El 15 de abril los realistas alcanzan Peñaflor, a una legua de Torrelobatón donde, desde febrero, permanecían los comuneros al mando de Padilla. El 17 de abril las tropas reales se refuerzan con la llegada del condestable de Castilla y sus hombres. Ante la llegada del ejército real, Padilla decide trasladar sus tropas hacia la fortaleza de Toro. Unos 6.000 comuneros salen de Torrelobatón. El 23 de abril en medio de una intensa lluvia los comuneros son atacados por la caballería y lanceros del Conde de Haro, junto a un arroyuelo en las cercanías de Villalar, sufriendo pérdidas que oscilan entre los 200 y 1000 hombres (cifras diversas, según distintas fuentes). El resto se dispersa o son hechos prisioneros.

Se celebra una Dieta en Worms. En esta reunión FERNANDO, hermano de CARLOS, es nombrado regente del Imperio y elevado al rango de archiduque. El emperador CARLOS (V) cede las posesiones germánicas de los Habsburgo, entre las que se encuentran los archiducados y ducados que hoy forman Austria, herencia de su abuelo, el emperador MAXIMILIANO I, a su hermano pequeño FERNANDO, nacido y criado en España, que a la sazón tiene 18 años.

LUTERO es llamado a Worms, a la Dieta que se celebra en presencia del emperador CARLOS (V) y en la de seis príncipes Electores de Alemania, los días 17 y 18 de abril de 1521. Ante el teólogo dominico Juan Eck, Lutero no se retracta de sus tesis sobre la libertad humana en la interpretación de la Biblia y afirma: «Mantengo lo dicho, no puedo variar. Que Dios me ayude. Amén». Palabras que son reflejo de su actitud, aunque tal vez nunca las ha pronunciado. El veredicto del Emperador es una tajante condena. Cuatro de los seis príncipes Electores le apoyan. Sólo el del Palatinado y el de Sajonia se abstienen. Es el verdadero inicio de la «Reforma» protestante. LUTERO es declarado «fuera de la Ley».

Mientras tanto, GUILLERMO DE CROY, SEÑOR DE CHIEVRES ha muerto (1521) y es sustituido por Attinara, decidido partidario de una intervención contra Francia. CARLOS se reune en Flandes con ENRIQUE VIII, que le asegura su neutralidad. Por otra parte, CARLOS, necesita dominar el Milanesado para dar conjunción a sus posesiones, por lo que establece una alianza con el Papa quien también le asegura su neutralidad. Después de todo ello, CARLOS emprende la guerra.

El fracaso de las acciones militares comuneras durante el invierno de 1520 permite a los realistas vislumbrar el fin de la guerra hacia la primavera de 1521. El 23 de abril de este año, el ejército comunero es aniquilado por la caballería realista en Villalar. La derrota de Villalar es definitiva para terminar con el movimiento comunero. (Cada 23 de abril, fecha que conmemora la batalla de Villalar, ahora Día de La Comunidad de Castilla y León, se rememora este hecho. En la Plaza de Villalar -actualmente Villalar de los Comuneros, provincia de Valladolid-, se ha erguido un monolito en honor al movimiento comunero y a los tres líderes decapitados en esa misma plaza: Juan Bravo, Juan de Padilla y Francisco Maldonado. La viuda del primero, María Pacheco, proseguirá la resistencia en Toledo hasta febrero del año siguiente.

El 24 de abril, sin proceso alguno, los jefes comuneros son condenados a muerte.

El 25 de abril, de madrugada, son decapitados Juan Bravo y Juan de Padilla. Antes de subir al cadalso, Juan de Padilla se dirige a su camarada Juan Bravo con unas célebres palabras que la tradición ha transmitido hasta nuestros días: «Señor Bravo: ayer era día de pelear como caballero…hoy es día de morir como cristiano». Ante esto, Juan Bravo pide ser ejecutado antes que Padilla, «…para no ver la muerte de tan buen caballero». Horas más tarde, también es ejecutado y decapitado el salmantino Francisco Maldonado. La viuda del caudillo decapitado, María Padilla, resistirá en Toledo con un valor legendario, pero la fuerza del ejército imperial, con su artillería, será muy superior.

Es asesinado alevosamente en Mactán, MAGALLANES, al asistir con poca gente a una fiesta de los insulares en Punta Engaño.

FRANCISCO I de Francia envidioso de la situación adquirida por CARLOS I, con el pretexto de ayudar a su pariente ENRIQUE de Albret en sus pretensiones a la corona de Navarra, aprovechando la inestabilidad interna de España, sumida en sublevaciones en el centro y este de su territorio, en mayo de 1521 envía el ejército francés que ataca Navarra. Casi sin encontrar resistencia llega hasta Pamplona, que le abre sus puertas, y Estella, que también capitula. Tudela es asimismo tomada por los franceses. Sin embargo, el ataque se ha demorado demasiado, cuando en abril los comuneros ya han sido aplastados por las tropas reales. Además, en vez de consolidar la victoria, el ejército navarro-gascón quiere entrar en Logroño sitiándolo, lo que hace que el ejército castellano se reorganice con tres cuerpos de ejército. Los españoles se hacen fuertes en Logroño y desde allí inician una contraofensiva rápida. El general francés LESPARRE sufre una derrota total en Quiró, cerca de Pamplona. En pocos días el ejército español rechaza al enemigo pero no puede impedir la toma de Fuenterrabía y ser batidas en el norte, en Valenciennes y en Mézieres.

La revuelta de los comuneros, que acaba en derrota, ha sido una revolución que ha pretendido subvertir el orden establecido para colocar en el poder a las clases populares en contra del Rey y la nobleza. Ha supuesto un intento de las ciudades por erigir un sistema de representación basado en el pacto entre el Rey y el reino. La derrota de las Comunidades supone la consolidación de la decadencia de las instituciones de carácer comunitario en Castilla. También significa la imposición, ya sin trabas, de un modelo político autoritario en el que el poder real apenas encontrará límites a su ejercicio. A partir de entonces se robustecerá más el poder de la gran nobleza señorial cuyos efectos sobre la economía autóctona serán devastadores.