Nombramiento como inquisidor general de FERNANDO de Valdés. La figura de este hombre, al frente de la inquisición durante veinticinco años, marcó su devenir, al ser el quien se encargó de acometer la serie de reformas de actividades, leyes y competencias del Tribunal. Su carácter metódico y sistemático le llevó a planificar detalladamente todos los reajustes necesarios para que el engranaje del Santo Oficio recibiera grasa nueva con que seguir funcionando. En fin, ordenó publicar las nuevas normas de funcionamiento del Tribunal en un trabajo que reunía veintiocho cláusulas que habrían de regir en adelante el funcionamiento de los tribunales inquisitoriales y a las que debía ceñirse el personla del Santo oficio.

Se inicia en España la época probablemente de mayor actividad de la inquisición, una época en la que los incipientes aires renacentistas y humanista europeos que estaban penetrando en nuestro país se transformaron en oscuros y turbulentos vientos contrarreformistas. En esa España de la Contrarreforma, de la pureza de sangre y la ortodoxia católica que la inquisición contribuia a crear y mantener, todo lo que sonara a extranjero resultaba pernicioso para la salud moral y religiosa de la patria, y ello precisamente en una época en que las obligaciones imperialistas del Estado llevaban a miles de españoles allende las fronteras, propiciando su contacto con las más diversas culturas y religiones, los cuales inevitablemente establecían en sus mentes un principio de comparación del cual no siempre los valores patrios defendidos a ultranza por el rey salían bien parados.

Nombramiento del obispo CARRANZA por el rey para ocupar, en la fecha, la sede de Toledo, a la que también optaban, en su opinión con mayores derechos, otros obispos españoles, entre ellos el inquisidor general VALDÉS. Este hecho fue motivo suficiente para que CARRANZA se ganara una legión de mortales enemigos, que únicamente esperaban la ocasión propicia para la denuncia. VALDÉS y sus inquisidores consiguieron que fuese encarcelado (el 22/8/1559), primero siete años en España y, posteriormente, otros nueve en Roma.

La España de 1558, en ausencia de su rey, vive un año en que la peste realiza infinitos estragos en las poblaciones de Murcia, Valencia y Burgos. Las nuevas teorías del protestantismo y la herejía se introducen paulatinamente entre ciertas gentes de relieve y buena posición; la Inquisición comienza a actuar en Sevilla y en Valladolid con gran rigor de sus sentencias. Algunas revueltas sacuden las tierras de Aragón y la presencia de FELIPE II se hace más y más necesaria para gobernar sus reinos.

El siglo XVI constituyó sin duda el de máximo apogeo del Santo Oficio, siendo lógicamente en esta centuria cuando en España se condena a la última pena a un mayor número de víctimas. Las primeras desviaciones de la corriente ortodoxa aparecen con los \»alumbrados\» o \»iluministas\», aumentando la inquietud inquisitorial a partir del descubrimiento de focos protestantes en 1558, en Valladolid y Sevilla, a comienzos del gobierno de FELIPE II (1556-1598). Un estudio exhaustivo del período 1550-1700 (admitiendo cierto margen de error) arroja una cifra total de 49.092 procesados por la Inquisición en España, distribuidos por todos los tribunales que la institución posee en la península, dominios europeos y América.

El aparato de control inquisitorial, reformado y mejorado por VALDÉS, a instancias del rey, funciona con gran eficacia, provocando en las universidades españolas un ambiente de incertidumbre, dado que algunas de las obras censuradas gozan de gran difusión en los círculos académicos españoles. Sucede lo inevitable, y es que la Universidad cae también, a través de la censura, en el campo de actuación de la Inquisición, que controla todas las obras en uso en las aulas y a través de ellas la propia corriente humanista que ha prendido en los ámbitos universitarios. Incluso se prohíbe a los españoles realizar estudios en el extranjero.

Se publica, para todo el territorio español, el primer «Indice» de libros prohibidos por la Inquisición, independiente del publicado por el Santo Oficio romano en 1551. El Indice es encargado por el inquisidor general VALDÉS, e incluye obras latinas, alemanas, españolas, francesas y portuguesas con sospecha o prueba de protestantismo. Se prohíben en definitiva, y por medio de la censura, cerca de setecientas obras consideradas heréticas, así como varias ediciones de la Biblia y se condena de forma expresa, a determinados autores. De todas maneras, parece que este tipo de prohibición en Europa fue mucho más duro.

Se celebra un solemne Auto de fe en Sevilla, en el que son quemados 19 miembros principales de la comunidad protestante española.

En un Auto de fe celebrado en la fecha en Valladolid, de un total de 30 reos, 16 fueron reconciliados, 13 quemados en persona y 1, que era difunto, fue quemado en efigie. (Otra fuente dice que los quemados fueron sólo 2). Según el obispo de Zamora, DIEGO de Simancas, pasaron de 200.000 las personas que acudieron curiosas a él. Los denominados «luteranos de Castilla» serían las víctimas más notorias, aunque no las más numerosas (sólo un 13%) de la Inquisición. El foco protestante de Valladolid queda prácticamente extinguido. La presión que la Inquisición realiza contra los protestantes en España es tan grande que los pequeños focos existentes destruidos rápidamente, obligan a sus miembros a la emigración si quieren librarse de las llamas. Felipe II y su sobrino Alejandro Farnesio asisten a este auto, pero parece que no a su ejcución. «Y aun si mi hijo fuera hereje, yo mismo traería la leña para quemarle.» (Frase atribuida a FELIPE II).

FELIPE II preside en Toledo un Auto de Fe. Según muchos de los historiadores y biógrafos su majestad gusta de estos juicios sangrientos y ceremoniales públicos. Se ha dicho que \»hay incluso pruebas de que disfruta con ellos\». Cada año llegan a estudiarse unas mil causas y en la gran mayoría de ellas el tribunal encargado falla sentencia condenatoria. Balmes escribe que si los protestantes y los enemigos políticos de FELIPE II han tenido un constante empeño en desacreditarlo es debido a que éste impidió que penetrara en España el protestantismo siendo él quien sostuvo la causa de la Iglesia Católica en aquel agitado siglo. Quizá en algún caso hizo servir la Inquisición a su política, pero reconózcase al menos- dice Balmes- que la Inquisición no era un mero instrumento de miras ambiciosas, sino una institución sostenida en vista a un peligro inminente.