario de la Unión de Comunidades Judías Italianas, declara: «Ante todo, dirigimos un reverente homenaje de gratitud al Sumo Pontífice y a los religiosos y religiosas que, siguiendo las directrices del Santo Padre, vieron en los perseguidos a hermanos, y con valentía y abnegación nos prestaron su ayuda, inteligente y concreta, sin preocuparse por los gravísimos peligros a los que se exponían» (L’Osservatore Romano, 8 de septiembre de 1945, p. 2).

En los últimos años de la Segunda Guerra Mundial, la opinión dentro de la jerarquía eclesiástica cada vez está más dividida. La oposición más tajante al Régimen la hace Fidel García Martínez, obispo de Calahorra, cuyas pastorales de 1942 y 1944 son categóricamente antinazis. Algún otro obispo también redacta lo que se llama pastorales sociales que condenan los abusos y las injusticias de la estructura económica existente, especialmente en las zonas rurales. Esto culmina con la primera pastoral social colectiva por los obispos de Andalucía oriental en octubre de 1945, en la que se recomienda que hayan asociaciones de trabajadores y de patrones por separado, que sustituyan al sistema de un sindicato vertical implantado por el Estado.

El 21 de octubre de 1945, PÍO XII hace este llamamiento a favor de que la mujer entre en la vida pública: «Debe competir con el hombre por el bien de la vida cívica, en la que es igual a él en dignidad».