Muerto Pío III, le sucede en el papado Giuliano della Rovere que toma el nombre de JULIO II (31.10.1503 – 21.2.1513) en el cónclave más breve de la historia, de tan sólo unas pocas horas de duración. Es enemigo de los BORGIA. Obtiene 35 de los 38 votos posibles, incluidos los de los 11 cardenales españoles que, desaparecido Alejandro VI, todavía obedecían las órdenes de su hijo César Borgia. El Papa JULIO II -llamado el Terrible-, ha tenido una juventud bastante «salvaje». Como Papa, será moralmente irreprochable, pero con una actitud más propia de un caudillo militar o de un estadista que de un eclesiástico. Inteligente y enérgico, lo primero que hace es fortalecer los Estados Pontificios para salvaguardar su independencia. Promulga una Bula para evitar que la elección de los Papas pueda ser objeto de «transacciones», estableciendo que la simonía hará la elección nula o inválida y que los cardenales culpables de ese pecado serán severamente castigados.

Tras la elección del papa JULIO II, enemigo de los BORGIA, CÉSAR BORGIA huye a Nápoles con el resto de la familia BORGIA. El Gran Capitán lo encarcela por orden de FERNANDO el Católico y lo envía al castillo de Chinchilla. Posteriormente es trasladado al castillo de la Mota, en Medina del Campo.

La Capilla Sixtina empieza a tener problemas de naturaleza estática a partir del inicio del pontificado de JULIO II posiblemente a consecuencia de las excavaciones relizadas tanto al norte como al sur del edificio, al pie de la colina en la que surge el Palacio Apostólico, para crear los cimientos de la Torre Borgia y de la nueva basílica de S. Pedro. En mayo de 1504 una larga grieta abre diagonalmente la bóveda de la capilla, provocando tales daños que determinará su cierre durante varios meses.

El Papa JULIO II, en la fecha, crea una guardia suiza pontificia. Parece ser que MIGUEL ÁNGEL diseña su uniforme de gala; uniforme que en la actualidad nos parece anacrónico y hasta ridículo, pero que se ha conservado por respeto a la tradición.

El papa JULIO II encarga a MIGUEL ÁNGEL el proyecto de un monumento funerario y el artista entusiasmado trabaja durante varios meses en Carrara seleccionando mármoles.

El Papa JULIO II aprueba la Misa y el Oficio propio de la Síndone, permitiendo el culto público.

El empeño del papa Julio II (1503-1513) consistió en devolver a la Iglesia las posesiones de que los Borgia se habían apropiado. En algunos casos lo consiguió con facilidad; en otros por la fuerza de las armas. Perusa y Bolonia quedaron reintegradas en los Estados Pontificios de esta manera en 1506.

En 1506, con el Papa JULIO II se comienza a trabajar intensamente en la construcción de la basílica de San Pedro en el Vaticano. La construcción se basa en un proyecto de Donato Bramante. (Finalizará en 1626 con Pablo V). Se derriba la Iglesia construida por Constantino en 330 para dar paso a la basílica que conocemos hoy y que fue construida exactamente en el mismo lugar, y el nuevo altar fue ubicado precisamente en el lugar exacto donde se había alzado el altar original. Cuando apenas habían comenzado los trabajos de construcción del nuevo templo, el arquitecto Bramante pretendió modificar la orientación de la iglesia y cambiar de emplazamiento el altar, pero el papa JULIO II no quiso ni oír hablar de ello, porque no estaba dispuesto a permitir que se tocara “el sepulcro”. Y al hablar de «el sepulcro» se refería indudablemente al sepulcro de Pedro.

JULIO II se convence de la necesidad de decorar de nuevo totalmente la bóveda de la Capilla Sixtina y que ello deberá realizarlo Miguel ÁNGEL, por lo que decide suspender el proyecto del monumento funerario que ya ha encargado a Miguel ÁNGEL para que el artista pueda dedicarse a la decoración de la bóveda de la Capilla. Miguel ÁNGEL que está muy ilusionado con el encargo del edificio funerario no está de acuerdo con la propuesta.

La figura de JULIO II, guerrero, político, estratega, maquinador, absolutista y maquiavélico se asemeja más a la de un monarca de su tiempo que a la del líder de una religión. Enemigo implacable de los Borgia, había contemplado impotente cómo Alejandro y César vaciaban el patrimonio de los Estados Pontificios y se apropiaban de sus territorios a título personal. Por ello, dedicará grandes esfuerzos a lo largo de su mandato a recuperar para la iglesia los feudos de que había sido despojada, intentando unificar toda Italia bajo la dirección del Vaticano. Sin el respaldo del papa Alejandro VI, el conglomerado de ciudades que César Borgia había sometido a su obediencia se desmorona. Algunas retornaron a sus antiguos regidores mientras que otras caen en la órbita de la República Veneciana. Dos ciudades pertenecientes a los Estados Pontificios, Perusa y Bolonia, bajo el mandato de los Baglioni y los Bentivoglio respectivamente, rechazan la soberanía papal. JULIO II en persona conduce contra ellas los ejércitos eclesiásticos. En septiembre de 1506 capitula Perusa; Bolonia es reducida por las armas dos meses después, dado que la excomunión de Giovanni Bentivoglio, previa al ataque, no había dado resultado.